| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 插图索引 | 第12-16页 |
| 表格索引 | 第16-17页 |
| 第一章 绪论 | 第17-39页 |
| 1.1 系统生物学背景和意义 | 第17-21页 |
| 1.1.1 系统生物学的定义 | 第17页 |
| 1.1.2 系统生物学的起源 | 第17-18页 |
| 1.1.3 系统生物学的研究内容 | 第18-21页 |
| 1.1.4 系统生物学的研究意义 | 第21页 |
| 1.2 基因调控网络构建方法研究综述 | 第21-36页 |
| 1.2.1 基因调控网络的定义 | 第22-23页 |
| 1.2.2 基因调控网络的研究意义 | 第23-24页 |
| 1.2.3 构建转录调控网络的常用数据 | 第24-26页 |
| 1.2.4 基因调控网络构建方法 | 第26-35页 |
| 1.2.5 基因调控网络构建中存在的一些问题 | 第35-36页 |
| 1.3 论文的主要研究内容和创新点 | 第36-38页 |
| 1.4 论文结构 | 第38-39页 |
| 第二章 基于条件互信息的路径一致算法 | 第39-65页 |
| 2.1 引言 | 第39-40页 |
| 2.2 数据与方法 | 第40-48页 |
| 2.2.1 信息与条件互信息的定义 | 第41-42页 |
| 2.2.2 信息与条件互信息的计算方法 | 第42页 |
| 2.2.3 条件独立性显著性检验 | 第42-43页 |
| 2.2.4 路径一致算法及PCA-CMI方法 | 第43-45页 |
| 2.2.5 软件获取 | 第45-46页 |
| 2.2.6 数据集 | 第46页 |
| 2.2.7 方法比较 | 第46-47页 |
| 2.2.8 评价指标 | 第47-48页 |
| 2.3 实验结果分析 | 第48-62页 |
| 2.3.1 模拟数据上的基因调控网络构建 | 第48-55页 |
| 2.3.2 真实数据上的基因调控网络构建 | 第55-58页 |
| 2.3.3 基因调控网络构建的显著性检验 | 第58-60页 |
| 2.3.4 条件互信息的性能分析 | 第60-62页 |
| 2.4 讨论 | 第62-63页 |
| 2.5 本章小结 | 第63-65页 |
| 第三章 基于互信息和逐步优化的降噪去冗余方法 | 第65-87页 |
| 3.1 引言 | 第65-66页 |
| 3.2 数据与方法 | 第66-73页 |
| 3.2.1 转录调控过程的数学建模 | 第66-68页 |
| 3.2.2 逐步优化模型 | 第68-69页 |
| 3.2.3 信息及其计算 | 第69页 |
| 3.2.4 NARROMI方法 | 第69-71页 |
| 3.2.5 网络构建的显著性分析 | 第71-72页 |
| 3.2.6 软件获取 | 第72页 |
| 3.2.7 数据集 | 第72页 |
| 3.2.8 评价指标 | 第72-73页 |
| 3.2.9 方法比较 | 第73页 |
| 3.3 实验结果分析 | 第73-85页 |
| 3.3.1 线性模拟数据上的基因调控网络构建 | 第73-77页 |
| 3.3.2 DREAM竞赛非线性模拟数据上的网络构建 | 第77-81页 |
| 3.3.3 大肠杆菌基因调控网络构建 | 第81-84页 |
| 3.3.4 逐步优化技术在NARROMI方法中的作用分析 | 第84-85页 |
| 3.4 讨论 | 第85-86页 |
| 3.5 本章小结 | 第86-87页 |
| 第四章 基于准确定量因果强度的调谐互信息的基因调控网络构建方法 | 第87-111页 |
| 4.1 引言 | 第87-88页 |
| 4.2 数据与方法 | 第88-100页 |
| 4.2.1 信息与条件互信息 | 第89-90页 |
| 4.2.2 调谐互信息的定义 | 第90-93页 |
| 4.2.3 调谐互信息的计算 | 第93-97页 |
| 4.2.4 因果强度的准确定量 | 第97页 |
| 4.2.5 NETTMI方法 | 第97-98页 |
| 4.2.6 软件获取 | 第98-99页 |
| 4.2.7 数据集 | 第99页 |
| 4.2.8 方法比较 | 第99页 |
| 4.2.9 评价指标 | 第99-100页 |
| 4.3 实验结果分析 | 第100-108页 |
| 4.3.1 模拟数据上的基因调控网络构建分析 | 第100-104页 |
| 4.3.2 大肠杆菌SOS网络构建 | 第104-106页 |
| 4.3.3 调谐互信息的性能评价 | 第106-108页 |
| 4.4 讨论 | 第108-109页 |
| 4.5 本章小结 | 第109-111页 |
| 第五章 总结和展望 | 第111-115页 |
| 5.1 总结 | 第111-112页 |
| 5.2 展望 | 第112-115页 |
| 参考文献 | 第115-123页 |
| 攻读博士学位期间完成的工作 | 第123-125页 |
| 致谢 | 第125页 |
