| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第17-34页 |
| 1.1 引言 | 第17-31页 |
| 1.1.1 研究背景 | 第17-18页 |
| 1.1.2 国内外研究现状及评述 | 第18-31页 |
| 1.2 研究目标和主要研究内容 | 第31-33页 |
| 1.2.1 关键的科学问题与研究目标 | 第31-32页 |
| 1.2.2 主要研究内容 | 第32-33页 |
| 1.3 研究技术路线 | 第33-34页 |
| 第二章 兰科植物与菌根真菌共生体系建立 | 第34-48页 |
| 2.1 材料与方法 | 第34-38页 |
| 2.1.1 试验材料 | 第34-35页 |
| 2.1.2 培养基 | 第35-36页 |
| 2.1.3 主要试剂与仪器设备 | 第36页 |
| 2.1.4 菌根真菌的活化与鉴定 | 第36-37页 |
| 2.1.5 离体共生培养 | 第37-38页 |
| 2.2 结果与分析 | 第38-44页 |
| 2.2.1 菌根菌鉴定 | 第38-39页 |
| 2.2.2 种子共生萌发 | 第39-42页 |
| 2.2.3 原球茎或根状茎共生分化发育 | 第42-44页 |
| 2.3 讨论 | 第44-46页 |
| 2.4 小结 | 第46-48页 |
| 第三章 树兰与美孢胶膜菌的de novo转录组测序分析 | 第48-77页 |
| 3.1 材料与方法 | 第48-54页 |
| 3.1.1 试验材料 | 第48-49页 |
| 3.1.2 培养基 | 第49页 |
| 3.1.3 主要试剂与仪器设备 | 第49-50页 |
| 3.1.4 树兰与美孢胶膜菌的共生体建立 | 第50页 |
| 3.1.5 台盼蓝染色检验 | 第50页 |
| 3.1.6 样品总RNA的提取及检测 | 第50-51页 |
| 3.1.7 样品cDNA文库的构建及检测 | 第51-52页 |
| 3.1.8 上机测序及测序质量评估 | 第52-53页 |
| 3.1.9 转录本拼接 | 第53页 |
| 3.1.10 基因功能注释 | 第53-54页 |
| 3.1.11 基因表达水平分析 | 第54页 |
| 3.2 结果与分析 | 第54-74页 |
| 3.2.1 树兰与美孢胶膜菌的共生建立 | 第54-55页 |
| 3.2.2 样品总RNA提取质量 | 第55-57页 |
| 3.2.3 样品RNA-Seq测序数据质量评估 | 第57-58页 |
| 3.2.4 转录本拼接组装 | 第58-60页 |
| 3.2.5 参考转录组的基因功能注释 | 第60-72页 |
| 3.2.6 基因表达水平分析 | 第72-74页 |
| 3.3 讨论 | 第74-76页 |
| 3.4 小结 | 第76-77页 |
| 第四章 共生和非共生差异表达分析 | 第77-101页 |
| 4.1 材料与方法 | 第77-78页 |
| 4.1.1 分析数据来源 | 第77页 |
| 4.1.2 基因差异表达分析 | 第77-78页 |
| 4.1.3 差异基因GO富集分析 | 第78页 |
| 4.1.4 差异基因KEGG富集分析 | 第78页 |
| 4.2 结果与分析 | 第78-96页 |
| 4.2.1 基因差异表达分析 | 第78-82页 |
| 4.2.2 差异基因GO富集分析 | 第82-87页 |
| 4.2.3 差异基因KEGG富集分析 | 第87-93页 |
| 4.2.4 树兰共生相关差异表达基因分析 | 第93-96页 |
| 4.3 讨论 | 第96-99页 |
| 4.3.1 基因差异表达分析 | 第96-97页 |
| 4.3.2 差异基因GO和KEGG富集分析 | 第97页 |
| 4.3.3 树兰共生相关差异表达基因分析 | 第97-99页 |
| 4.4 小结 | 第99-101页 |
| 第五章 PePC基因家族全基因组分析 | 第101-117页 |
| 5.1 材料与方法 | 第101-103页 |
| 5.1.1 PC基因家族成员鉴定及其蛋白结构分析 | 第101-102页 |
| 5.1.2 结构域的多重序列比对分析 | 第102页 |
| 5.1.3 系统发育分析 | 第102页 |
| 5.1.4 基因结构分析 | 第102-103页 |
| 5.1.5 表达分析 | 第103页 |
| 5.2 结果与分析 | 第103-114页 |
| 5.2.1 PePCs家族的鉴定和分类 | 第103-106页 |
| 5.2.2 PePCs家族结构分析 | 第106-110页 |
| 5.2.3 PePCs家族的系统发育分析 | 第110-111页 |
| 5.2.4 PePCs家族的基因结构分析 | 第111-112页 |
| 5.2.5 PePCs家族的基因表达分析 | 第112-114页 |
| 5.3 讨论 | 第114-115页 |
| 5.4 小结 | 第115-117页 |
| 第六章 结论 | 第117-119页 |
| 参考文献 | 第119-133页 |
| 在读期间的学术研究 | 第133-134页 |
| 致谢 | 第134页 |