| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-7页 |
| 第一章 绪论 | 第7-11页 |
| ·研究意义及其背景 | 第7页 |
| ·国内外研究历史及现状 | 第7-9页 |
| ·本文的主要内容及组织结构 | 第9-11页 |
| 第二章 模体发现算法的统计学模型 | 第11-15页 |
| ·贝叶斯统计学 | 第11-12页 |
| ·共轭先验 | 第12页 |
| ·数据缺失模型 | 第12-13页 |
| ·模体发现模型实例 | 第13-14页 |
| ·本章小结 | 第14-15页 |
| 第三章 基于统计分析的模体发现算法基本结构 | 第15-29页 |
| ·模体表示 | 第15-17页 |
| ·基于统计分析的模体发现算法基本结构 | 第17-18页 |
| ·模体模型 | 第18-20页 |
| ·匹配得分函数 | 第18-19页 |
| ·模体起始位点先验分布 | 第19-20页 |
| ·背景模型 | 第20-21页 |
| ·模体评价策略 | 第21-22页 |
| ·求解策略 | 第22-27页 |
| ·吉布斯采样策略 | 第22-25页 |
| ·EM 策略 | 第25-26页 |
| ·其他策略 | 第26-27页 |
| ·本章小结 | 第27-29页 |
| 第四章 基于质心估计的模体发现算法 | 第29-41页 |
| ·质心估计 | 第29-31页 |
| ·基于质心估计的模体发现算法介绍 | 第31-39页 |
| ·模型建立 | 第31页 |
| ·单序列单模体 | 第31-33页 |
| ·单序列多模体 | 第33-37页 |
| ·多序列多模体 | 第37-39页 |
| ·本章小结 | 第39-41页 |
| 第五章 面向 ChIP-seq 数据的应用 | 第41-49页 |
| ·ChIP-seq 实验及 ChIP-seq 数据特征 | 第41-44页 |
| ·染色质免疫共沉淀实验 | 第41-42页 |
| ·高通量测序技术及 ChIP-seq 数据特征 | 第42-44页 |
| ·面向 ChIP-seq 数据的应用 | 第44-46页 |
| ·本章小结 | 第46-49页 |
| 第六章 算法测试与实验结果分析 | 第49-59页 |
| ·模体准确性评价标准 | 第49-50页 |
| ·在同源基因序列上的测试 | 第50-54页 |
| ·在 ChIP-seq 数据上的测试 | 第54-58页 |
| ·本章小结 | 第58-59页 |
| 第七章 总结 | 第59-61页 |
| 致谢 | 第61-63页 |
| 参考文献 | 第63-67页 |