| 摘要 | 第1-11页 |
| ABSTRACT | 第11-14页 |
| 第一章 引言 | 第14-40页 |
| 第一节 银杏的研究进展 | 第14-20页 |
| ·银杏药用价值及进化历程的历史研究 | 第14-15页 |
| ·银杏分子生物学研究进展 | 第15-20页 |
| ·银杏内酷类的合成途径及相关的酶 | 第16-17页 |
| ·银杏黄酮类的合成途径及相关的酶 | 第17页 |
| ·银杏发育及抗性相关基因的研究 | 第17-19页 |
| ·银杏叶绿体基因的研究 | 第19-20页 |
| 第二节 药用植物的转录组学研究进展 | 第20-22页 |
| ·转录组学的概念及研究方法 | 第20页 |
| ·转录组学在药用植物研究中的应用 | 第20-22页 |
| 第三节 木兰属的研究进展 | 第22-25页 |
| ·木兰属植物的药用价值,起源及分布特点 | 第22-23页 |
| ·木兰属植物分子生物学研究进展 | 第23-25页 |
| ·利用分子标记技术的木兰属亲缘关系及群体多样性分析 | 第23-24页 |
| ·利用叶绿体基因进行的木兰属系统进化及分类研究 | 第24页 |
| ·叶绿体基因组在木兰属物种鉴定中的研究展望 | 第24-25页 |
| 第四节 叶绿体基因组的研究进展 | 第25-30页 |
| ·叶绿体基因组简史 | 第25-26页 |
| ·叶绿体的基本结构 | 第26-27页 |
| ·药用植物叶绿体基因组测序的必要性及应用前景 | 第27-30页 |
| ·药用植物的起源和系统进化研究 | 第28页 |
| ·物种鉴定 | 第28-29页 |
| ·药用植物叶绿体基因工程 | 第29-30页 |
| 第五节 高通量测序的现状 | 第30-31页 |
| ·高通量测序的产生 | 第30-31页 |
| ·高通量测序的应用 | 第31页 |
| 第六节 本研究的目的和意义 | 第31-32页 |
| ·药用植物转录组研究的目的及意义 | 第31-32页 |
| ·药用植物叶绿体基因组研究的目的及意义 | 第32页 |
| 参考文献 | 第32-40页 |
| 第二章 银杏功能基因组学研究 | 第40-70页 |
| 第一节 银杏叶片cDNA文库构建 | 第40-48页 |
| ·试验材料、试剂与设备 | 第40-41页 |
| ·植物材料 | 第40-41页 |
| ·试剂 | 第41页 |
| ·仪器设备 | 第41页 |
| ·实验方法与流程 | 第41-47页 |
| ·RNA提取 | 第41-42页 |
| ·mRNA分离 | 第42-43页 |
| ·RNA样品纯化(去除DNA污染) | 第43-44页 |
| ·反转录合成第一链cDNA | 第44页 |
| ·合成cDNA的第二链 | 第44-45页 |
| ·PCR产物的纯化 | 第45-46页 |
| ·酶切去除polyA | 第46页 |
| ·酶切产物的回收和沉淀 | 第46-47页 |
| ·结果 | 第47-48页 |
| ·银杏叶片Total RNA提取和mRNA分离纯化 | 第47页 |
| ·银杏双链cDNA(ds cDNA)的合成 | 第47-48页 |
| 第二节 银杏叶片454测序和功能基因组分析 | 第48-66页 |
| ·测序及数据组装、功能注释 | 第48-50页 |
| ·454 GS FLX测序 | 第48页 |
| ·数据拼接 | 第48-49页 |
| ·功能注释及代谢途径分析 | 第49页 |
| ·全长基因的克隆和系统进化分析 | 第49页 |
| ·简单重复序列(SSR)分析及RT-PCR验证 | 第49-50页 |
| ·结果 | 第50-63页 |
| ·454测序和EST序列拼接 | 第50页 |
