| 摘要 | 第1-14页 |
| Abstract | 第14-18页 |
| 论文创新之处 | 第18-20页 |
| 第一章 绪论 | 第20-44页 |
| ·艾滋病毒及其抑制剂的简介 | 第20-24页 |
| ·艾滋病毒的流行现状和病理学 | 第20页 |
| ·HIV病毒的结构特征 | 第20-21页 |
| ·HIV病毒的生命周期 | 第21-23页 |
| ·HIV病毒靶点及其抑制剂的研究进展 | 第23-24页 |
| ·HIV逆转录酶的研究进展 | 第24-27页 |
| ·HIV逆转录酶的结构特征和作用机制 | 第25-26页 |
| ·HIV逆转录酶抑制剂的研究进展 | 第26-27页 |
| ·计算机辅助HIV药物分子设计的研究进展 | 第27-32页 |
| ·计算机辅助药物分子设计在生物化学中的应用 | 第27-28页 |
| ·计算机辅助药物分子设计方法及其在抗艾滋病抑制剂中的研究进展 | 第28-32页 |
| ·定量构效关系 | 第30页 |
| ·分子对接 | 第30-31页 |
| ·分子动力学模拟 | 第31页 |
| ·量子化学 | 第31-32页 |
| ·计算机辅助药物设计方法在抗艾滋病逆转录酶抑制剂的研究意义 | 第32页 |
| 参考文献 | 第32-44页 |
| 第二章 计算方法 | 第44-78页 |
| ·方法简介 | 第44-45页 |
| ·定量构效关系 | 第45-61页 |
| ·基本原理和方法 | 第45页 |
| ·QSAR的建模方法 | 第45-52页 |
| ·多元线性回归 | 第46-47页 |
| ·支持向量机 | 第47-48页 |
| ·最小二乘支持向量机 | 第48-49页 |
| ·投影寻踪回归 | 第49-50页 |
| ·多元自适应样条回归 | 第50-51页 |
| ·径向基函数神经网络 | 第51-52页 |
| ·广义回归神经网络 | 第52页 |
| ·模型的检验 | 第52-54页 |
| ·分子描述符 | 第54-55页 |
| ·拓扑描述符 | 第54页 |
| ·几何描述符 | 第54页 |
| ·量子化学描述符 | 第54-55页 |
| ·静电描述符 | 第55页 |
| ·其他描述符 | 第55页 |
| ·分子描述符的计算和选择 | 第55-57页 |
| ·三维定量构效关系 | 第57-60页 |
| ·比较分子力场分析 | 第57-58页 |
| ·比较分析相似性分析 | 第58页 |
| ·3D-QSAR模型及其检验 | 第58-60页 |
| ·生物活性数据 | 第60-61页 |
| ·训练集和测试集 | 第61页 |
| ·分子力学 | 第61-64页 |
| ·力场 | 第62-63页 |
| ·局部电荷 | 第63页 |
| ·能量最小化方法 | 第63-64页 |
| ·分子对接 | 第64-66页 |
| ·分子对接的基本原理 | 第64页 |
| ·分子对接的方法 | 第64-65页 |
| ·分子对接搜索算法 | 第65-66页 |
| ·分子对接打分函数 | 第66页 |
| ·分子动力学模拟 | 第66-70页 |
| ·基本原理 | 第67页 |
| ·积分算法 | 第67-68页 |
| ·分子动力学模拟的系综 | 第68-69页 |
| ·分子动力学模拟的其他条件 | 第69-70页 |
| ·初始构型 | 第69页 |
| ·约束 | 第69页 |
| ·边界条件 | 第69页 |
| ·结合自由能的计算 | 第69-70页 |
| 参考文献 | 第70-78页 |
| 第三章 HIV-1嘧啶核苷类逆转录酶抑制剂的定量构效关系研究 | 第78-96页 |
| ·引言 | 第78-79页 |
| ·数据和方法 | 第79-82页 |
| ·数据集 | 第79页 |
| ·结构建立与优化 | 第79-81页 |
| ·描述符的产生和回归分析方法 | 第81-82页 |
| ·结果与讨论 | 第82-94页 |
| ·线性模型的结果 | 第82-86页 |
| ·基于SVM方法的非线性模型结果 | 第86-89页 |
| ·基于PPR的非线性模型结构 | 第89-90页 |
| ·其他方法的结果 | 第90-91页 |
| ·对23个化合物的建模和结果比较分析 | 第91-94页 |
| ·结论 | 第94页 |
| 参考文献 | 第94-96页 |
| 第四章 2-氨基-6-苯磺酰基苄腈及其类似物非核苷逆转录酶抑制剂的分子模拟研究: 二维和三维定量构效关系、分子对接和分子动力学 | 第96-168页 |
| ·引言 | 第96-97页 |
| ·2D-QSAR研究 | 第97-118页 |
| ·数据集 | 第97-98页 |
| ·方法 | 第98页 |
