| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第一章 绪论 | 第8-13页 |
| ·生物信息学研究背景 | 第8-11页 |
| ·生物信息学 | 第8页 |
| ·生物信息学的主要研究内容 | 第8-9页 |
| ·生物信息学研究中所用到的数学方法 | 第9-11页 |
| ·病毒研究背景 | 第11-13页 |
| ·病毒简介 | 第11页 |
| ·病毒的结构与分类 | 第11-12页 |
| ·研究病毒的意义 | 第12-13页 |
| 第二章 系统发育分析中所用到的数学方法 | 第13-18页 |
| ·非序列比对方法 | 第13-15页 |
| ·组分矢量 | 第13-14页 |
| ·动力学语言模型 | 第14页 |
| ·Fourier变换 | 第14-15页 |
| ·距离方法 | 第15-18页 |
| ·关联距离 | 第15-16页 |
| ·对数关联距离 | 第16页 |
| ·互信息距离 | 第16-17页 |
| ·Kullback-Leibler 散度距离（KLD） | 第17-18页 |
| 第三章 病毒系统发育关系研究 | 第18-30页 |
| ·细小病毒的系统发育分析 | 第19-24页 |
| ·数据与方法 | 第20-21页 |
| ·结果与讨论 | 第21-24页 |
| ·多瘤病毒的系统发育分析 | 第24-29页 |
| ·数据和方法 | 第24-25页 |
| ·结果与讨论 | 第25-29页 |
| ·本章小结 | 第29-30页 |
| 论文总结与研究展望 | 第30-31页 |
| 参考文献 | 第31-35页 |
| 致谢 | 第35页 |