| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-8页 |
| 1 绪论 | 第8-20页 |
| ·课题来源 | 第8页 |
| ·研究背景、目的、意义 | 第8-10页 |
| ·国内外研究状况 | 第10-18页 |
| ·复杂网络的模块结构特性 | 第10-11页 |
| ·传统聚类算法辨识模块结构 | 第11-14页 |
| ·基于边的介数来辨识模块结构 | 第14-15页 |
| ·派系过滤算法辨别模块结构 | 第15-18页 |
| ·主要研究工作 | 第18页 |
| ·本文内容安排 | 第18-20页 |
| 2 蛋白质相互作用网络模块结构辨识的系统设计 | 第20-31页 |
| ·总体思路 | 第20-21页 |
| ·模块的定义 | 第21-23页 |
| ·Radicchi 等人的模块定义的缺陷 | 第21-22页 |
| ·模块的重新定义 | 第22-23页 |
| ·辨识模块结构的G-N 算法 | 第23-28页 |
| ·基本思想 | 第23-24页 |
| ·G-N 算法的衡量标准 | 第24-25页 |
| ·G-N 算法的的优缺点 | 第25页 |
| ·在G-N 算法上改进的一些分裂算法 | 第25-27页 |
| ·Newman 快速算法 | 第27页 |
| ·利用堆结构的模块性贪婪算法 | 第27-28页 |
| ·基于G-N 算法的凝聚算法 | 第28-30页 |
| ·本章小结 | 第30-31页 |
| 3 蛋白质相互作用网络模块结构辨识实验与结果 | 第31-39页 |
| ·数据来源与预处理 | 第31页 |
| ·测试结果 | 第31页 |
| ·结果分析与讨论 | 第31-37页 |
| ·模块的蛋白质组成分析 | 第31-33页 |
| ·模块中蛋白质的生物功能相关性检验 | 第33页 |
| ·不同模块定义的结果比较 | 第33-35页 |
| ·模块定义严格性调整系数α值的选择 | 第35页 |
| ·模块之间的连接关系及其可视化 | 第35-37页 |
| ·本章小结 | 第37-39页 |
| 4 快速序列比对算法研究及其应用 | 第39-52页 |
| ·BLAST 核心算法深入分析 | 第39-46页 |
| ·一个类似BLAST 的比对程序MYBLAST | 第46-47页 |
| ·Blast 算法的不足 | 第46页 |
| ·MyBlast 算法的设计与实现 | 第46-47页 |
| ·MYBLAST 算法在基于EST 匹配的基因预测中的应用 | 第47-50页 |
| ·基因序列的真实EST 匹配识别与外显子区鉴定 | 第47-48页 |
| ·EDSAc 软件的处理流程 | 第48-49页 |
| ·MyBlastEST 相似比对搜索流程 | 第49-50页 |
| ·EDSAc 软件的测试结果 | 第50页 |
| ·本章小结 | 第50-52页 |
| 5 总结与展望 | 第52-53页 |
| 致谢 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-58页 |
| 附录 攻读学位期间发表论文 | 第58页 |