| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 1 绪论 | 第10-28页 |
| 1.1 计算机辅助药物设计 | 第10-12页 |
| 1.2 分子对接 | 第12-16页 |
| 1.2.1 基本原理 | 第12-13页 |
| 1.2.2 方法分类 | 第13-14页 |
| 1.2.3 搜索算法 | 第14页 |
| 1.2.4 打分函数 | 第14-15页 |
| 1.2.5 分子对接软件介绍 | 第15-16页 |
| 1.3 分子动力学模拟 | 第16-20页 |
| 1.3.1 基本原理 | 第17页 |
| 1.3.2 积分算法 | 第17-18页 |
| 1.3.3 基本过程 | 第18-19页 |
| 1.3.4 分子动力学模拟软件Amber | 第19-20页 |
| 1.4 结合自由能预测方法 | 第20-22页 |
| 1.5 共价键药物的简介 | 第22-23页 |
| 1.6 结核杆菌的β-内酰胺酶与L,D-转肽酶 | 第23-26页 |
| 1.6.1 β-内酰胺类抗生素 | 第23-24页 |
| 1.6.2 碳青霉烯类抑制剂 | 第24-25页 |
| 1.6.3 β-内酰胺酶(BlaC) | 第25-26页 |
| 1.6.4 L,D-转肽酶(Ldt_(Mt2)) | 第26页 |
| 1.7 研究目的与研究内容 | 第26-28页 |
| 2 BlaC与碳青霉烯类抑制剂的分子对接方法研究 | 第28-42页 |
| 2.1 引言 | 第28-29页 |
| 2.2 材料与方法 | 第29-32页 |
| 2.2.1 工作流程 | 第29-30页 |
| 2.2.2 受体蛋白的准备 | 第30-31页 |
| 2.2.3 配体的准备 | 第31-32页 |
| 2.2.4 分子对接 | 第32页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第32-41页 |
| 2.3.1 BlaC四种晶体结构的比较 | 第32-35页 |
| 2.3.2 CovalentDock共价对接结果 | 第35-36页 |
| 2.3.3 体调整结果 | 第36-38页 |
| 2.3.4 非共价对接软件的选择 | 第38-39页 |
| 2.3.5 筛选过程和对接结果 | 第39-41页 |
| 2.4 本章小结 | 第41-42页 |
| 3 BlaC与碳青霉烯类共价与非共价结合分子动力学比较 | 第42-57页 |
| 3.1 引言 | 第42页 |
| 3.2 材料与方法 | 第42-43页 |
| 3.2.1 受体蛋白与配体分子准备 | 第42页 |
| 3.2.2 分子动力学模拟 | 第42-43页 |
| 3.2.3 MM-GBSA结合自由能计算及能量分析 | 第43页 |
| 3.2.4 结合自由能分解 | 第43页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第43-55页 |
| 3.3.1 BlaC野生型和突变体的动力学模拟的平衡评估 | 第43-45页 |
| 3.3.2 BlaC-Carbapenem共价结合与非共价结合的RMSF分析 | 第45-46页 |
| 3.3.3 氢键分析 | 第46-50页 |
| 3.3.4 结合自由能分析 | 第50-51页 |
| 3.3.5 结合自由能的残基分解 | 第51-55页 |
| 3.4 本章小结 | 第55-57页 |
| 4 结核杆菌L,D-转肽酶与碳青霉烯相互作用的研究 | 第57-65页 |
| 4.1 引言 | 第57-59页 |
| 4.2 材料与方法 | 第59-60页 |
| 4.2.1 受体蛋白与配体分子准备 | 第59页 |
| 4.2.2 分子动力学模拟 | 第59-60页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第60-63页 |
| 4.3.1 结构比对 | 第60-61页 |
| 4.3.2 Ldt_(Mt2)-美罗培南动力学模拟平衡评估 | 第61-62页 |
| 4.3.3 氢键分析 | 第62-63页 |
| 4.4 本章小结 | 第63-65页 |
| 结论 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-74页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第74-75页 |
| 致谢 | 第75-76页 |
