| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第一章 绪论 | 第15-47页 |
| 1.1 蓝藻水华 | 第15-24页 |
| 1.1.1 蓝藻水华的概念 | 第15-18页 |
| 1.1.2 蓝藻水华的研究进展 | 第18-24页 |
| 1.2 太湖蓝藻水华 | 第24-33页 |
| 1.2.1 太湖概况 | 第24-25页 |
| 1.2.2 太湖水质及其历史演变 | 第25-29页 |
| 1.2.3 太湖藻类及其历史演变 | 第29-31页 |
| 1.2.4 太湖蓝藻水华监测及其治理 | 第31-33页 |
| 1.3 DNA测序技术的发展 | 第33-38页 |
| 1.3.1 发展历程 | 第33-34页 |
| 1.3.2 测序原理及其发展 | 第34-36页 |
| 1.3.3 主流测序平台及其比较 | 第36-38页 |
| 1.4 宏基因组及其宏基因组学 | 第38-42页 |
| 1.4.1 微生物与宏基因组学 | 第38-40页 |
| 1.4.2 高通量测序技术在宏基因组中的运用 | 第40-41页 |
| 1.4.3 宏基因组学技术的机遇与挑战 | 第41-42页 |
| 1.5 本课题的主要工作 | 第42-47页 |
| 1.5.1 研究目的 | 第42-43页 |
| 1.5.2 研究内容 | 第43-44页 |
| 1.5.3 目的意义 | 第44页 |
| 1.5.4 论文构架 | 第44-47页 |
| 第二章 太湖水体中细菌多样性方法体系构建 | 第47-79页 |
| 2.1 前言 | 第47-48页 |
| 2.2 Meta DNA提取方法的比较研究 | 第48-53页 |
| 2.2.1 材料和方法 | 第48-49页 |
| 2.2.2 结果 | 第49-52页 |
| 2.2.3 讨论 | 第52-53页 |
| 2.2.4 小结 | 第53页 |
| 2.3 16S rRNA基因V区选择策略研究 | 第53-71页 |
| 2.3.1 材料和方法 | 第53-55页 |
| 2.3.2 结果 | 第55-66页 |
| 2.3.3 讨论 | 第66-71页 |
| 2.3.4 小结 | 第71页 |
| 2.4 数据库比较研究 | 第71-77页 |
| 2.4.1 材料和方法 | 第71页 |
| 2.4.2 结果 | 第71-76页 |
| 2.4.3 讨论 | 第76-77页 |
| 2.4.4 小结 | 第77页 |
| 2.5 本章小结 | 第77-79页 |
| 第三章 太湖水体细菌的多样性研究 | 第79-109页 |
| 3.1 前言 | 第79-80页 |
| 3.2 材料和方法 | 第80-82页 |
| 3.2.1 样本采集 | 第80-81页 |
| 3.2.2 Meta DNA提取方法 | 第81页 |
| 3.2.3 测序和数据处理 | 第81页 |
| 3.2.4 环境因子及其分析 | 第81页 |
| 3.2.5 统计分析 | 第81-82页 |
| 3.3 结果 | 第82-103页 |
| 3.3.1 理化和生物参数 | 第82-84页 |
| 3.3.2 Alpha多样性 | 第84-87页 |
| 3.3.3 Beta多样性 | 第87-90页 |
| 3.3.4 时空变化 | 第90-96页 |
| 3.3.5 网络分析 | 第96-99页 |
| 3.3.6 水体细菌与环境因子的关系 | 第99-103页 |
| 3.4 讨论 | 第103-107页 |
| 3.4.1 太湖水体细菌的季节演替 | 第103-105页 |
| 3.4.2 太湖水体细菌的驱动因子 | 第105-107页 |
| 3.5 本章小结 | 第107-109页 |
| 第四章 太湖蓝藻群体颗粒附生细菌的多样性研究 | 第109-133页 |
| 4.1 前言 | 第109-110页 |
| 4.2 材料和方法 | 第110-115页 |
| 4.2.1 样本采集和预处理 | 第110-114页 |
| 4.2.2 Meta DNA提取方法 | 第114-115页 |
| 4.2.3 测序及其数据处理 | 第115页 |
| 4.2.4 统计分析 | 第115页 |
| 4.3 结果 | 第115-128页 |
| 4.3.1 季节演替 | 第115-119页 |
| 4.3.2 上下浮 | 第119-123页 |