| ·序列功能注释 | 第50-52页 |
| ·银杏叶中高丰度表达的EST | 第52-53页 |
| ·功能分类 | 第53页 |
| ·代谢途径分析 | 第53-57页 |
| ·GbIDS,GbPAL,GbCHS基因的克隆与GbCHS基因的系统进化分析 | 第57-58页 |
| ·银杏发育和抗病抗逆相关基因的发现 | 第58-62页 |
| ·EST-SSR分析与验证 | 第62-63页 |
| ·讨论 | 第63-66页 |
| 参考文献 | 第66-70页 |
| 第三章 银杏叶绿体基因组研究 | 第70-89页 |
| ·实验材料、试剂与设备 | 第70-72页 |
| ·植物材料 | 第70页 |
| ·试剂的配制 | 第70-71页 |
| ·叶绿体DNA提取试剂的配制 | 第70-71页 |
| ·总DNA提取试剂的配制 | 第71页 |
| ·仪器设备 | 第71-72页 |
| ·实验方法与分析流程 | 第72-78页 |
| ·叶绿体DNA的提取 | 第72-73页 |
| ·总DNA的提取 | 第73页 |
| ·胶回收纯化步骤 | 第73-74页 |
| ·叶绿体检测文库及测序文库的构建流程 | 第74-75页 |
| ·叶绿体测序文库的构建 | 第75页 |
| ·叶绿体基因组序列组装及全长序列的获得 | 第75-78页 |
| ·序列组装 | 第75-76页 |
| ·序列补洞及拼接 | 第76-78页 |
| ·银杏叶绿体基因组特性、基因组成及密码子的使用情况 | 第78页 |
| ·IntraSNPs分析 | 第78页 |
| ·重复序列及cpSSR的统计分析 | 第78页 |
| ·结果与讨论 | 第78-86页 |
| ·银杏叶绿体基因组的组装及基本特征描述 | 第78-82页 |
| ·ycf2基因位于LSC区 | 第82-83页 |
| ·叶绿体基因组内intraSNP情况 | 第83-84页 |
| ·重复序列及SSR的发现 | 第84-86页 |
| 参考文献 | 第86-89页 |
| 第四章 玉兰及木兰属其他物种叶绿体基因组研究 | 第89-102页 |
| ·叶绿体测序平台的构建 | 第89页 |
| ·实验材料 | 第89页 |
| ·试剂的配制 | 第89页 |
| ·仪器设备 | 第89页 |
| ·实验方法与分析流程 | 第89页 |
| ·结果 | 第89-97页 |
| ·叶绿体DNA的提取 | 第89-90页 |
| ·玉兰叶绿体基因组序列基本信息分析 | 第90-92页 |
| ·其他8个木兰属样品的全长的拼接 | 第92-93页 |
| ·物种亲缘关系的鉴定 | 第93页 |
| ·CpSSR的发现 | 第93-97页 |
| ·讨论 | 第97-100页 |
| ·快速获取叶绿体基因组全长序列的平台的建立 | 第97-98页 |
| ·叶绿体基因组序列在物种种下等级的鉴定 | 第98-100页 |
| ·Cp-SSR在标记开发及物种进化研究中的潜力 | 第100页 |
| 参考文献 | 第100-102页 |
| 第五章 叶绿体基因组注释网站的构建 | 第102-109页 |
| ·操作平台及工作流程 | 第103页 |
| ·结果及其应用 | 第103-105页 |
| ·注释结果及测试比较 | 第103-105页 |
| ·CpGAVES使用流程描述 | 第105页 |
| ·展望 | 第105-106页 |
| 参考文献 | 第106-109页 |
| 第六章 结论与创新性 | 第109-111页 |
| ·结论 | 第109页 |
| ·创新点 | 第109-111页 |
| 致谢 | 第111-112页 |
| 个人简历 | 第112-113页 |
