| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 1 前言 | 第9-20页 |
| 1.1 海胆纲研究背景 | 第9-10页 |
| 1.2 系统发育学概述 | 第10-15页 |
| 1.2.1 系统发育学之产生与发展 | 第10-12页 |
| 1.2.2 系统发育学研究方法 | 第12-15页 |
| 1.3 刻肋海胆科的形态特征及种群分布特征 | 第15-16页 |
| 1.4 线粒体 DNA 的特征及线粒体全基因组应用 | 第16-19页 |
| 1.4.1 线粒体 DNA 的特征 | 第16-17页 |
| 1.4.2 线粒体 DNA 以及线粒体全基因组在海胆研究中的应用 | 第17-19页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第19-20页 |
| 2 刻肋海胆科两种种刻肋海胆线粒体基因组全序测定 | 第20-27页 |
| 2.1 材料与方法 | 第20页 |
| 2.2 实验方法 | 第20-26页 |
| 2.2.1 DNA 模版的提取 | 第20-23页 |
| 2.2.2 PCR 引物的设计 | 第23-24页 |
| 2.2.3 PCR 扩增 | 第24页 |
| 2.2.4 PCR 产物检测与纯化 | 第24-26页 |
| 2.2.5 测序 | 第26页 |
| 2.3 数据分析 | 第26-27页 |
| 3 两种刻肋海胆线粒体基因组结构组成分析 | 第27-57页 |
| 3.1 两种刻肋海胆基因组成 | 第27-32页 |
| 3.2 两种刻肋海胆线粒体基因组碱基构成分析 | 第32-35页 |
| 3.2.1 蛋白质编码基因（CDS） | 第34页 |
| 3.2.2 tRNA | 第34页 |
| 3.2.3 rRNA | 第34-35页 |
| 3.2.4 非编码区 | 第35页 |
| 3.3 两种刻肋海胆线粒体基因组各片段比较分析 | 第35-57页 |
| 3.3.1 蛋白质编码基因 | 第35-38页 |
| 3.3.2 tRNA 序列分析 | 第38-52页 |
| 3.3.3 核糖体 RNA 结构分析 | 第52-57页 |
| 4 基于线粒体基因组全序列以及各基因片段的系统发育分析 | 第57-66页 |
| 4.1 基于线粒体基因组全序列的系统发育分析 | 第58-60页 |
| 4.2 基于线粒体基因组蛋白质编码序列的系统发育分析 | 第60-62页 |
| 4.3 基于线粒体基因组核糖体 RNA 的系统发育分析 | 第62-64页 |
| 4.4 基于线粒体基因组 tRNA 的系统发育分析 | 第64-66页 |
| 5 关于棘皮动物门已知线粒体基因组全序的分析 | 第66-73页 |
| 5.1 棘皮动物基因重排 | 第69-70页 |
| 5.2 棘皮动物门线粒体基因组变异位点分析 | 第70页 |
| 5.3 系统发生关系分析 | 第70-73页 |
| 6 总结 | 第73-75页 |
| 参考文献 | 第75-82页 |
| 致谢 | 第82-83页 |
| 个人简历及发表的学术论文 | 第83-84页 |
