| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-18页 |
| 1.1 课题的研究背景及意义 | 第9-13页 |
| 1.1.1 生物信息学概述 | 第9-10页 |
| 1.1.2 蛋白质-核酸相互作用的概述 | 第10-11页 |
| 1.1.3 蛋白质-核酸界面热点残基简介 | 第11-12页 |
| 1.1.4 蛋白质-核酸界面热点残基的研究意义 | 第12-13页 |
| 1.2 蛋白质-核酸界面热点残基研究现状 | 第13-15页 |
| 1.3 本文内容安排 | 第15-18页 |
| 1.3.1 本文研究内容 | 第15-16页 |
| 1.3.2 本文章节安排 | 第16页 |
| 1.3.3 创新点 | 第16-18页 |
| 第二章 蛋白质-酸界面丙氨酸突变效应数据库的构建与分析 | 第18-26页 |
| 2.1 引言 | 第18-19页 |
| 2.2 残基丙氨酸突变效应数据的收集与处理 | 第19-20页 |
| 2.3 残基丙氨酸突变效应数据库的构建 | 第20-22页 |
| 2.4 数据库中数据的分析 | 第22-24页 |
| 2.5 本章小结 | 第24-26页 |
| 第三章 蛋白质-核酸界面热点残基预测模型的构建 | 第26-49页 |
| 3.1 引言 | 第26-27页 |
| 3.2 数据集的获取 | 第27-28页 |
| 3.2.1 训练集数据 | 第27-28页 |
| 3.2.2 独立测试集数据 | 第28页 |
| 3.3 基于蛋白质理化和结构信息的特征生成 | 第28-33页 |
| 3.3.1 基于氨基酸理化属性的特征 | 第28-29页 |
| 3.3.2 基于氨基酸深度指数和突出指数的特征 | 第29-30页 |
| 3.3.3 氨基酸溶剂可及表面积相关特征 | 第30-31页 |
| 3.3.4 静电势相关特征 | 第31页 |
| 3.3.5 氢键相关特征 | 第31页 |
| 3.3.6 二级结构相关特征 | 第31-32页 |
| 3.3.7 序列保守性特征 | 第32-33页 |
| 3.4 特征选择 | 第33-34页 |
| 3.4.1 特征选择简介 | 第33页 |
| 3.4.2 基于决策树和序列向前的特征选择方法 | 第33-34页 |
| 3.5 分类器模型的构建 | 第34页 |
| 3.6 模型评价指标 | 第34-35页 |
| 3.7 统计分析检测特征与热点之间的关系——WILCOXON秩和检验 | 第35页 |
| 3.8 实验结果与分析 | 第35-42页 |
| 3.8.1 特征选择结果 | 第35-40页 |
| 3.8.2 两步特征选择效果的进一步验证 | 第40-41页 |
| 3.8.3 不同分类器结果比较 | 第41页 |
| 3.8.4 模型在独立测试集上的评估 | 第41-42页 |
| 3.8.5 与其他预测模型的比较 | 第42页 |
| 3.9 特征分析 | 第42-48页 |
| 3.9.1 残基的物理化学属性与热点残基 | 第43-44页 |
| 3.9.2 残基的深度指数、突出指数与热点残基 | 第44-45页 |
| 3.9.3 残基的溶剂可及表面积与热点残基 | 第45-46页 |
| 3.9.4 残基的静电势与热点残基 | 第46页 |
| 3.9.5 残基的氢键与热点残基 | 第46-47页 |
| 3.9.6 残基的二级结构与热点残基 | 第47页 |
| 3.9.7 残基的保守性与热点残基 | 第47-48页 |
| 3.10 本章小结 | 第48-49页 |
| 第四章 总结与展望 | 第49-51页 |
| 4.1 全文工作总结 | 第49-50页 |
| 4.2 后续工作展望 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-58页 |
| 附录 | 第58-71页 |
| 致谢 | 第71-72页 |
| 攻读学位期间科研成果 | 第72页 |