不同盐湖、盐田之间嗜盐古菌多样性比较

【摘要】：盐湖、盐场以及土壤中蕴藏着丰富的嗜盐微生物资源,嗜盐古菌目前具有重要的研究价值,本文对陕西定边苟池、花马池以及连云港盐田三个盐环境中嗜盐古菌多样性进行了研究。采用分离培养技术分别从三个地区分离纯化得到16个嗜盐古菌菌株,通过PCR扩增菌株的16S rDNA基因进行测序分析,具体结果为从苟池分离纯化得到的4株嗜盐古菌,属于盐红菌属(Halorubrum);从花马池分离得到的2株分别属于盐盒菌属(Haloarcula)和盐红菌属(Halorubrum);从连云港分离纯化得到的10株菌,1株属于盐盒菌属(Haloarcula),9株为盐红菌属(Halorubrum)。三个地区所有分离得到的菌株中,盐红菌属(Halorubrum)为优势菌属,占比87.5%。盐盒菌属(Haloarcula)在连云港盐场和花马池样品中占比在12.5%左右。表明三个地区嗜盐古菌的种群分布既具有相似性和又有各自的独特性,这可能与环境温度、盐含量、酸碱性等有关。16S rDNA基因序列系统发育分析仅仅是测定微生物物种资源多样性的一个分类方法,如果想获得更详细、精确的分类信息,还需要进一步的分类研究。采用非培养技术进一步对连云港地区盐水环境嗜盐古菌多样性进行研究。高通量测序结果表明,从环境样品中总共获得6126条有效序列,经过去杂优化最终获得4895条序列用于后续的生物信息学分析。古菌的序列平均长度488bp,古菌文库中有535个OTUs。当遗传距离为0.03时,古菌的Chao1物种总数、ACE指数、Shannon多样性指数分别为764、834、4.76;样品中古菌均属于盐杆菌科(Halobacteriacea),共分为14个属:盐红菌属(Halorubrum)53.56%、盐微菌属(Halomicrobium)0.17%、盐盒菌属(Haloarcula)2.32%、盐盘菌属(Haloplanus)5.32%、盐棍菌属(Halorhabdus)0.54%、盐碱单胞菌属(Natronomonas)1.1%、Halonotius 22.22%、Halogranum 0.03%、Natronoarchaeum 0.11%、Halolamina 0.17%、Halobellus 4.86%以及未分类的盐杆菌属1.79%,其中盐红菌属(Halorubrum)和Halonotius为优势菌属。通过传统的16S rDNA系统发育分析,发现所测的连云港灌西盐田样品中优势菌属为Halorubrum和Haloarcula,而高通量测序结果表明Halorubrum、Halonotius为优势菌属。同时还有Halogranum、Natronoarchaeum、Haloarcula以及一些尚未分类的菌属存在。这说明高通量测序对于环境微生物的分类鉴定更为详细,分类结果更准确。
【关键词】：嗜盐古菌 16S rDNA序列 系统发育分析 454高通量测序
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2014
【分类号】：Q938