| 前言 | 第5-7页 |
| 中文摘要 | 第7-9页 |
| 英文摘要 | 第9-10页 |
| 主要缩略词 | 第11-15页 |
| 第一章 绪论综述遗传差异的保留机制与拟南芥核苷酸多态性的研究 | 第15-53页 |
| 1.1 引言 | 第15页 |
| 1.2 遗传差异的来源及保留的经典理论 | 第15-27页 |
| 1.2.1 遗传差异的产生 | 第15-16页 |
| 1.2.2 遗传差异的保留 | 第16-27页 |
| 1.2.2.1 遗传漂变 | 第16-23页 |
| 1.2.2.2 地理隔离 | 第23-24页 |
| 1.2.2.3 自然选择 | 第24-27页 |
| 1.3 插入/缺失对核苷酸多态性的影响 | 第27-33页 |
| 1.4 拟南芥核苷酸多态性的研究 | 第33-40页 |
| 1.4.1 拟南芥核苷酸多态性 | 第33-35页 |
| 1.4.2 拟南芥高频成组核苷酸多态性 | 第35-38页 |
| 1.4.3 拟南芥中插入/缺失的分布 | 第38-40页 |
| 1.5 本研究的背景、目的和意义 | 第40-42页 |
| 1.6 参考文献 | 第42-53页 |
| 第二章 拟南芥中低频成组核苷酸多态性的研究 | 第53-89页 |
| 2.1 研究背景 | 第53-54页 |
| 2.2 研究材料和研究方法 | 第54-61页 |
| 2.2.1 基因组数据库搜索方法 | 第54-56页 |
| 2.2.2 GNP及各种概念的定义 | 第56-60页 |
| 2.2.3 外围序列分析和相对进化速度的分析 | 第60-61页 |
| 2.2.4 单倍型检测和测序 | 第61页 |
| 2.3 结果 | 第61-79页 |
| 2.3.1 GNP的分布和产生 | 第61-66页 |
| 2.3.2 GNP生态型的相对进化速率 | 第66-67页 |
| 2.3.3 位点频率分布 | 第67-70页 |
| 2.3.4 编码区域的分布 | 第70-72页 |
| 2.3.5 成组核苷酸多态性对与物种间分化的贡献 | 第72-73页 |
| 2.3.6 重新测序法来确定GNP单倍型的实际延伸距离 | 第73-79页 |
| 2.4 讨论 | 第79-84页 |
| 2.4.1 低频成组核苷酸多态性单倍型的特征 | 第79-80页 |
| 2.4.2 低频成组核苷酸多态性单倍型的产生机制 | 第80-81页 |
| 2.4.3 Indel相关假说引起了低频成组核苷酸多态性单倍型的产生 | 第81-82页 |
| 2.4.4 成组核苷酸多态性与单核苷酸多态性的区别 | 第82-84页 |
| 2.5 小结 | 第84-85页 |
| 2.6 参考文献 | 第85-89页 |
| 第三章 拟南芥近缘物种间基因进化模式的比较 | 第89-119页 |
| 3.1 引言 | 第89页 |
| 3.2 研究内容与方法 | 第89-92页 |
| 3.2.1 基因组序列 | 第89页 |
| 3.2.2 同源序列队差异度分析 | 第89-90页 |
| 3.2.3 基因的分类 | 第90-91页 |
| 3.2.4 线性区域的划分 | 第91-92页 |
| 3.3 结果 | 第92-109页 |
| 3.3.1 基因数目总述 | 第92-95页 |
| 3.3.2 一对一同源基因对的特征 | 第95-104页 |
| 3.3.3 一对多同源基因和多对多同源基因 | 第104-106页 |
| 3.3.4 查找线性区域 | 第106-109页 |
| 3.4 讨论 | 第109-113页 |
| 3.4.1 同源基因的特征 | 第109-110页 |
| 3.4.2 同源基因的进化模式 | 第110-111页 |
| 3.4.3 引起物种差异的主要因素 | 第111-113页 |
| 3.5 小结 | 第113页 |
| 3.6 参考文献 | 第113-119页 |
| 全文结论 | 第119-121页 |
| 致谢 | 第121-123页 |
| 附录部分 | 第123-129页 |
| 附录A：本研究涉及到的拟南芥96个生态型 | 第125-127页 |
| 附录B：博士期间发表和完成的文章 | 第127-129页 |
