| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 缩略词表 | 第9-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-28页 |
| 1.1 猪生长性状 | 第11页 |
| 1.2 猪生长性状研究进展 | 第11-16页 |
| 1.2.1 猪生长性状QTL定位情况 | 第11-14页 |
| 1.2.2 猪生长性状候选基因定位情况 | 第14-16页 |
| 1.3 基因定位方法 | 第16-20页 |
| 1.3.1 候选基因法 | 第16页 |
| 1.3.2 基因组扫描法 | 第16-17页 |
| 1.3.3 全基因组关联分析 | 第17-20页 |
| 1.4 整合功能(组学)实验分析 | 第20-26页 |
| 1.4.1 蛋白功能缺失预测 | 第21页 |
| 1.4.2 转录调控 | 第21-22页 |
| 1.4.3 转录组分析 | 第22-26页 |
| 1.5 研究目的和意义 | 第26-27页 |
| 1.6 整体技术路线 | 第27-28页 |
| 第二章 基于高密度SNP芯片的杜洛克公猪群体生长性状全基因组关联分析(GWAS) | 第28-53页 |
| 2.1 试验材料与方法 | 第28-32页 |
| 2.1.1 主要试剂和仪器 | 第28页 |
| 2.1.2 资源群体 | 第28-29页 |
| 2.1.3 样品采集和基因组DNA提取 | 第29页 |
| 2.1.4 表型数据收集 | 第29-30页 |
| 2.1.5 基因型数据收集 | 第30-31页 |
| 2.1.6 SNP数据质控 | 第31页 |
| 2.1.7 关联分析方法 | 第31页 |
| 2.1.8 单倍型分析 | 第31页 |
| 2.1.9 功能注释 | 第31-32页 |
| 2.2 结果 | 第32-50页 |
| 2.2.1 表型和基因型数据描述性统计 | 第32-33页 |
| 2.2.2 显著的SNP和候选基因 | 第33-47页 |
| 2.2.3 群体结构和单倍型分析 | 第47-50页 |
| 2.3 讨论 | 第50-52页 |
| 2.4 小结 | 第52-53页 |
| 第三章 候选基因GPAT3对生长性状遗传效应分析(post-GWAS) | 第53-73页 |
| 3.1 试验材料与方法 | 第53-64页 |
| 3.1.1 主要试剂和仪器 | 第53-54页 |
| 3.1.2 资源群体 | 第54-55页 |
| 3.1.3 样品采集和基因组DNA提取 | 第55页 |
| 3.1.4 总RNA提取、cDNA合成和荧光定量PCR | 第55-58页 |
| 3.1.5 猪GPAT3基因克隆 | 第58页 |
| 3.1.6 猪GPAT3基因外显子区SNP筛选与鉴定 | 第58-60页 |
| 3.1.7 猪GPAT3基因启动子区活性检测 | 第60-64页 |
| 3.1.8 单标记关联分析 | 第64页 |
| 3.2 结果 | 第64-71页 |
| 3.2.1 猪GPAT3基因克隆和剪接模式分析 | 第64-65页 |
| 3.2.2 猪GPAT3基因遗传变异鉴定和关联分析 | 第65-68页 |
| 3.2.3 猪GPAT3基因启动子活性分析 | 第68-69页 |
| 3.2.4 ASGA0040372对GPAT3基因启动子活性影响及分布情况 | 第69-71页 |
| 3.2.5 猪GPAT3表达模式分析 | 第71页 |
| 3.3 讨论 | 第71-72页 |
| 3.3.1 猪GPAT3基因与生长性状相关性分析 | 第71-72页 |
| 3.3.2 ASGA0040372遗传效应分析 | 第72页 |
| 3.4 小结 | 第72-73页 |
| 第四章 ARL15基因反向调控猪饲料转化效率(post-GWAS) | 第73-104页 |
| 4.1 试验材料与方法 | 第73-78页 |
| 4.1.1 主要试剂和仪器 | 第73页 |
| 4.1.2 资源群体 | 第73页 |
| 4.1.3 样品采集和基因组DNA提取 | 第73页 |
| 4.1.4 总RNA提取、cDNA合成和荧光定量PCR | 第73-75页 |
| 4.1.5 猪ARL15基因克隆 | 第75页 |
| 4.1.6 猪ARL15基因外显子区SNP筛选与鉴定 | 第75-76页 |
| 4.1.7 慢病毒介导ARL15过表达细胞模型构建 | 第76-78页 |
| 4.1.8 3T3-L1前脂肪细胞诱导分化 | 第78页 |
| 4.1.9 单倍型/单标记关联分析 | 第78页 |
| 4.2 转录组测序 | 第78-80页 |
| 4.2.1 测序建库 | 第78-79页 |
| 4.2.2 信息分析流程 | 第79-80页 |
| 4.3 结果 | 第80-101页 |
| 4.3.1 猪ARL15基因克隆和SNP鉴定 | 第80-82页 |
| 4.3.2 猪ARL15基因单标记关联分析 | 第82页 |
| 4.3.3 猪ARL15基因单倍型推断及关联分析 | 第82-86页 |
| 4.3.4 ARL15基因同源性分析 | 第86-87页 |
| 4.3.5 慢病毒介导鼠ARL15基因过表达细胞模型 | 第87-89页 |
| 4.3.6 转录组分析 | 第89-95页 |
| 4.3.7 ARL15基因调控Adipoq表达 | 第95-99页 |
| 4.3.8 高剂量ARL15调控脂肪细胞能量代谢相关基因表达 | 第99-101页 |
| 4.4 讨论 | 第101-103页 |
| 4.4.1 ARL15基因对Adipoq表达的调控 | 第101-102页 |
| 4.4.2 ARL15基因与饲料转化率性状关系 | 第102-103页 |
| 4.5 小结 | 第103-104页 |
| 第五章 结论 | 第104-105页 |
| 参考文献 | 第105-114页 |
| 致谢 | 第114-115页 |
| 附录 | 第115-124页 |
| 作者简历 | 第124-125页 |
