| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| LIST OF APPENDIXES | 第14-15页 |
| ABBREVIATIONS | 第15-17页 |
| CHAPTER 1 INTRODUCTION | 第17-45页 |
| 1.1 INTRODUCTION OF COTTON | 第17-21页 |
| 1.1.1 GENERAL DESCRIPTION | 第17-18页 |
| 1.1.2 COTTON USAGE AND CONSUMPTION | 第18-19页 |
| 1.1.3 TAXONOMY AND GENOMIC EVOLUTION | 第19-20页 |
| 1.1.4 GEOGRAPHIC ORIGIN AND DISTRIBUTION | 第20-21页 |
| 1.2 COTTON FIBER DEVELOPMENT AND FEATURES | 第21-24页 |
| 1.2.1 FIBER DEVELOPMENT | 第21-22页 |
| 1.2.1.1 Initiation | 第21-22页 |
| 1.2.1.2 Elongation or primary cell wall formation | 第22页 |
| 1.2.1.3 Secondary cell wall deposition (SCW) | 第22页 |
| 1.2.1.4 Maturation / dehydration | 第22页 |
| 1.2.2 FIBER FEATURE AND CHARACTERISTICS | 第22-24页 |
| 1.2.2.1 Fiber Elongation (FE) | 第22页 |
| 1.2.2.2 Fiber Length (FL) or Upper half means length | 第22-23页 |
| 1.2.2.3 Fiber Micronaire (FM) | 第23页 |
| 1.2.2.4 Fiber Strength (FS) | 第23页 |
| 1.2.2.5 Fiber Uniformity (FU) | 第23-24页 |
| 1.3 QTL MAPPING | 第24-34页 |
| 1.3.1 MARKERS | 第24-30页 |
| 1.3.1.1 Morphological marker | 第25页 |
| 1.3.1.2 Biochemical markers | 第25页 |
| 1.3.1.3 DNA based markers | 第25-30页 |
| 1.3.1.3.1 Hybridization based markers | 第25-26页 |
| 1.3.1.3.2 Polymerase chain reaction (PCR) based markers | 第26-29页 |
| 1.3.1.3.2.1 Random amplified polymorphic DNA (RAPD) | 第27-28页 |
| 1.3.1.3.2.2 Amplified fragment length polymorphism (AFLP) | 第28页 |
| 1.3.1.3.2.3 Simple sequence repeats (SSR) | 第28-29页 |
| 1.3.1.3.3 DNA sequence based markers | 第29-30页 |
| 1.3.2 MAPPING POPULATION | 第30-32页 |
| 1.3.2.1 Second Filial (F2) population: | 第31-32页 |
| 1.3.2.2 Backcross population (BC) | 第32页 |
| 1.3.2.3 Recombinant inbred lines (RIL) | 第32页 |
| 1.3.3 STATISTICAL METHODS FOR QTL MAPPING | 第32-34页 |
| 1.3.3.1 Single Marker Analysis | 第32-33页 |
| 1.3.3.2 Simple Interval mapping | 第33页 |
| 1.3.3.3 Composite Interval Mapping | 第33页 |
| 1.3.3.4 Multiple interval mapping | 第33-34页 |
| 1.4 QTL MAPPING IN COTTON (REVIEW OF LITERATURE) | 第34-42页 |
| 1.5 META QTL ANALYSIS IN COTTON | 第42-44页 |
| OBJECTIVE OF STUDY | 第44-45页 |
| CHAPTER 2 MATERIALS AND METHODS | 第45-57页 |
| 2.1 MAPPING POPULATION | 第45-46页 |
| 2.2 TRAIT EXAMINATION OR PHENOTYPING | 第46-47页 |
| 2.3 GENOTYPING | 第47-48页 |
| 2.3.1 DNA EXTRACTION | 第47-48页 |
| 2.3.1.1 DNA extraction buffer | 第47-48页 |
| 2.3.1.2 DNA Quantification | 第48页 |
| 2.4 POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) ANALYSIS | 第48-51页 |
| 2.4.1 POLYACRYLAMIDE GEL ELECTROPHORESIS (PAGE) | 第50-51页 |
| 2.4.1.1 Reagents for PAGE | 第50页 |
