| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-11页 |
| 注释表 | 第11-12页 |
| 缩略词 | 第12-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-18页 |
| ·生物信息学简介 | 第13-14页 |
| ·转录组表达研究概述 | 第14页 |
| ·RNA-Seq转录组表达研究 | 第14-16页 |
| ·本文的研究内容 | 第16页 |
| ·本文组织机构 | 第16-18页 |
| 第二章 背景知识 | 第18-32页 |
| ·转录组与转录组学 | 第18-20页 |
| ·遗传信息流动过程 | 第18-19页 |
| ·选择性剪接现象 | 第19-20页 |
| ·测序技术简介 | 第20-22页 |
| ·传统测序技术 | 第20-21页 |
| ·第二代测序技术 | 第21-22页 |
| ·第三代测序技术 | 第22页 |
| ·RNA-Seq技术简介 | 第22-27页 |
| ·RNA-Seq技术及实验流程 | 第22-23页 |
| ·RNA-Seq读段的格式与存储 | 第23-25页 |
| ·基因浏览器简介 | 第25-27页 |
| ·统计学习和推理知识 | 第27-31页 |
| ·最大似然估计 | 第27页 |
| ·贝叶斯统计 | 第27-29页 |
| ·狄利克雷分布 | 第29页 |
| ·多项式分布 | 第29-30页 |
| ·变分EM推理 | 第30-31页 |
| ·本章小结 | 第31-32页 |
| 第三章 利用RNA-Seq转录组表达研究 | 第32-40页 |
| ·对RNA-Seq原始数据处理流程 | 第32-33页 |
| ·读段比对到参考序列 | 第33-34页 |
| ·序列匹配算法 | 第33页 |
| ·常用比对软件介绍 | 第33-34页 |
| ·课题研究难点与研究现状 | 第34-36页 |
| ·研究意义 | 第34页 |
| ·读段的多源映射 | 第34-36页 |
| ·读段分布的不均匀性 | 第36页 |
| ·其它因素 | 第36页 |
| ·主流方法简介 | 第36-39页 |
| ·Cufflinks方法 | 第36-37页 |
| ·RSEM方法 | 第37-38页 |
| ·MMSEQ方法 | 第38-39页 |
| ·本章小结 | 第39-40页 |
| 第四章NLDMseq模型 | 第40-51页 |
| ·NLDMseq模型思想 | 第40-41页 |
| ·NLDMseq模型设计 | 第41-45页 |
| ·NLDMseq产生式图 | 第41-42页 |
| ·结合区外显子的构建 | 第42-44页 |
| ·外显子读段数目归一化 | 第44页 |
| ·未知转录本的引入 | 第44-45页 |
| ·模型求解 | 第45-47页 |
| ·变分EM算法求解NLDMseq | 第45-46页 |
| ·基因和异构体表达水平的计算 | 第46-47页 |
| ·NLDMseq软件实现 | 第47-49页 |
| ·NLDMse处理流程 | 第47-48页 |
| ·软件预处理部分 | 第48页 |
| ·模型优化部分 | 第48-49页 |
| ·本章小结 | 第49-51页 |
| 第五章 实验结果及分析 | 第51-64页 |
| ·数据集介绍 | 第51-54页 |
| ·MAQC数据集 | 第51-52页 |
| ·SELC数据集 | 第52页 |
| ·HBC数据集 | 第52-53页 |
| ·模拟数据集 | 第53-54页 |
| ·实验结果及讨论 | 第54-61页 |
| ·外显子-异构体水平上的读段测序规律估计 | 第54-55页 |
| ·基因水平上的验证结果及分析 | 第55-57页 |
| ·异构体表达水平结果与分析 | 第57-61页 |
| ·模拟数据的实验结果及分析 | 第61页 |
| ·NLDMseq计算时间 | 第61-63页 |
| ·本章小结 | 第63-64页 |
| 第六章 差异基因检测 | 第64-69页 |
| ·差异基因检测意义 | 第64页 |
| ·差异基因检测方法简介 | 第64-65页 |
| ·PPLR方法介绍 | 第65-66页 |
| ·差异基因检测结果与分析 | 第66-68页 |
| ·本章小结 | 第68-69页 |
| 第七章 研究总结与展望 | 第69-71页 |
| ·工作总结 | 第69页 |
| ·研究展望 | 第69-71页 |
| 参考文献 | 第71-77页 |
| 致谢 | 第77-79页 |
| 在学期间的研究成果及发表的学术论文 | 第79-80页 |
| 附录A MAQC数据集740个实验基因qRT-PCR结果 | 第80-99页 |
| 附录B MAQC数据集279个显著差异和非显著差异基因 | 第99-106页 |