| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-28页 |
| 1 DNA测序技术发展与测序原理 | 第11-17页 |
| 2 细胞器基因组的分析方法与软件 | 第17-24页 |
| 2.1 细胞器基因组的拼接 | 第17-23页 |
| 2.2 细胞器基因组的注释 | 第23-24页 |
| 3 海水与淡水红毛菜系统分类学的研究进展 | 第24-27页 |
| 4 本论文的研究目的及意义 | 第27-28页 |
| 第二章 暗紫红毛菜DNA提取、高通量测序、组装注释及分子鉴定 | 第28-74页 |
| 1 前言 | 第28-29页 |
| 2 材料与方法 | 第29-47页 |
| 2.1 材料 | 第29页 |
| 2.2 总DNA的提取 | 第29-31页 |
| 2.2.1 DNA提取试剂 | 第29-30页 |
| 2.2.2 提取总DNA电泳检测 | 第30页 |
| 2.2.3 Qubit定量检测 | 第30-31页 |
| 2.3 DNA建库及高通量测序 | 第31页 |
| 2.4 两株红毛菜细胞器组装 | 第31-38页 |
| 2.4.1 暗紫红毛菜细胞器基因组组装 | 第31-36页 |
| 2.4.1.1 Edena拼接 | 第33-34页 |
| 2.4.1.2 细胞器contig的获取 | 第34-36页 |
| 2.4.1.3 完整细胞器序列的构建 | 第36页 |
| 2.4.2 海水红毛菜细胞器基因组组装 | 第36-38页 |
| 2.5 基因组SNP发掘与序列校正 | 第38-39页 |
| 2.6 细胞器基因组注释 | 第39-40页 |
| 2.7 两株红毛菜分类类群的分子鉴定 | 第40-47页 |
| 3 结果 | 第47-74页 |
| 3.1 总DNA的电泳检测 | 第47页 |
| 3.2 总DNA Qubit定量检测 | 第47页 |
| 3.3 Caliper文库检测 | 第47-48页 |
| 3.4 测序数据报告 | 第48-50页 |
| 3.5 拼接结果 | 第50-55页 |
| 3.5.1 暗紫红毛菜测序数据拼接报告 | 第50-51页 |
| 3.5.2 contig特征 | 第51-55页 |
| 3.5.2.1 分类特征 | 第51-52页 |
| 3.5.2.2 contig分选结果 | 第52-55页 |
| 3.6 细胞器基因组特征 | 第55-66页 |
| 3.6.1 暗紫红毛菜细胞器基因组特征 | 第57-61页 |
| 3.6.2 海水红毛菜细胞器基因组特征 | 第61-66页 |
| 3.7 基因组SNP检测结果 | 第66-71页 |
| 3.8 两株红毛菜分类类群的分子鉴定 | 第71-74页 |
| 第三章 红毛菜目细胞器基因系统发育分析及分歧时间推断 | 第74-96页 |
| 1 已测序红藻细胞器基因组系统发育分析 | 第74-85页 |
| 1.1 红藻叶绿体基因组重要的非编码RNA—tmRNA | 第74-76页 |
| 1.2 基于全细胞器基因组保守序列的快速构建比对文件方法 | 第76-78页 |
| 1.3 全细胞器基因组比对序列构建结果 | 第78-81页 |
| 1.4 系统进化分析 | 第81-85页 |
| 1.4.1 系统进化分析方法 | 第81-82页 |
| 1.4.2 系统进化分析结果 | 第82-85页 |
| 2 红毛菜科藻类进化分歧时间推断 | 第85-89页 |
| 2.1 使用软件与方法 | 第85-86页 |
| 2.2 分歧时间推断结果 | 第86-89页 |
| 3 淡水红毛菜的起源与进化 | 第89-95页 |
| 4 讨论 | 第95-96页 |
| 参考文献 | 第96-104页 |
| 致谢 | 第104页 |
