| 中文摘要 | 第1-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 缩写词汇 | 第12-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-52页 |
| 第一节 引言 | 第14-17页 |
| 第二节 基因芯片技术简介 | 第17-22页 |
| 第三节 基因芯片研究现状 | 第22-32页 |
| 第四节 基因芯片批次效应 | 第32-36页 |
| 第五节 校正批次效应算法的综述 | 第36-42页 |
| 第六节 基因芯片生物医学研究中的应用 | 第42-44页 |
| 参考文献 | 第44-52页 |
| 第二章 校正批次效应算法的比较 | 第52-81页 |
| 第一节 引言 | 第52-53页 |
| 第二节 实验数据和方法 | 第53-58页 |
| 1 实验数据 | 第53-55页 |
| 2 比较方法 | 第55-58页 |
| 第三节 实验结果 | 第58-71页 |
| 1 方差比例比较结果 | 第58-60页 |
| 2 精度比较结果 | 第60-63页 |
| 3 准度比较结果 | 第63-66页 |
| 4 综合评估比较结果 | 第66-70页 |
| 5 总结 | 第70-71页 |
| 第四节 结果讨论 | 第71-77页 |
| 第五节 结论 | 第77-78页 |
| 参考文献 | 第78-81页 |
| 第三章 基于芯片的基因共表达网络构建方法在精神分裂症中的应用 | 第81-153页 |
| 第一节 引言 | 第81-91页 |
| 1 精神分裂症 | 第81-83页 |
| 2 精神分裂症的遗传学和表观遗传学研究进展 | 第83-84页 |
| 3 精神分裂症基因表达分析研究进展 | 第84-91页 |
| 第二节 实验对象和方法 | 第91-104页 |
| 1 实验对象 | 第91-92页 |
| 2 实验方法 | 第92-104页 |
| ·基因表达数据的质量控制 | 第92-94页 |
| ·构建基因共表达网络 | 第94-99页 |
| ·基于模块特征值的eQTL分析 | 第99-101页 |
| ·DNA甲基化数据生成与处理 | 第101-104页 |
| 第三节 实验结果 | 第104-136页 |
| 1 网络构建的结果 | 第104-119页 |
| ·帝国理工学院查令十字医院前额皮层基因表达的网络构建 | 第104-109页 |
| ·斯坦利研究中心顶叶皮层基因表达的网络构建 | 第109-115页 |
| ·斯坦利研究中心小脑的网络构建 | 第115-119页 |
| 2 不同脑区的基因表达网络的比较 | 第119-125页 |
| ·PFC_CCHPC与PFC_VBBN的基因网络/模块的比较 | 第119-120页 |
| ·PC_SMRI与CTX_Oldham的基因网络/模块的比较 | 第120-121页 |
| ·CB_SMRI与CB_Oldham的基因网络/模块的比较 | 第121-122页 |
| ·三组基因网络/模块之间的相互比较 | 第122-125页 |
| 3 基因模块的特征 | 第125-129页 |
| ·与疾病状况相关的基因网络/模块 | 第125-127页 |
| ·显著相关模块的基因功能 | 第127-128页 |
| ·基因网络/模块基因在特定的细胞组织表达 | 第128-129页 |
| 4 显著相关模块在其他数据中的验证 | 第129-133页 |
| 5 基因模块研究与单个基因的关联分析的比较 | 第133-134页 |
| 6 eQTL方法探究遗传机制 | 第134页 |
| 7 DNA甲基化方法探究表观遗传机制 | 第134-136页 |
| 第四节 结果讨论 | 第136-141页 |
| 第五节 结论 | 第141-142页 |
| 参考文献 | 第142-153页 |
| 第四章 结束语 | 第153-156页 |
| 第一节 研究总结 | 第153-155页 |
| 第二节 研究展望 | 第155-156页 |
| 附录1 Pyrosequencing探针序列 | 第156-159页 |
| 附录2 基于MAS call算法筛选探针代码 | 第159-165页 |
| 附录3 基于PVCA算法计算方差比例代码 | 第165-167页 |
| 附录4 WGCNA算法构建基因共表达网络代码 | 第167-171页 |
| 附录5 模块与疾病相关的计算 | 第171-172页 |
| 论文发表情况 | 第172页 |
| 待发表论文 | 第172-173页 |
| 致谢 | 第173-175页 |
