| LIST OF FIGURES AND TABLES | 第8-9页 |
| ABBREVIATIONS | 第9-11页 |
| UNIT ABBREVIATIONS | 第11-12页 |
| TABLE OF CONTENTS | 第12-14页 |
| Abstract | 第14页 |
| CHAPTER I Introduction and literature review | 第15-41页 |
| 1.1 Tobacco | 第18-23页 |
| 1.1.1 Crop Descriptions and Climate | 第18-19页 |
| 1.1.2 History | 第19-20页 |
| 1.1.3 Botany | 第20-21页 |
| 1.1.4 Yield | 第21页 |
| 1.1.5 Historical and Modern Uses | 第21-23页 |
| 1.2 Microarray Technology | 第23-31页 |
| 1.2.1 Principle of the technology | 第24-25页 |
| 1.2.2 Microarray design | 第25页 |
| 1.2.3 Labeling and hybridization | 第25-26页 |
| 1.2.4 The future of plant microarrays | 第26-28页 |
| 1.2.5 Full- length cDNA microarray | 第28页 |
| 1.2.6 Applications of microarray | 第28-31页 |
| 1.3 Expression Sequences Tags (EST) and cDNA libraries | 第31-39页 |
| 1.3.1 General Aspects about ESTs | 第31-33页 |
| 1.3.2 Some applications of EST | 第33-35页 |
| 1.3.3 EST sequencing as a way for novel gene discovery | 第35-37页 |
| 1.3.4 cDNA library | 第37-39页 |
| Investigation aim and objectives | 第39-41页 |
| CHAPTER II MATERIALS AND METHODS | 第41-58页 |
| 2.1 Plant Materials | 第41页 |
| 2.2 Extraction of total RNA | 第41-42页 |
| 2.3 Purification of total RNA | 第42页 |
| 2.4 Isolation of Poly A+ mRNA from total RNA | 第42-43页 |
| 2.5 cDNA Library construction | 第43-47页 |
| 2.5.1 First strand cDNA synthesis | 第43-44页 |
| 2.5.2 cDNA amplification by LD PCR | 第44-45页 |
| 2.5.3 Proteinase NotI and Sall Digestion | 第45-46页 |
| 2.5.4 Ligation of ds cDNA to pBluescript SK(+) vector | 第46页 |
| 2.5.5 Transformation into E.coli DH5 a | 第46-47页 |
| 2.6 cDNA library preparation | 第47-48页 |
| 2.6.1 cDNA library plating | 第47页 |
| 2.6.2 Clones Inoculation | 第47页 |
| 2.6.3 Plasmid Store (LB / glycerol 1:1) | 第47-48页 |
| 2.7 Plasmid extraction by Mini-preparation using Multi-Screen 96-Well Filter plates | 第48-52页 |
| 2.7.1 Sequencing and analysis | 第49-52页 |
| 2.7.1.1 Preparation of sequencing reaction | 第49-50页 |
| 2.7.1.2 Post-reaction clean up | 第50-51页 |
| 2.7.1.3 Instruments setup and analysis of data | 第51页 |
| 2.7.1.4 Injection and run parameters | 第51-52页 |
| 2.7.2 Polymerase Chain Reaction (PCR) | 第52页 |
| 2.7.3 PCR product cleaning | 第52页 |
| 2.7.4 Database building | 第52页 |
| 2.8 ESTs data analysis | 第52-53页 |
| 2.9 EST clustering | 第53页 |
| 2.10 Preparation of Array | 第53-54页 |
| 2.11 Preparation of labelled cDNA | 第54-55页 |
| 2.12 Chip hybridization | 第55-56页 |
| 2.12.1 Prehybridization | 第55页 |
| 2.12.2 Hybridization | 第55页 |
| 2.12.3 Membranes washing | 第55-56页 |
| 2.12.4 Scanning the membrane | 第56页 |
| 2.13 Quantitative PCR | 第56-57页 |
| 2.14 Bioinformatics analysis | 第57-58页 |
| CHAPTER III RESULTS | 第58-73页 |
| 3.1 EST sequencing and assembly | 第58-59页 |
| 3.2 Functional annotation and classification | 第59-63页 |
| 3.3 Highly expressed genes | 第63-66页 |
| 3.4 Homologous comparison to other organism | 第66-67页 |
| 3.5 Analysis of cDNA array data and identification of differentially expressed genes | 第67-71页 |
| 3.5.1 Probes characterization | 第70-71页 |
| 3.6 Quantitative PCR analysis to validate array results | 第71-73页 |
| CHAPTER IV DISCUSSION, CONCLUSIONS AND RECOMMENDATIONS | 第73-86页 |
| 4.1 EST sequencing and assembly | 第73页 |
| 4.2 ESTs Functional annotation and highly expressed genes | 第73-76页 |
| 4.3 Differentially expressed genes after array analysis | 第76-85页 |
| 4.4 Uses for the tobacco ESTs | 第85-86页 |
| Conclusions | 第86-87页 |
| Recommendations | 第87-88页 |
| REFERENCES | 第88-100页 |
