| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-29页 |
| ·嗜酸氧化亚铁硫杆菌与微生物冶金 | 第12页 |
| ·嗜酸氧化亚铁硫杆菌的分子生物学机理研究 | 第12-17页 |
| ·嗜酸氧化亚铁硫杆菌氧化系统 | 第13-15页 |
| ·嗜酸氧化亚铁硫杆菌碳代谢模型 | 第15-16页 |
| ·嗜酸氧化亚铁硫杆菌对硫化矿的浸出机理 | 第16-17页 |
| ·碱激蛋白研究进展及胞内外pH动态平衡学说 | 第17-19页 |
| ·全基因组芯片技术及其在微生物研究中的应用 | 第19-23页 |
| ·全基因组芯片概况 | 第19页 |
| ·应用于全基因组芯片中的模式生物研究 | 第19-20页 |
| ·全基因组芯片在微生物研究中的应用 | 第20-23页 |
| ·全基因组芯片在微生物研究中的挑战与前景 | 第23页 |
| ·实时荧光定量PCR | 第23-27页 |
| ·实时荧光定量PCR探针类型 | 第24-26页 |
| ·管家基因(Housekeeping gene)的确定 | 第26页 |
| ·实时荧光定量PCR的优缺点 | 第26-27页 |
| ·本论文的研究目的、意义及内容 | 第27-29页 |
| ·本论文的研究目的和意义 | 第27-28页 |
| ·本论文的研究内容 | 第28页 |
| ·本论文课题资助情况 | 第28-29页 |
| 第二章 A.ferrooxidans ATCC 23270全基因组芯片的构建与评估 | 第29-42页 |
| ·材料与方法 | 第29-36页 |
| ·细菌的培养与菌体收集 | 第29页 |
| ·核酸的提取与纯化 | 第29-31页 |
| ·PCR扩增及产物纯化 | 第31-32页 |
| ·寡核昔酸探针(50-mer)的设计 | 第32页 |
| ·芯片的构建 | 第32-33页 |
| ·核酸的荧光标记与芯片杂交 | 第33-35页 |
| ·芯片扫描与图像处理 | 第35-36页 |
| ·结果与分析 | 第36-41页 |
| ·最适杂交温度评估 | 第36-37页 |
| ·特异性评估 | 第37-38页 |
| ·评估芯片对基因表达谱的检测性能 | 第38-39页 |
| ·灵敏度检测及其定量潜能评估 | 第39-41页 |
| ·讨论 | 第41-42页 |
| 第三章 A.ferrooxidans ATCC 23270碱激反应的全基因组表达谱分析 | 第42-57页 |
| ·材料与方法 | 第43-45页 |
| ·细菌的培养 | 第43页 |
| ·细菌的碱激处理 | 第43页 |
| ·生长曲线以及pH变化的测定 | 第43-44页 |
| ·总RNA的提取、纯化,荧光标记,芯片杂交与图像处理 | 第44页 |
| ·芯片数据分析 | 第44-45页 |
| ·结果与分析 | 第45-56页 |
| ·A.ferrooxidans ATCC 23270应对碱激时的生长表征 | 第45-46页 |
| ·总RNA质量分析 | 第46-47页 |
| ·芯片杂交结果分析 | 第47-49页 |
| ·差异表达基因的功能分类 | 第49-56页 |
| ·讨论 | 第56-57页 |
| 第四章 利用Real-time PCR方法验证芯片数据 | 第57-64页 |
| ·材料与方法 | 第57-61页 |
| ·反转录cDNA合成 | 第57-58页 |
| ·PCR引物设计及标准曲线的制作 | 第58-59页 |
| ·Real-time PCR检测 | 第59-61页 |
| ·结果与分析 | 第61-63页 |
| ·总RNA质量分析 | 第61页 |
| ·引物质量检测结果 | 第61-63页 |
| ·Real-time PCR结果与芯片结果比较分析 | 第63页 |
| ·讨论 | 第63-64页 |
| 第五章 碱激相关基因启动子及其模体预测 | 第64-70页 |
| ·材料与方法 | 第65-66页 |
| ·供试材料 | 第65页 |
| ·碱激相关基因启动子区预测 | 第65-66页 |
| ·Weblogo启动子模体预测 | 第66页 |
| ·结果与分析 | 第66-68页 |
| ·细胞膜相关基因的启动子区特征分析与启动子模体特征分析 | 第66-67页 |
| ·转运与结合蛋白相关基因的启动子区特征分析与启动子模体特征分析 | 第67-68页 |
| ·讨论 | 第68-70页 |
| 第六章 结论 | 第70-72页 |
| 参考文献 | 第72-79页 |
| 致谢 | 第79-80页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第80页 |
