小黄鱼与大黄鱼比较基因组及生长相关性状研究
| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 第一章 引言 | 第14-24页 |
| 1.1 基因组测序技术 | 第14-15页 |
| 1.1.1 一代测序技术和二代测序技术 | 第14-15页 |
| 1.1.2 三代测序技术 | 第15页 |
| 1.2 比较基因组学的发展 | 第15-18页 |
| 1.2.1 比较基因组的开端 | 第16页 |
| 1.2.2 比较基因组研究内容 | 第16-18页 |
| 1.3 鱼类基因组学研究现状 | 第18-21页 |
| 1.3.1 国外鱼类基因组研究 | 第18-19页 |
| 1.3.2 国内鱼类基因组研究 | 第19-21页 |
| 1.4 大黄鱼与小黄鱼 | 第21-22页 |
| 1.4.1 大黄鱼特点 | 第21-22页 |
| 1.4.2 小黄鱼特点 | 第22页 |
| 1.4.3 大小黄鱼的研究进展 | 第22页 |
| 1.5 本论文研究目的和主要内容 | 第22-24页 |
| 第二章 小黄鱼与大黄鱼比较基因组学研究 | 第24-37页 |
| 2.1 材料与方法 | 第24-30页 |
| 2.1.1 技术路线 | 第24-25页 |
| 2.1.2 数据来源和质控 | 第25-27页 |
| 2.1.3 基因组组装与注释 | 第27-29页 |
| 2.1.4 基因家族分析 | 第29-30页 |
| 2.1.5 构建进化树 | 第30页 |
| 2.1.6 共线性分析 | 第30页 |
| 2.2 结果与分析 | 第30-35页 |
| 2.2.1 小黄鱼基因组组装 | 第30-31页 |
| 2.2.2 小黄鱼的重复序列注释 | 第31-32页 |
| 2.2.3 小黄鱼的RNA注释 | 第32-33页 |
| 2.2.4 小黄鱼的基因注释 | 第33页 |
| 2.2.5 小黄鱼和大黄鱼的基因组比较 | 第33页 |
| 2.2.6 基因家族 | 第33-34页 |
| 2.2.7 物种进化关系 | 第34-35页 |
| 2.2.8 小黄鱼与大黄鱼的共线性 | 第35页 |
| 2.3 结论与讨论 | 第35-37页 |
| 第三章 小黄鱼和大黄鱼生长性状相关分析 | 第37-44页 |
| 3.1 实验方法 | 第37-38页 |
| 3.1.1 正选择基因筛选 | 第37-38页 |
| 3.2 结果 | 第38-42页 |
| 3.2.1 正选择基因 | 第38-40页 |
| 3.2.2 大小黄鱼生长性状 | 第40-42页 |
| 3.3 总结与讨论 | 第42-44页 |
| 第四章 总结与展望 | 第44-46页 |
| 参考文献 | 第46-53页 |
| 附录1 | 第53-56页 |
| 附录2 | 第56-59页 |
| 致谢 | 第59-60页 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 | 第60页 |
