| 摘要 | 第8-11页 |
| ABSTRACT | 第11-14页 |
| 缩略语与专有词汇检索表 | 第15-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-34页 |
| 1 序言 | 第16-17页 |
| 2 根际有益芽孢杆菌与木霉菌基因组学研究进展 | 第17-22页 |
| 2.1 枯草及解淀粉芽孢杆菌属基因组学研究进展 | 第17-20页 |
| 2.2 木霉属基因组学研究进展 | 第20-22页 |
| 3 基因组学与比较基因组学研究相关技术 | 第22-31页 |
| 3.1 基因组注释 | 第23-26页 |
| 3.2 蛋白功能注释 | 第26-27页 |
| 3.3 比较基因组学研究 | 第27-31页 |
| 4 本研究目的、意义及技术路线 | 第31-34页 |
| 4.1 研究目的 | 第31-32页 |
| 4.2 研究意义 | 第32页 |
| 4.3 技术路线 | 第32-34页 |
| 第二章 三株根际有益芽孢杆菌的全基因组注释与分析 | 第34-56页 |
| 1 材料与方法 | 第35-37页 |
| 1.1 菌株 | 第35页 |
| 1.2 方法 | 第35-37页 |
| 2 结果与分析 | 第37-53页 |
| 2.1 解淀粉芽孢杆菌SQR9、NJN-6与枯草芽孢杆菌HJ5全基因组注释与分析 | 第37-39页 |
| 2.2 SQR9基因组比较分析与基因岛的预测 | 第39-45页 |
| 2.3 SQR9蛋白功能分析 | 第45-50页 |
| 2.4 SQR9基因组圈图、代谢通路图谱与基因组浏览器 | 第50-53页 |
| 3 讨论 | 第53-55页 |
| 4 结论 | 第55-56页 |
| 第三章 植物促生枯草芽孢杆菌和解淀粉芽孢杆菌在根际环境适应性的比较基因组学研究 | 第56-74页 |
| 1 材料与方法 | 第57-59页 |
| 1.1 基因组数据 | 第57页 |
| 1.2 方法 | 第57-59页 |
| 2 结果与分析 | 第59-71页 |
| 2.1 31株枯草及解淀粉芽孢杆菌的生境与基因组的基本特征 | 第59-62页 |
| 2.2 枯草芽孢杆菌及解淀粉芽孢杆菌的核心基因组与泛基因组 | 第62-64页 |
| 2.3 种族系统发育分析与层次聚类 | 第64-66页 |
| 2.4 PA(Plant-Associated)与nPA (non-Plant-Associated)的比较基因组研究 | 第66-70页 |
| 2.5 PA(Plant-Associated)与nPA (non-Plant-Associated)菌株获得的基因分析 | 第70-71页 |
| 3 讨论 | 第71-73页 |
| 4 结论 | 第73-74页 |
| 第四章 木霉基因组注释方法整合与平台构建 | 第74-90页 |
| 1 材料与方法 | 第75-79页 |
| 1.1 数据准备 | 第75页 |
| 1.2 方法 | 第75-79页 |
| 2 结果与评估 | 第79-87页 |
| 2.1 瑞氏木霉、绿木霉和深绿木霉的直系同源蛋白 | 第79页 |
| 2.2 trichoCODE注释平台 | 第79-82页 |
| 2.3 trichoCODE注释结果评价 | 第82-84页 |
| 2.4 trichoCODE的应用 | 第84-87页 |
| 3 讨论 | 第87-88页 |
| 4 小结 | 第88-90页 |
| 第五章 生防菌Trichoderma guizhouense NJAU 4742基因组注释与比较基因组学分析 | 第90-104页 |
| 1 材料与方法 | 第90-92页 |
| 1.1 材料 | 第90-91页 |
| 1.2 方法 | 第91-92页 |
| 2 结果与分析 | 第92-101页 |
| 2.1 NJAU 4742基因组组装和基本特征 | 第92-93页 |
| 2.2 比较基因组分析 | 第93-96页 |
| 2.3 NJAU 4742蛋白功能分析 | 第96-101页 |
| 3 讨论 | 第101-102页 |
| 4 结论 | 第102-104页 |
| 参考文献 | 第104-122页 |
| 全文总结、创新点及展望 | 第122-126页 |
| 1 全文总结 | 第122-123页 |
| 2 创新点 | 第123页 |
| 3 展望 | 第123-126页 |
| 攻读博士学位期间已(待)发表的论文 | 第126-128页 |
| 致谢 | 第128-129页 |