| 2.4.1.2 Polyacrylamide gel preparation | 第50-51页 |
| 2.4.1.3 Loading Sample on PAGE | 第51页 |
| 2.4.1.4 Silver Staining | 第51页 |
| 2.5 SSR PRIMER PAIRS ANALYSES | 第51-54页 |
| 2.5.1 PRIMERS DETAILS | 第51-52页 |
| 2.5.2 PARENTAL SCREENING | 第52-53页 |
| 2.5.3 POPULATION SCREENING | 第53页 |
| 2.5.4 SCORING SSR PRIMERS | 第53-54页 |
| 2.6 CONSTRUCTION OF GENETIC MAP | 第54-55页 |
| 2.6.1 PREPARING DATA FOR JOIN MAP | 第54页 |
| 2.6.2 LINKAGE MAP CONSTRUCTION BY JOIN MAP 4.0 | 第54-55页 |
| 2.6.2.1 Construction of high density genetic map | 第54-55页 |
| 2.7 QTL ANALYSES | 第55-57页 |
| 2.7.1 META QTL-ANALYSIS BASED ON HIGH DENSITY GENETIC MAP | 第55-56页 |
| 2.7.2 QTLS AND CLUSTERS NOMENCLATURE | 第56-57页 |
| CHAPTER 3 RESULTS | 第57-124页 |
| 3.1 PHENOTYPIC DATA ANALYSIS | 第57-61页 |
| 3.2 GENOTYPING | 第61-62页 |
| 3.2.1 GENETIC MAP CONSTRUCTION | 第61-62页 |
| 3.2.2 SEGREGATION DISTORTION OF SSR MARKERS | 第62页 |
| 3.3 QTL MAPPING OF FIBER QUALITY TRAITS | 第62-90页 |
| 3.3.1 FIBER LENGTH | 第70-74页 |
| 3.3.2 FIBER STRENGTH | 第74-78页 |
| 3.3.3 FIBER ELONGATION | 第78-82页 |
| 3.3.4 FIBER UNIFORMITY | 第82-85页 |
| 3.3.5 FIBER MICRONAIRE | 第85-89页 |
| 3.3.6 QTL CLUSTERS | 第89-90页 |
| 3.4 META QTL ANALYSIS OF FIBER QUALITY TRAITS | 第90-124页 |
| 3.4.1 CONSTRUCTION OF HIGH DENSITY LINKAGE MAP | 第91-92页 |
| 3.4.1.1 Collinearity with Physical map | 第91-92页 |
| 3.4.2 SEGREGATION DISTORTION OF SSR MARKERS | 第92-100页 |
| 3.4.3 QTL MAPPING OF FIBER QUALITY TRAITS | 第100-118页 |
| 3.4.3.1 Fiber length | 第100-104页 |
| 3.4.3.2 Fiber Strength | 第104-108页 |
| 3.4.3.3 Fiber Elongation | 第108-111页 |
| 3.4.3.4 Fiber Uniformity | 第111-114页 |
| 3.4.3.5 Fiber Micronaire | 第114-118页 |
| 3.4.4 QTL CLUSTERS AND META-ANALYSIS | 第118-124页 |
| CHAPTER 4 DISCUSSION | 第124-134页 |
| 4.1 PHENOTYPIC PERFORMANCE | 第124页 |
| 4.2 GENETIC LINKAGE MAP CONSTRUCTION | 第124-126页 |
| 4.2.1 GENETIC MAP USED FOR META-ANALYSIS | 第126页 |
| 4.3 SEGREGATION DISTORTION OF SSR MARKERS | 第126-129页 |
| 4.4 CONGRUENCE OF QTLS WITH PREVIOUS REPORTS | 第129-131页 |
| 4.4.1 FIBER LENGTH | 第129页 |
| 4.4.2 FIBER STRENGTH | 第129-130页 |
| 4.4.3 FIBER MICRONAIRE | 第130页 |
| 4.4.4 FIBER ELONGATION | 第130页 |
| 4.4.5 FIBER UNIFORMITY | 第130-131页 |
| 4.4.6 STABLE QTLS AND CLUSTER | 第131页 |
| 4.5 DISTRIBUTION OF QTLS AMONG AT AND DT SUB-GENOMES | 第131-132页 |
| 4.6 META-ANALYSIS SHOWS CLUSTERING | 第132-134页 |
| CONCLUSION | 第134-136页 |
| REFERENCES (参考文献) | 第136-150页 |
| ACKNOWLEDGEMENTS (致谢) | 第150-151页 |
| CURRICULUM VITAE (作者简历) | 第151-153页 |
| APPENDIX | 第153-166页 |