| ·结果与讨论 | 第98-118页 |
| ·QSAR模型的描述符: 抗HIV-1活性数据集 | 第98-104页 |
| ·主成分分析: 抗HIV-1活性数据集 | 第104-105页 |
| ·QSAR模型结果: 抗HIV-1活性数据集 | 第105-110页 |
| ·描述符: HIV-1逆转录酶抑制活性数据集 | 第110-111页 |
| ·主成分分析: HIV-1逆转录酶抑制活性数据集 | 第111-112页 |
| ·QSAR结果: HIV-1逆转录酶抑制活性数据集 | 第112-116页 |
| ·六种模型的比较 | 第116页 |
| ·模型预测能力的检验 | 第116-118页 |
| ·2D-QSAR小结 | 第118页 |
| ·基于受体和配体的3D-QSAR研究 | 第118-139页 |
| ·数据集 | 第118-119页 |
| ·配体和受体结构的准备 | 第119页 |
| ·方法 | 第119-122页 |
| ·分子对接方法 | 第119-120页 |
| ·分子叠合 | 第120页 |
| ·CoMFA和CoMSIA方法 | 第120页 |
| ·模型的测试和统计分析 | 第120-122页 |
| ·结果与讨论 | 第122-136页 |
| ·分子对接的结果 | 第122-125页 |
| ·3D-QSAR模型的结果 | 第125-128页 |
| ·3D-QSAR模型的检验 | 第128-132页 |
| ·CoMFA等势图 | 第132-134页 |
| ·CoMSIA等势图 | 第134-136页 |
| ·预测集分子生物活性预测 | 第136页 |
| ·3D-QSAR小结 | 第136-139页 |
| ·分子动力学模拟研究 | 第139-161页 |
| ·分子结构和活性数据 | 第139-140页 |
| ·方法 | 第140-142页 |
| ·模型的简化 | 第140页 |
| ·分子动力学模拟 | 第140-142页 |
| ·结合自由能的计算 | 第142页 |
| ·结果与讨论 | 第142-159页 |
| ·MD轨迹比较分析 | 第142-143页 |
| ·平均结构 | 第143-145页 |
| ·氨基酸残基的RMSD | 第145页 |
| ·体系的氢键 | 第145-147页 |
| ·自由能计算 | 第147-154页 |
| ·主要氨基酸残基对自由能的贡献 | 第154-156页 |
| ·溶剂环境 | 第156-158页 |
| ·简化体系的检验 | 第158-159页 |
| ·分子动力学小结 | 第159-161页 |
| ·结论 | 第161-162页 |
| 参考文献 | 第162-168页 |
| 第五章 硫代氨基甲酸酯类非核苷类逆转录酶抑制剂的分子模拟研究 | 第168-212页 |
| ·引言 | 第168页 |
| ·数据集和分子建模 | 第168-171页 |
| ·计算方法 | 第171-173页 |
| ·描述符的计算和选择 | 第171-172页 |
| ·分子对接 | 第172页 |
| ·分子叠合 | 第172页 |
| ·CoMFA和CoMSIA方法 | 第172-173页 |
| ·PLS分析 | 第173页 |
| ·结果与讨论 | 第173-207页 |
| ·2D-QSAR模型 | 第173-181页 |
| ·PCA分析 | 第173-174页 |
| ·描述符 | 第174-176页 |
| ·MLR、RBFNN、SVM、LS-SVM和PPR模型 | 第176-181页 |
| ·基于配体的3D-QSAR: 70个化合物数据集 | 第181-192页 |
| ·CoMFA和CoMSIA模型结果 | 第181-185页 |
| ·CoMFA等势图 | 第185-190页 |
| ·CoMSIA等势图 | 第190-192页 |
| ·分子对接结果 | 第192-197页 |
| ·化合物TC1的对接结果 | 第192-193页 |
| ·Thiocarbamates抑制剂与酶的作用模式 | 第193-197页 |
| ·基于受体的3D-QSAR: 53个化合物数据集 | 第197-206页 |
| ·CoMFA和CoMSIA模型 | 第198-200页 |
| ·CoMFA和CoMSIA等势图 | 第200-206页 |
| ·基于配体的QSAR与基于受体的QSAR模型比较 | 第206-207页 |
| ·结论 | 第207页 |
| 参考文献 | 第207-212页 |
| 附录Ⅰ 20种天然氨基酸结构 | 第212-214页 |
| 附录Ⅱ 在读博士学位期间发表和待发表论文目录 | 第214-216页 |
| 附录Ⅲ 作者简介 | 第216-218页 |
| 致谢 | 第218页 |
