| 摘要 | 第3-5页 |
| abstract | 第5-7页 |
| 第一章 引言 | 第11-25页 |
| 1.1 石油污染及其修复方法 | 第11-12页 |
| 1.2 生物表面活性剂 | 第12-14页 |
| 1.3 基因组学 | 第14-16页 |
| 1.4 转录组学 | 第16-18页 |
| 1.5 降解环境污染物的微生物基因组学和转录组学研究概况 | 第18-19页 |
| 1.6 无色杆菌概述 | 第19-21页 |
| 1.7 本文的研究目的、研究内容、技术路线和研究意义 | 第21-25页 |
| 第二章 实验材料和研究方法 | 第25-48页 |
| 2.1 实验材料 | 第25-28页 |
| 2.2 实验仪器 | 第28-30页 |
| 2.3 高通量测序技术简介 | 第30-31页 |
| 2.4 研究方法 | 第31-48页 |
| 第三章 无色杆菌HZ01降解石油烃的转录组分析 | 第48-59页 |
| 3.1 前言 | 第48-49页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第49-57页 |
| 3.3 小结 | 第57-59页 |
| 第四章 无色杆菌HZ01的基因组分析 | 第59-96页 |
| 4.1 前言 | 第59-60页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第60-94页 |
| 4.3 小结 | 第94-96页 |
| 第五章 无色杆菌HZ01降解石油烃的遗传基础 | 第96-112页 |
| 5.1 前言 | 第96-97页 |
| 5.2 结果与讨论 | 第97-111页 |
| 5.3 小结 | 第111-112页 |
| 第六章 无色杆菌HZ01合成生物表面活性剂的转录组分析 | 第112-133页 |
| 6.1 前言 | 第112-113页 |
| 6.2 结果与讨论 | 第113-131页 |
| 6.3 小结 | 第131-133页 |
| 第七章 无色杆菌HZ01合成生物表面活性剂的遗传基础 | 第133-140页 |
| 7.1 前言 | 第133-134页 |
| 7.2 结果与讨论 | 第134-139页 |
| 7.3 小结 | 第139-140页 |
| 第八章 结语 | 第140-143页 |
| 8.1 结论 | 第140-141页 |
| 8.2 创新点 | 第141页 |
| 8.3 展望 | 第141-143页 |
| 参考文献 | 第143-165页 |
| 附录 | 第165-208页 |
| 附录1 主要缩略词及其中英文对照 | 第165-167页 |
| 附录2 16S rDNA序列A | 第167-168页 |
| 附录3 荧光定量PCR实验中引物设计所用的DNA模板序列 | 第168-171页 |
| 附录4 | 第171-172页 |
| 附录5 | 第172-173页 |
| 附录6 16S rDNA序列B | 第173-174页 |
| 附录7 菌株HZ01中注释为“氮代谢”途径的基因 | 第174-175页 |
| 附录8 菌株HZ01中与其他次级代谢产物合成相关的基因 | 第175-177页 |
| 附录9 ARDB注释结果中序列相似度低于设定参数临界值的基因 | 第177-181页 |
| 附录10 菌株HZ01的耐药基因 | 第181-182页 |
| 附录11 菌株HZ01中注释为“Defense mechanisms”的基因 | 第182-183页 |
| 附录12 菌株HZ01中与细胞运动相关的基因 | 第183-185页 |
| 附录13 菌株HZ01中与碳水化合物转运相关的蛋白 | 第185-186页 |
| 附录14 | 第186-187页 |
| 附录15 菌株HZ01中与石油组分降解相关的候选基因 | 第187-190页 |
| 附录16 转录组 | 第190-193页 |
| 附录17 转录组 | 第193-194页 |
| 附录18 菌株HZ01中注释为“fatty acid degradation”途径的基因 | 第194-195页 |
| 附录19 | 第195-196页 |
| 附录20 全基因组测序中注释为“methane metabolism”途径的基因 | 第196-197页 |
| 附录21 菌株HZ01中注释为“degradation of aromatic compounds”的基因 | 第197-198页 |
| 附录22 转录组 | 第198-199页 |
| 附录23 转录组 | 第199-201页 |
| 附录24 全基因组测序鉴定到的与生物表面活性剂合成相关的基因 | 第201-202页 |
| 附录25 转录组 | 第202-203页 |
| 附录26 转录组 | 第203-206页 |
| 附录27 博士研究生期间发表的论文 | 第206-208页 |
| 致谢 | 第208页 |
