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基于转录组和miRNA测序的细叶百合鳞茎休眠解除的分子机理

摘要第4-6页
Abstract第6-7页
1 绪论第14-22页
    1.1 球根植物休眠调控的机制研究第14-17页
        1.1.1 温度对高等植物休眠的影响第14-15页
        1.1.2 激素对球根植物休眠的影响第15-16页
        1.1.3 碳水化合物和自由水含量与植物休眠的关系第16页
        1.1.4 保护酶和内源物质对球根植物休眠解除的影响第16-17页
    1.2 高等植物低温打破休眠诱导成花的研究第17-19页
    1.3 差异表达基因筛选技术—表达谱和miRNA测序技术第19-21页
        1.3.1 表达谱测序RNA-Seq技术第19页
        1.3.2 植物miRNA参与基因表达调控作用第19-21页
    1.4 研究的目的与意义第21页
    1.5 技术路线第21-22页
2 细叶百合低温解除休眠过程中鳞茎结构变化第22-30页
    2.1 材料与方法第22-23页
        2.1.1 试验材料与种植条件第22页
        2.1.2 试验方法与设计第22-23页
    2.2 结果与分析第23-27页
        2.2.1 细叶百合鳞茎休眠过程中顶芽生长点细胞超微结构变化第23-26页
        2.2.2 细叶百合鳞茎休眠过程中鳞茎顶芽结构特征观察第26-27页
    2.3 讨论第27-29页
        2.3.1 鳞茎休眠解除过程顶芽生长点细胞超微结构的变化第27-28页
        2.3.2 鳞茎休眠解除过程中顶芽外部形态结构的变化第28-29页
    2.4 本章小结第29-30页
3 细叶百合鳞茎低温储藏期间转录组测序分析第30-68页
    3.1 材料与方法第30-35页
        3.1.1 试验材料第30页
        3.1.2 鳞茎总RNA的提取与检测第30-31页
        3.1.3 cDNA文库的构建及测序第31-32页
        3.1.4 数据预处理和序列拼接第32-33页
        3.1.5 基因功能分类第33页
        3.1.6 候选基因的qRT-PCR表达分析第33-35页
    3.2 结果与分析第35-62页
        3.2.1 细叶百合鳞茎总RNA质量检测第35页
        3.2.2 测序数据第35-37页
        3.2.3 Unigenes表达量估算与重复相关性评估第37-39页
        3.2.4 基因表达量聚类热图分析第39-40页
        3.2.5 差异基因表达分析第40-43页
        3.2.6 差异基因GO功能富集分析第43-49页
        3.2.7 差异基因KEGG富集分析第49-52页
        3.2.8 休眠解除过程淀粉和蔗糖代谢相关基因第52-53页
        3.2.9 休眠解除过程能量代谢途径相关基因第53-58页
        3.2.10 休眠解除过程激素信号转导途径相关基因第58页
        3.2.11 休眠解除过程抗氧化反应相关基因第58页
        3.2.12 休眠解除过程DNA甲基化相关基因第58-59页
        3.2.13 休眠解除过程细胞分裂和生长相关基因第59页
        3.2.14 差异基因的qRT-PCR表达验证第59-60页
        3.2.15 休眠解除过程转录因子分析第60-62页
    3.3 讨论第62-67页
        3.3.1 参与休眠调控的代谢途径第62-64页
        3.3.2 参与休眠调控的细胞水平活动第64-65页
        3.3.3 参与休眠调控的转录因子分析第65-66页
        3.3.4 细叶百合鳞茎低温储藏过程中休眠解除的机制第66-67页
    3.4 本章小结第67-68页
4 细叶百合鳞茎低温储藏期间miRNA测序分析第68-88页
    4.1 材料与方法第68-71页
        4.1.1 试验材料及处理第68页
        4.1.2 miRNA文库构建及测序第68-69页
        4.1.3 miRNA的差异表达分析第69页
        4.1.4 miRNA靶基因的鉴定第69-70页
        4.1.5 miRNA与靶基因的荧光定量验证第70-71页
    4.2 结果与分析第71-82页
        4.2.1 低温贮藏不同时期鳞茎miRNA深度测序第71-72页
        4.2.2 保守miRNA识别第72-74页
        4.2.3 识别新预测miRNA第74-76页
        4.2.4 miRNA在鳞茎休眠解除中的作用第76-78页
        4.2.5 差异表达的miRNA第78-79页
        4.2.6 差异表达miRNA靶基因预测及其功能注释第79-82页
    4.3 讨论第82-86页
        4.3.1 休眠解除过程鳞茎miRNA深度测序第82-83页
        4.3.2 休眠解除过程鳞茎miRNA动态表达模式第83-84页
        4.3.3 休眠解除过程鳞茎miRNA和靶基因的表达模式第84-85页
        4.3.4 休眠解除过程鳞茎miRNA复杂的调控机制第85-86页
    4.4 本章小结第86-88页
5 讨论第88-90页
结论第90-92页
参考文献第92-108页
附录第108-114页
攻读学位期间发表的学术论文第114-116页
致谢第116-117页
个人简历第117-119页
附件第119-120页

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