| 中文摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 一.引言 | 第10-19页 |
| 1.DNA测序技术和基因组拼接 | 第10-12页 |
| 2.同源基因 | 第12-14页 |
| 3.基于基因组的系统发育分析 | 第14-15页 |
| 4.基因组拓普网络结构计算模型 | 第15-17页 |
| 5.B型链球菌 | 第17-19页 |
| 二.基因组拓扑网络计算模型的升级及改进后的计算流程 | 第19-33页 |
| 1.使用的硬件及软件工具 | 第19页 |
| 2.基因组拓扑网络结构模型的升级改进 | 第19-24页 |
| 2.1 使GTN能够分析基因组草图(draft基因组)的能力 | 第20-21页 |
| 2.2 使用马尔可夫聚类计算模型对基因组的基因进行聚类 | 第21-23页 |
| 2.3 引入bootstrap统计检验调整系统发育树 | 第23页 |
| 2.4 升级后的GTN提供每个分支或者基因组的基因位置变化信息 | 第23-24页 |
| 3.升级之后GTN的计算流程 | 第24-33页 |
| 3.1 输入文件的整理 | 第26-28页 |
| 3.2 基因组的共有共线性区域查找 | 第28页 |
| 3.3 COG基因家族聚类 | 第28页 |
| 3.4 基因的拓扑网络结构计算 | 第28-30页 |
| 3.5 系统发育树的构建 | 第30页 |
| 3.6 基因家族的差异度计算及各分支间连接关系变化基因统计 | 第30-33页 |
| 三.使用升级的GTN对B型链球菌进行基因组比较分析 | 第33-39页 |
| 1.基因组下载信息 | 第33-36页 |
| 2.基因组筛选 | 第36-37页 |
| 3.使用两种方法构建三个用于GTN进化距离计算的基因家族列表 | 第37页 |
| 4.系统发育树构建及各分支独有的连接关系基因统计 | 第37-38页 |
| 5.IB血清型缺失基因的查找及基因的功能富集 | 第38-39页 |
| 四.全基因组拓扑网络模型的计算结果 | 第39-58页 |
| 1.基因组筛选结果 | 第39-41页 |
| 2.基因聚类结果 | 第41-42页 |
| 3.B型链球菌基因组的系统发育树 | 第42-47页 |
| 4.GTN中基因组的基因连接变化关系分析 | 第47-58页 |
| 五.结果分析及讨论 | 第58-66页 |
| 1.基因组拓扑网络模型的优化改进 | 第58-62页 |
| 2.B型链球菌基因组的进化分析 | 第62-66页 |
| 2.1 基因组的拓扑网络系统发育树 | 第62页 |
| 2.2 分支间的基因变化 | 第62-64页 |
| 2.3 Ib血清型B型链球菌的缺失基因分析 | 第64-66页 |
| 六.总结 | 第66-68页 |
| 七.参考文献 | 第68-72页 |
| 八.附录 | 第72-97页 |
| 致谢 | 第97-98页 |
