| 致谢 | 第9-13页 |
| 缩写词 | 第13-16页 |
| 摘要 | 第16-18页 |
| Abstract | 第18-19页 |
| 前言 | 第20-22页 |
| 1 文献综述：植物长链非编码RNA的研究进展 | 第22-33页 |
| 1.1 植物lncRNA的种类 | 第22-24页 |
| 1.1.1 与其在基因组所处位置相关的分类 | 第22-23页 |
| 1.1.2 按其作用的分子机制进行的分类 | 第23-24页 |
| 1.2 植物lncRNA相关转录酶 | 第24-25页 |
| 1.3 植物lncRNA参与的生物学过程 | 第25-27页 |
| 1.3.1 成花转变 | 第25页 |
| 1.3.2 花粉发育 | 第25-26页 |
| 1.3.3 逆境胁迫 | 第26-27页 |
| 1.3.4 其它生物学过程 | 第27页 |
| 1.4 植物lncRNA发挥功能的分子机制 | 第27-30页 |
| 1.4.1 信号分子 | 第27-28页 |
| 1.4.2 诱饵分子 | 第28页 |
| 1.4.3 引导分子 | 第28-29页 |
| 1.4.4 骨架分子 | 第29页 |
| 1.4.5 小RNA生物合成的前体 | 第29-30页 |
| 1.5 lncRNA在近缘物种间的保守性和进化研究 | 第30-31页 |
| 1.6 lncRNA的鉴定和表达的高通量分析 | 第31页 |
| 1.7 展望 | 第31-33页 |
| 2 白菜lncRNA-BcMF11基因的序列和表达分析 | 第33-43页 |
| 2.1 材料与方法 | 第33-35页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第33页 |
| 2.1.2 基因组DNA的提取 | 第33-34页 |
| 2.1.3 RNA的提取及cDNA的合成 | 第34页 |
| 2.1.4 同源序列的克隆和进化树构建 | 第34-35页 |
| 2.2 结果与分析 | 第35-42页 |
| 2.2.1 在白菜、甘蓝和黑芥的基因组中均存在多个BcMF11的同源相似序列 | 第35-36页 |
| 2.2.2 BcMF11同源相似序列的进化分析 | 第36-37页 |
| 2.2.3 BcMF11同源相似序列在白菜根中偏向性表达 | 第37-41页 |
| 2.2.4 在数据库中搜索相似序列的表达数据 | 第41-42页 |
| 2.3 讨论 | 第42-43页 |
| 2.3.1 BcMF11以多拷贝或基因家族的形式存在于芸薹属基本种中 | 第42页 |
| 2.3.2 BcMF11及其同源序列的表达可能受环境条件的影响较大 | 第42-43页 |
| 3 白菜花粉发育和授粉受精相关lncRNA的全基因组鉴定 | 第43-56页 |
| 3.1 材料与方法 | 第43-48页 |
| 3.1.1 植物材料 | 第43页 |
| 3.1.2 植物组织RNA的提取 | 第43-44页 |
| 3.1.3 转录组测序 | 第44页 |
| 3.1.4 RNA-seq构建的Unigenes库里检索BcMF11及其同源相似序列 | 第44页 |
| 3.1.5 利用生物信息学方法进行lncRNA的筛选 | 第44-45页 |
| 3.1.6 白菜lncRNA的特点分析 | 第45页 |
| 3.1.7 cDNA的合成及半定量RT-PCR验证 | 第45-48页 |
| 3.2 结果与分析 | 第48-52页 |
| 3.2.1 RNA-seq和白菜lncRNA的筛选 | 第48-49页 |
| 3.2.2 在RNA-seq数据库里未检测到BcMF11及同源序列的表达 | 第49页 |
| 3.2.3 白菜lncRNA的长度分布 | 第49页 |
| 3.2.4 白菜lncRNA在染色体上的分布 | 第49-50页 |
