| 中文摘要 | 第1-3页 |
| Abstract | 第3-12页 |
| 第1章 绪论 | 第12-19页 |
| 1．1 研究的目的和意义 | 第14-15页 |
| 1．2 国内外现状 | 第15-17页 |
| 1．3 本文的贡献 | 第17页 |
| 1．4 论文结构 | 第17-19页 |
| 第2章 背景知识介绍 | 第19-29页 |
| 2．1 Motif发现算法回顾 | 第23-29页 |
| 2．1．1 序列谱模型算法 | 第24-26页 |
| 2．1．2 一致模型算法 | 第26-29页 |
| 第3章 基于样板的贪心EM混合模型算法-SEMM | 第29-47页 |
| 3．1 混合模型算法的数学基础 | 第29-34页 |
| 3．2 基于样板的EM混合模型算法-SEMM算法 | 第34-47页 |
| 3．2．1 选集的生成 | 第34-38页 |
| 3．2．2 算法描述 | 第38-45页 |
| 3．2．3 算法性能及算法的实验结果 | 第45-47页 |
| 第4章 SSNT算法-新的精确motif发现方法 | 第47-68页 |
| 4．1 模式扩展 | 第48-58页 |
| 4．2 候选筛 | 第58-59页 |
| 4．3 算法的描述 | 第59-66页 |
| 4．4 算法的性能和实验结果 | 第66-68页 |
| 第5章 起动子motif关联集差异分析 | 第68-91页 |
| 5．1 问题的定义 | 第69-72页 |
| 5．2 FPD-树算法-基于FP-树的关联规则算法 | 第72-78页 |
| 5．2．1 算法描述 | 第75-78页 |
| 5．3 DAAR算法-起动子关联集差异分析算法 | 第78-89页 |
| 5．3．1 算法描述 | 第81-89页 |
| 5．4 算法性能和实验结果 | 第89-91页 |
| 总结 | 第91-92页 |
| 致谢 | 第92-93页 |
| 攻读硕士学位期间所发表的论文 | 第93-94页 |
| 参考文献 | 第94-103页 |
| 独创性声明 | 第103页 |