| 摘要 | 第5-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 第1章 绪论 | 第15-31页 |
| 1.1 肠道微生物种类和分类 | 第15-16页 |
| 1.2 肠道微生物形成和变化性 | 第16-17页 |
| 1.3 不同肠道区段肠道细菌组成 | 第17-18页 |
| 1.4 不同动物肠道细菌组成 | 第18-19页 |
| 1.5 动物肠道细菌与其他一些环境细菌区别 | 第19-20页 |
| 1.6 肠道细菌与宿主健康疾病 | 第20-24页 |
| 1.6.1 肠道菌与癌症 | 第20-22页 |
| 1.6.2 肠道菌和宿主免疫 | 第22页 |
| 1.6.3 肠道菌与肥胖 | 第22-24页 |
| 1.7 目前肠道细菌的一些应用价值 | 第24-27页 |
| 1.7.1 益生菌和粪菌移植(Fecal microbiota transplantation; FMT) | 第24-26页 |
| 1.7.2 肠道菌相关化合物和基因 | 第26-27页 |
| 1.8 非人灵长目动物肠道细菌研究现状 | 第27-28页 |
| 1.9 本研究内容和意义 | 第28-31页 |
| 第2章 一些灵长目、食肉目、奇蹄目动物末端肠道菌群和异同 | 第31-51页 |
| 2.1 实验材料和方法 | 第31-33页 |
| 2.1.1 样品采集 | 第31-32页 |
| 2.1.2 粪便基因组DNA样品的制备及检测 | 第32页 |
| 2.1.3 16S rDNA的V4区PCR扩增和测序 | 第32页 |
| 2.1.4 序列处理和分析 | 第32-33页 |
| 2.2 结果和分析 | 第33-48页 |
| 2.2.1 DNA提取结果 | 第33页 |
| 2.2.2 测序数据质控 | 第33-34页 |
| 2.2.3 各种动物末端肠道菌群多样性 | 第34-37页 |
| 2.2.4 主成分分析(Principal coordinates analysis; PCoA)和聚类分析(Unweighted pair-group average; UPGMA) | 第37-39页 |
| 2.2.5 各类动物末端肠道菌群异同 | 第39-48页 |
| 2.3 本章小结和讨论 | 第48-51页 |
| 第3章 猕猴末端肠道细菌多样性和变化性 | 第51-87页 |
| 3.1 实验材料和方法 | 第51-53页 |
| 3.1.1 样品采集 | 第51-52页 |
| 3.1.2 粪便样品基因组DNA样品的制备及检测 | 第52页 |
| 3.1.3 16S rRNA基因V3+V4区扩增和测序 | 第52页 |
| 3.1.4 序列处理和分析 | 第52-53页 |
| 3.2 结果分析 | 第53-84页 |
| 3.2.1 DNA提取结果 | 第53页 |
| 3.2.2 测序数据质控 | 第53-54页 |
| 3.2.3 所有动物末端肠道菌群多样性 | 第54-57页 |
| 3.2.4 主成分分析(PCoA)和聚类分析(UPGMA) | 第57-59页 |
| 3.2.5 Spearman相关性分析 | 第59-60页 |
| 3.2.6 各种条件下猕猴末端肠道细菌变化 | 第60-84页 |
| 3.3 本章小结和讨论 | 第84-87页 |
| 第4章 几种灵长类动物可培养末端肠道细菌多样性 | 第87-105页 |
| 4.1 材料和方法 | 第87-90页 |
| 4.1.1 样品采集 | 第87-88页 |
| 4.1.2 分离过程和培养基 | 第88-90页 |
| 4.1.3 菌种纯化保藏和初步鉴定 | 第90页 |
| 4.2 实验结果 | 第90-101页 |
| 4.2.1 所有动物可培养末端肠道细菌多样性及与免培养对应分析 | 第90-93页 |
| 4.2.2 各个动物可培养末端肠道细菌多样性 | 第93-95页 |
| 4.2.3 不同条件下猕猴可培养末端肠道细菌异同 | 第95-101页 |
| 4.2.4 潜在新分类单元 | 第101页 |
| 4.3 本章小结和讨论 | 第101-105页 |
| 第5章 两株潜在新分类单元系统鉴定 | 第105-123页 |
| 5.1 实验材料和方法 | 第105-108页 |
| 5.1.1 形态和生理生化 | 第105-106页 |
| 5.1.2 细胞化学指标分析 | 第106-107页 |
| 5.1.3 分子分类分析 | 第107-108页 |
| 5.2 结果和分析 | 第108-121页 |
| 5.2.1 形态和生理生化 | 第108-109页 |
| 5.2.2 细胞化学指标 | 第109-114页 |
| 5.2.3 分子分类分析 | 第114-117页 |
| 5.2.4 菌种描述 | 第117-121页 |
| 5.3 本章小结和讨论 | 第121-123页 |
| 第6章 一些菌株潜在应用价值探索 | 第123-187页 |
| 6.1 活性检测 | 第123-132页 |
| 6.1.1 实验材料和方法 | 第123-125页 |
| 6.1.2 结果和分析 | 第125-132页 |
| 6.2 五株链霉菌全基因草图测序 | 第132-175页 |
| 6.2.1 测序菌株和程序 | 第132-134页 |
| 6.2.2 结果和分析 | 第134-175页 |
| 6.3 菌株100880次级代谢产物分离 | 第175-179页 |
| 6.3.1 实验材料和方法 | 第175-177页 |
| 6.3.2 结果及分析 | 第177-179页 |
| 6.4 棒状杆菌产谷氨酸潜力试验及毒性基因检测 | 第179-184页 |
| 6.4.1 实验材料和方法 | 第179-181页 |
| 6.4.2 结果分析 | 第181-184页 |
| 6.5 本章小结和讨论 | 第184-187页 |
| 第7章 总结和展望 | 第187-191页 |
| 参考文献 | 第191-207页 |
| 致谢 | 第207-209页 |
| 攻读博士学位期间取得的学术成果 | 第209-211页 |
| 个人简介 | 第211页 |
