| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 符号对照表 | 第10-11页 |
| 缩略语对照表 | 第11-14页 |
| 第一章 引言 | 第14-18页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第14-15页 |
| 1.2 研究现状 | 第15-16页 |
| 1.3 本文主要工作 | 第16-18页 |
| 第二章 预备知识 | 第18-30页 |
| 2.1 基本概念 | 第18-21页 |
| 2.1.1 后缀数组的模式匹配算法 | 第19-20页 |
| 2.1.2 LCP数组及其构造算法 | 第20页 |
| 2.1.3 Burrows-Wheeler Transform | 第20-21页 |
| 2.2 内存索引结构 | 第21-23页 |
| 2.2.1 后缀树 | 第21-22页 |
| 2.2.2 blind树 | 第22-23页 |
| 2.3 外存数据结构 | 第23-25页 |
| 2.3.1 串B-树 | 第24页 |
| 2.3.2 正交范围查找 | 第24-25页 |
| 2.4 GBWT-索引 | 第25-29页 |
| 2.4.1 GBWT-索引的基本概念 | 第25-27页 |
| 2.4.2 GBWT-索引的模式匹配算法 | 第27-28页 |
| 2.4.3 处理|P| < d的情况 | 第28-29页 |
| 2.5 本章小结 | 第29-30页 |
| 第三章 mKD-GBWT索引 | 第30-54页 |
| 3.1 mKD-GBWT索引基本原理 | 第30-33页 |
| 3.1.1 mKD-GBWT索引描述 | 第30-31页 |
| 3.1.2 mKD-GBWT索引的外存存储结构 | 第31-32页 |
| 3.1.3 mKD-GBWT索引的模式匹配算法 | 第32-33页 |
| 3.2 外存串B-树的实现 | 第33-44页 |
| 3.2.1 crit-bit树 | 第33-39页 |
| 3.2.2 外存串B-树的存储结构 | 第39-42页 |
| 3.2.3 串B-树的后缀范围查找算法 | 第42-44页 |
| 3.2.4 外存串B-树的性能分析 | 第44页 |
| 3.3 外存kd-树的实现 | 第44-51页 |
| 3.3.1 外存kd-树的叶子节点打包算法 | 第46-47页 |
| 3.3.2 外存kd-树的内部节点打包算法 | 第47-49页 |
| 3.3.3 外存kd-树的正交范围查找算法 | 第49-50页 |
| 3.3.4 外存kd-树的性能分析 | 第50-51页 |
| 3.4 mKD-GBWT索引的性能分析 | 第51-52页 |
| 3.5 本章小结 | 第52-54页 |
| 第四章 实验结果与分析 | 第54-60页 |
| 4.1 实验环境和测试数据 | 第54页 |
| 4.2 串B-树性能测试 | 第54-56页 |
| 4.3 外存kd-树性能测试 | 第56-58页 |
| 4.4 mKD-GBWT索引性能测试 | 第58-59页 |
| 4.5 本章小结 | 第59-60页 |
| 第五章 总结与展望 | 第60-62页 |
| 5.1 总结 | 第60页 |
| 5.2 进一步的工作 | 第60-62页 |
| 参考文献 | 第62-66页 |
| 致谢 | 第66-68页 |
| 作者简介 | 第68-69页 |
| 1. 基本情况 | 第68页 |
| 2. 教育背景 | 第68页 |
| 3. 攻读硕士学位期间科研成果 | 第68-69页 |