| 3.2.5 白菜lncRNA的表达特点 | 第50-51页 |
| 3.2.6 RT-PCR验证结果 | 第51-52页 |
| 3.3 讨论 | 第52-56页 |
| 3.3.1 RNA-seq进一步验证BcMF11及同源相似序列非花蕾特异表达 | 第52-53页 |
| 3.3.2 基于普通转录组测序进行lncRNA鉴定是可行的 | 第53页 |
| 3.3.3 测序获得的lncRNA的可信度较高 | 第53-54页 |
| 3.3.4 白菜lncRNA的长度分布情况与其它植物类似 | 第54页 |
| 3.3.5 白菜各染色体均匀产生lncRNA | 第54页 |
| 3.3.6 白菜lncRNA的表达具有组织及发育进程特异性 | 第54-55页 |
| 3.3.7 利用RT-PCR验证RNA-seq结果的可行性探讨 | 第55-56页 |
| 4 白菜‘Bcajh97-01A/B’不育株系和可育株系花蕾不同发育阶段lncRNA的表达及差异分析 | 第56-62页 |
| 4.1 材料与方法 | 第56页 |
| 4.2 结果与分析 | 第56-60页 |
| 4.2.1 不育株系花蕾不同发育阶段lncRNA的表达 | 第56-57页 |
| 4.2.2 可育株系花蕾不同发育阶段lncRNA的表达 | 第57-58页 |
| 4.2.3 不育株系和可育株系花蕾lncRNA的表达差异 | 第58-60页 |
| 4.3 讨论 | 第60-62页 |
| 5 白菜授粉受精过程lncRNA的表达分析 | 第62-68页 |
| 5.1 材料与方法 | 第62页 |
| 5.2 结果与分析 | 第62-66页 |
| 5.2.1 授粉后不同时间的雌蕊中lncRNA的表达 | 第62-65页 |
| 5.2.2 lncRNA在花蕾形成到授粉受精整个过程中的持续表达分析 | 第65-66页 |
| 5.3 讨论 | 第66-68页 |
| 5.3.1 花粉管在花柱道中生长时lncRNA的表达最多 | 第66页 |
| 5.3.2 部分lncRNA在授粉后1h时的雌蕊中的表达受抑制 | 第66页 |
| 5.3.3 在花粉发育和授粉受精过程持续表达的lncRNA具有重要的挖掘意义 | 第66-68页 |
| 6 白菜lncRNA的作用机制和生物学功能预测 | 第68-79页 |
| 6.1 材料与方法 | 第68-69页 |
| 6.1.1 miRNA内源伪靶基因的预测 | 第68-69页 |
| 6.1.2 lncRNA靶基因预测及其共表达分析 | 第69页 |
| 6.2 结果与分析 | 第69-77页 |
| 6.2.1 可能作为miRNA内源伪靶基因其作用的lncRNA | 第69-72页 |
| 6.2.2 作为miRNA内源伪靶基因的lncRNA的表达分析 | 第72页 |
| 6.2.3 部分lncRNA能预测出Trans类靶基因 | 第72页 |
| 6.2.4 lncRNA及其靶基因的表达协同性分析 | 第72-73页 |
| 6.2.5 从靶基因的功能注释筛选花粉发育相关的lncRNA | 第73-77页 |
| 6.3 讨论 | 第77-79页 |
| 6.3.1 lncRNA作为miRNA内源伪靶基因起作用在植物中可能具有普遍性 | 第77页 |
| 6.3.2 在花粉发育过程中与靶基因协同地表达的lncRNA可能起着重要的调控作用 | 第77-79页 |
| 7 白菜hicRNA与拟南芥IncRNA相似性比对及保守性分析 | 第79-81页 |
| 7.1 材料与方法 | 第79页 |
| 7.2 结果与分析 | 第79-80页 |
| 7.3 讨论 | 第80-81页 |
| 结论 | 第81-82页 |
| 参考文献 | 第82-94页 |
| 附录 | 第94-125页 |
| 作者简介 | 第125页 |
| 硕士在读期间发表的论文 | 第125页 |
| 硕士在读期间获得的奖励 | 第125页 |