| 4.3.3 宿主特异性 | 第123-127页 |
| 4.3.4 差异性分析 | 第127-128页 |
| 4.4 讨论 | 第128-131页 |
| 4.5 本章小结 | 第131-133页 |
| 第五章 片状微囊藻Microcystis panniformis FACHB 1757全基因组测序和分析 | 第133-149页 |
| 5.1 前言 | 第133-134页 |
| 5.2 材料和方法 | 第134-137页 |
| 5.2.1 样本采集 | 第134-135页 |
| 5.2.2 藻株培养和DNA提取 | 第135页 |
| 5.2.3 基因组测序概况 | 第135-136页 |
| 5.2.4 基因组组装 | 第136页 |
| 5.2.5 基因组注释 | 第136-137页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第137-148页 |
| 5.3.1 M.panniformis FACHB 1757基本信息 | 第137-138页 |
| 5.3.2 基因组结构及特征 | 第138-140页 |
| 5.3.3 系统发育分析 | 第140-142页 |
| 5.3.4 基因功能注释结果 | 第142-144页 |
| 5.3.5 同源基因及基因簇分析 | 第144-145页 |
| 5.3.6 微囊藻基因组比较 | 第145-146页 |
| 5.3.7 免疫功能分析 | 第146-148页 |
| 5.4 本章小结 | 第148-149页 |
| 第六章 太湖蓝藻群体颗粒宏基因组学研究 | 第149-177页 |
| 6.1 前言 | 第149-150页 |
| 6.2 材料和方法 | 第150-152页 |
| 6.2.1 样本采集和DNA提取 | 第150-151页 |
| 6.2.2 水质参数和半定量活检分析 | 第151页 |
| 6.2.3 遥感数据及其分析 | 第151页 |
| 6.2.4 扫描电镜SEM表征 | 第151页 |
| 6.2.5 宏基因组测序及其数据处理 | 第151-152页 |
| 6.2.6 统计学分析 | 第152页 |
| 6.3 结果 | 第152-170页 |
| 6.3.1 样本统计及其测序概况 | 第152页 |
| 6.3.2 基于MODIS影像的蓝藻水华暴发情况统计 | 第152-153页 |
| 6.3.3 水质和蓝藻水华演替 | 第153-157页 |
| 6.3.4 MBCA群落结构 | 第157-163页 |
| 6.3.5 MBCA群落与水质关系 | 第163-164页 |
| 6.3.6 MMCA功能和代谢通路分析 | 第164-170页 |
| 6.4 讨论 | 第170-174页 |
| 6.4.1 微囊藻和长孢藻演替的原因探讨 | 第170-172页 |
| 6.4.2 蓝藻水华各暴发阶段的表征 | 第172-174页 |
| 6.5 本章小结 | 第174-177页 |
| 第七章 总结和展望 | 第177-181页 |
| 7.1 总结 | 第177-178页 |
| 7.2 展望 | 第178-181页 |
| 参考文献 | 第181-205页 |
| 第一章 附录A | 第205-207页 |
| 第二章 附录B | 第207-237页 |
| 附录2.1 Meta DNA提取方法 | 第207-212页 |
| 附录2.2 基于Illumina MiSeq平台的16S rRNA数据分析流程 | 第212-214页 |
| 附录2.3 16S rRNA基因V区选择策略研究的相关附表 | 第214-234页 |
| 附录2.4 基于Ion torrent PGM平台的16S rRNA数据分析流程 | 第234-237页 |
| 第三章 附录C | 第237-241页 |
| 第四章 附录D | 第241-245页 |
| 第五章 附录E | 第245-251页 |
| 第六章 附录F | 第251-265页 |
| 附录6.1 Meta DNA提取方法(TENP法) | 第251-253页 |
| 附录6.2 MBCA宏基因组数据分析流程 | 第253-255页 |
| 附录6.3 附图 | 第255-261页 |
| 附录6.4 附表 | 第261-265页 |
| 致谢 | 第265-267页 |
| 作者简介 | 第267-268页 |
