| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 主要缩略词 | 第16-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-34页 |
| 1.1 酚类污染物及其危害 | 第17-20页 |
| 1.1.1 酚类污染物 | 第17-18页 |
| 1.1.2 酚类的生态毒性 | 第18-20页 |
| 1.1.3 酚类的处理方法 | 第20页 |
| 1.2 微生物对酚类化合物的耐受及降解研究进展 | 第20-27页 |
| 1.2.1 酚类化合物降解的微生物种类 | 第20-21页 |
| 1.2.2 微生物对酚类化合物的胁迫机制研究进展 | 第21-24页 |
| 1.2.3 酚类化合物的微生物降解机制研究 | 第24-26页 |
| 1.2.4 洋葱伯克霍尔德菌的功能及研究进展 | 第26-27页 |
| 1.3 多组学技术在分子胁迫研究中的应用 | 第27-29页 |
| 1.4 漆酶及双加氧酶在抗胁迫及酚类降解中的研究 | 第29-31页 |
| 1.4.1 漆酶在微生物抵抗胁迫中的作用 | 第29-30页 |
| 1.4.2 双加氧酶研究进展 | 第30-31页 |
| 1.5 本课题立题依据及研究内容 | 第31-34页 |
| 第二章 洋葱伯克霍尔德菌BNS的生长及功能特性 | 第34-49页 |
| 2.1 引言 | 第34-35页 |
| 2.2 材料与方法 | 第35-37页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第35页 |
| 2.2.2 实验方法 | 第35-37页 |
| 2.3 实验结果与分析 | 第37-48页 |
| 2.3.1 菌株B.cepacia BNS生长特性 | 第37-39页 |
| 2.3.2 菌株B.cepacia BNS对 pH、温度的耐受能力 | 第39-41页 |
| 2.3.3 菌株B.cepacia BNS对染料的脱色作用 | 第41-43页 |
| 2.3.4 菌株B.cepacia BNS多底物特性 | 第43-45页 |
| 2.3.5 菌株B.cepacia BNS对苯酚的降解特性 | 第45-48页 |
| 2.4 本章小结 | 第48-49页 |
| 第三章 洋葱伯克霍尔德菌在苯酚胁迫下的转录组学分析 | 第49-79页 |
| 3.1 引言 | 第49页 |
| 3.2 材料与方法 | 第49-53页 |
| 3.2.1 实验材料 | 第49-50页 |
| 3.2.2 实验方法 | 第50-53页 |
| 3.3 实验结果与分析 | 第53-69页 |
| 3.3.1 菌株在1.5 g/L苯酚胁迫下的生长曲线 | 第53-54页 |
| 3.3.2 总RNA样品的质量检测 | 第54-56页 |
| 3.3.3 转录组数据质量控制与对比分析 | 第56-57页 |
| 3.3.4 基因的表达统计 | 第57-58页 |
| 3.3.5 样品间的相关性分析 | 第58-61页 |
| 3.3.6 样品间基因表达差异分析 | 第61-69页 |
| 3.4 讨论 | 第69-78页 |
| 3.4.1 鞭毛组装(Flagellar assembly)通路分析 | 第69页 |
| 3.4.2 核糖体(Ribosome)通路分析 | 第69页 |
| 3.4.3 细菌趋化性(Bacterial chemotaxis)通路分析 | 第69-70页 |
| 3.4.4 双组分调节系统(Two component system)分析 | 第70-71页 |
| 3.4.5 ABC转运系统、分泌系统分析 | 第71页 |
| 3.4.6 苯甲酸降解通路分析 | 第71-74页 |
| 3.4.7 部分应激反应相关蛋白分析 | 第74-75页 |
| 3.4.8 酚类降解及能量代谢相关分析 | 第75-77页 |
| 3.4.9 关键基因的qPCR验证分析 | 第77-78页 |
| 3.5 本章小结 | 第78-79页 |
| 第四章 转录调控因子及sRNA分析 | 第79-100页 |
| 4.1 引言 | 第79-80页 |
| 4.2 材料与方法 | 第80页 |
| 4.2.1 实验材料 | 第80页 |
| 4.2.2 实验方法 | 第80页 |
| 4.3 实验结果与分析 | 第80-96页 |
| 4.3.1 转录因子筛选结果及分析 | 第80-88页 |
| 4.3.2 sRNA的筛选统计及表达差异分析 | 第88-90页 |
| 4.3.3 sRNA靶基因预测及分析 | 第90-94页 |
| 4.3.4 sRNA表达丰度与靶基因表达的相关性分析 | 第94-95页 |
| 4.3.5 sRNA与转录调控因子的靶向关系 | 第95-96页 |
| 4.4 讨论 | 第96-99页 |
| 4.5 本章小结 | 第99-100页 |
| 第五章 洋葱伯克霍尔德菌响应苯酚胁迫的非标记定量蛋白质组学(Label-free)分析 | 第100-121页 |
| 5.1 引言 | 第100页 |
| 5.2 材料与方法 | 第100-104页 |
| 5.2.1 实验材料 | 第100-101页 |
| 5.2.2 实验方法 | 第101-104页 |
| 5.3 实验结果与分析 | 第104-115页 |
| 5.3.1 菌体胞内蛋白的提取及检测 | 第104-105页 |
| 5.3.2 测序质量控制及肽段的鉴定 | 第105-106页 |
| 5.3.3 差异表达蛋白的筛选及统计 | 第106-107页 |
| 5.3.4 差异蛋白的GO功能注释 | 第107-109页 |
| 5.3.5 差异蛋白的KEGG功能注释 | 第109-111页 |
| 5.3.6 蛋白质相互作用网络分析 | 第111-112页 |
| 5.3.7 与转录组数据的表达联合分析 | 第112-115页 |
| 5.4 讨论 | 第115-119页 |
| 5.4.1 膜蛋白差异分析 | 第115-116页 |
| 5.4.2 转录调控蛋白差异分析 | 第116-118页 |
| 5.4.3 苯酚降解相关蛋白的差异分析 | 第118页 |
| 5.4.4 其它蛋白 | 第118-119页 |
| 5.5 本章小结 | 第119-121页 |
| 第六章 洋葱伯克霍尔德菌lacL与cat12基因的克隆与表达 | 第121-141页 |
| 6.1 引言 | 第121页 |
| 6.2 材料与方法 | 第121-127页 |
| 6.2.1 实验材料 | 第121-122页 |
| 6.2.2 实验方法 | 第122-127页 |
| 6.3 实验结果与分析 | 第127-138页 |
| 6.3.1 BC_lacL基因的克隆及序列分析 | 第127-130页 |
| 6.3.2 BC_lacL蛋白的表达与纯化 | 第130-132页 |
| 6.3.3 重组BC_lacL蛋白的性质及脱色性能 | 第132-135页 |
| 6.3.4 BC_cat12 酶在重组毕赤酵母中的分泌表达尝试 | 第135-138页 |
| 6.4 讨论 | 第138-140页 |
| 6.5 本章小结 | 第140-141页 |
| 第七章 结论及创新点 | 第141-143页 |
| 7.1 结论 | 第141页 |
| 7.2 创新点 | 第141-142页 |
| 7.3 研究展望 | 第142-143页 |
| 参考文献 | 第143-161页 |
| 致谢 | 第161-162页 |
| 个人简历 | 第162页 |
