| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 英文缩写词表 | 第10-11页 |
| 第1章 文献综述 | 第11-25页 |
| 1.1 植物C值或基因组大小的研究进展 | 第11-13页 |
| 1.1.1 基因组大小及C值概述和测定方法 | 第11-12页 |
| 1.1.2 植物基因组大小研究进展 | 第12-13页 |
| 1.2 转录组研究进展 | 第13-15页 |
| 1.2.1 转录组概念 | 第13-14页 |
| 1.2.2 转录组研究方法 | 第14-15页 |
| 1.3 高通量测序技术 | 第15-17页 |
| 1.3.1 高通量测序技术优势 | 第15页 |
| 1.3.2 高通量测序技术介绍及比较 | 第15-17页 |
| 1.4 蕨类植物研究背景 | 第17-22页 |
| 1.4.1 蕨类资源分布及系统分类地位 | 第17-18页 |
| 1.4.2 蕨类的应用价值 | 第18-19页 |
| 1.4.3 蕨类植物基因组和转录组测序研究进展 | 第19-20页 |
| 1.4.4 紫萁概况 | 第20-21页 |
| 1.4.5 姬蕨概况 | 第21-22页 |
| 1.5 本文研究的意义 | 第22-25页 |
| 第2章 应用流式细胞术测定紫萁和姬蕨C值及体系优化 | 第25-37页 |
| 2.1 供试材料 | 第28页 |
| 2.2 内标植物 | 第28页 |
| 2.3 方法 | 第28-30页 |
| 2.3.1 Otto和GPB提取液制备细胞核悬液及样品测定 | 第28-29页 |
| 2.3.2 数据处理 | 第29-30页 |
| 2.4 结果与分析 | 第30-35页 |
| 2.4.1 紫萁C值测定结果与分析 | 第30-34页 |
| 2.4.2 姬蕨C值测定结果与分析 | 第34-35页 |
| 2.5 讨论 | 第35-37页 |
| 2.5.1 FCM测定样品材料和内标植物的选择 | 第35-36页 |
| 2.5.2 C值测定中细胞核解离液的选择探讨 | 第36-37页 |
| 第3章 应用RNA-Seq对紫萁和姬蕨转录组测序及数据分析 | 第37-77页 |
| 3.1 实验材料 | 第40页 |
| 3.2 实验仪器与试剂 | 第40-41页 |
| 3.2.1 主要实验仪器设备 | 第40页 |
| 3.2.2 实验试剂和耗材 | 第40-41页 |
| 3.3 方法 | 第41-46页 |
| 3.3.1 紫萁和姬蕨RNA提取 | 第41页 |
| 3.3.2 RNA质量检测 | 第41-43页 |
| 3.3.3 cDNA文库构建 | 第43-44页 |
| 3.3.4 Illumina测序、短读序组装和注释 | 第44-45页 |
| 3.3.5 CDS预测 | 第45页 |
| 3.3.6 SSR检测 | 第45-46页 |
| 3.4 结果与分析 | 第46-73页 |
| 3.4.1 短读序转录组测序与拼接分析 | 第46-53页 |
| 3.4.2 功能注释 | 第53-63页 |
| 3.4.3 功能基因(Unigene)的CDS预测结果与分析 | 第63-65页 |
| 3.4.4 SSR预测分析 | 第65-68页 |
| 3.4.5 黄酮类化合物合成相关基因代谢路径分析 | 第68-73页 |
| 3.5 讨论 | 第73-77页 |
| 3.5.1 转录组测序技术的选择和可行性 | 第73-74页 |
| 3.5.2 紫萁、姬蕨的基因功能注释和预测分析 | 第74-75页 |
| 3.5.3 紫萁、姬蕨黄酮类合成相关基因的发掘在基因克隆中的应用 | 第75页 |
| 3.5.4 紫萁、姬蕨转录组SSR的分布特征及开发利用 | 第75-77页 |
| 结论 | 第77-79页 |
| 参考文献 | 第79-93页 |
| 致谢 | 第93-95页 |
| 攻读硕士学位期间研究成果 | 第95页 |
