| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-13页 |
| 缩略语 | 第13-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-21页 |
| 1 新辅助化疗概论 | 第14页 |
| 2 新辅助化疗的临床意义 | 第14-15页 |
| ·了解肿瘤对化疗药物的敏感性和化疗方案的合理性 | 第14页 |
| ·降低临床分期, 利于肿瘤切除及增加保乳手术机会 | 第14-15页 |
| ·杀灭或减少微转移灶, 提高病理缓解率 | 第15页 |
| ·防止远处转移 | 第15页 |
| 3 新辅助化疗的疗效预测因子 | 第15-16页 |
| ·HER2基因与化疗效果 | 第15-16页 |
| ·ER表达与化疗效果 | 第16页 |
| ·Ki-67表达与化疗效果 | 第16页 |
| ·p53表达与化疗效果 | 第16页 |
| 4 乳腺癌其他治疗方式 | 第16-17页 |
| ·手术切除 | 第16页 |
| ·放射治疗 | 第16-17页 |
| ·内分泌治疗 | 第17页 |
| 5 乳腺癌的靶向治疗 | 第17-18页 |
| ·针对上皮生长因子受体（EGFR）的靶向治疗 | 第17页 |
| ·针对HER2的靶向治疗 | 第17-18页 |
| ·针对HER受体多靶点 | 第18页 |
| ·针对血管内皮生长因子（VEGF）的靶向治疗 | 第18页 |
| ·针对多靶点酪氨酸激酶抑制剂和其他靶向药物 | 第18页 |
| 6 高通量测序技术的发展 | 第18-21页 |
| ·SOLiD测序技术 | 第19页 |
| ·454测序技术 | 第19页 |
| ·Solexa高通量测序技术 | 第19-20页 |
| ·RNA测序技术 | 第20-21页 |
| 第二章 实验方案设计 | 第21-23页 |
| 1 研究目的和意义 | 第21页 |
| 2 研究主要内容 | 第21-23页 |
| 第三章 材料与方法 | 第23-33页 |
| 1 材料 | 第23-26页 |
| ·样本收集和信息整理 | 第23-24页 |
| ·实验仪器 | 第24页 |
| ·实验试剂 | 第24-26页 |
| 2 方法 | 第26-33页 |
| ·乳腺癌组织RNA提取 | 第26-27页 |
| ·总RNA的定量和质量检测 | 第27页 |
| ·转录组表达谱测序 | 第27-28页 |
| ·乳腺癌穿刺样本转录组表达谱测序结果分析 | 第28页 |
| ·基因表达的定量分析 | 第28-32页 |
| ·特异性引物的设计 | 第28-30页 |
| ·cDNA第一链的合成 | 第30页 |
| ·Real-Time PCR | 第30-31页 |
| ·数据的处理及分析 | 第31-32页 |
| ·对比TCGA数据库分析两条通路基因 | 第32-33页 |
| 第四章 结果和分析 | 第33-56页 |
| 1 组织样本总RNA的质量分析 | 第33-34页 |
| 2 高通量测序结果及数据分析 | 第34-43页 |
| ·高通量测序获得的原始数据质量基本统计 | 第34-35页 |
| ·高通量测序Reads质量的预处理 | 第35-36页 |
| ·高通量测序基因组mapping率统计 | 第36-38页 |
| ·高通量测序结果mapping随机性分析 | 第38页 |
| ·基因表达差异分析 | 第38-40页 |
| ·差异表达基因的GO分析 | 第40-41页 |
| ·KEGG PATHWAY富集分析 | 第41-43页 |
| 3.有差异性表达的两条通路基因筛选 | 第43页 |
| 4.荧光定量PCR | 第43-56页 |
| ·引物特异性的验证与分析 | 第43-45页 |
| ·乳腺癌新辅助化疗后pCR和NpCR组织样本中通路基因的差异性分析 | 第45-52页 |
| ·两条通路基因在乳腺癌患者接受NACT治疗后达到p CR和NpCR疗效的化疗前样本中表达水平的差异性分析。 | 第45-47页 |
| ·两条通路基因在激素受体表达水平的差异性分析 | 第47-49页 |
| ·两条通路基因在HER2水平上的乳腺癌患者接受NACT化疗前组织样本中表达水平的差异性分析。 | 第49-50页 |
| ·两条通路基因在不同患病年龄组上的乳腺癌患者组织中表达水平的差异性分析 | 第50-52页 |
| ·建立两条通路基因预测乳腺癌NACT疗效的回归方程 | 第52页 |
| ·对比TCGA在线数据库cBioportal分析两条通路基因 | 第52-56页 |
| 第五章 讨论 | 第56-58页 |
| 第六章 总结与展望 | 第58-60页 |
| 致谢 | 第60-61页 |
| 研究生学习期间主要成果 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-70页 |
