| 中文摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-28页 |
| ·计算机辅助药物分子设计 | 第10-13页 |
| ·计算机辅助药物分子设计简介 | 第10页 |
| ·计算机辅助药物设计的主要方法 | 第10-13页 |
| ·禽流感病毒及抑制剂研究现状 | 第13-19页 |
| ·禽流感病毒简介 | 第13-14页 |
| ·病毒结构及生命周期 | 第14-16页 |
| ·抗禽流感病毒药物研究现状 | 第16-19页 |
| ·神经氨酸酶抑制剂 | 第17-18页 |
| ·离子通道抑制剂 | 第18-19页 |
| ·血凝素抑制剂和RNA聚合酶抑制剂 | 第19页 |
| ·HIV-1及其抑制剂 | 第19-24页 |
| ·HIV简介 | 第19-20页 |
| ·病毒的结构特征 | 第20-21页 |
| ·病毒的复制和变异 | 第21-22页 |
| ·HIV-1抑制剂研究现状 | 第22-24页 |
| 参考文献 | 第24-28页 |
| 第二章 HIV-1 TAT与P-TEFB的分子动力学模拟研究和结合自由能计算 | 第28-47页 |
| ·分子动力学模拟的理论方法 | 第28-30页 |
| ·体系构建与动力学模拟 | 第30-32页 |
| ·构建模拟体系 | 第30-32页 |
| ·动力学模拟 | 第32页 |
| ·结果与讨论 | 第32-36页 |
| ·锌指结构 | 第32-34页 |
| ·体系的稳定性 | 第34-36页 |
| ·体系结合自由能的计算 | 第36-38页 |
| ·能量分解 | 第38-43页 |
| ·本章小结 | 第43-44页 |
| 参考文献 | 第44-47页 |
| 第三章 HIV-1反式激活抑制剂的分子动力学模拟和结合自由能研究 | 第47-57页 |
| ·HIV-1的反式激活 | 第47页 |
| ·HIV-1反式激活抑制剂 | 第47-48页 |
| ·模拟体系与方法 | 第48-49页 |
| ·结果与讨论 | 第49-54页 |
| ·体系的稳定性 | 第49页 |
| ·结合自由能的计算 | 第49-50页 |
| ·残基能量分解 | 第50-54页 |
| ·本章小结 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-57页 |
| 第四章 基于H5N1病毒聚合酶PA亚基抑制剂的高通量虚拟筛选 | 第57-77页 |
| ·分子对接的基本原理 | 第57-58页 |
| ·分子对接方法 | 第58-62页 |
| ·蛋白质靶标和小分子数据库 | 第58-59页 |
| ·结合位点的确定 | 第59页 |
| ·分子柔性的处理 | 第59页 |
| ·构象搜索算法 | 第59-60页 |
| ·打分函数 | 第60-61页 |
| ·分子对接软件 | 第61-62页 |
| ·基于分子对接的高通量虚拟筛选 | 第62-73页 |
| ·活性位点的确定 | 第63-64页 |
| ·靶标蛋白的预处理和PA-PB1_x的分子对接 | 第64-66页 |
| ·高通量虚拟筛选 | 第66-73页 |
| ·小分子数据库准备 | 第66-67页 |
| ·刚性对接的结果 | 第67-70页 |
| ·半柔性对接的结果 | 第70-73页 |
| ·本章小结 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-77页 |
| 在学期间的研究成果 | 第77-78页 |
| 致谢 | 第78页 |
