| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-14页 |
| ·研究背景 | 第12-13页 |
| ·模拟内容 | 第13页 |
| ·模拟方法 | 第13-14页 |
| 第二章 力场(force field) | 第14-25页 |
| ·力场简述以及力场作用项的一般形式 | 第14-20页 |
| ·常见的力场 | 第20-23页 |
| ·适合聚合物模拟的GROMOS96力场 | 第23-25页 |
| 第三章 分子动力模拟计算的原理 | 第25-37页 |
| ·分子动力计算的基本原理 | 第25-27页 |
| ·牛顿运动方程式的数值解法 | 第27-29页 |
| ·周期性边界条件 | 第29-30页 |
| ·积分步程的选取 | 第30页 |
| ·分子动力学计算流程 | 第30-33页 |
| ·分子动力学计算的初始设定 | 第33-35页 |
| ·各系综的分子动力计算方法 | 第35-36页 |
| ·GROMACS软件简介 | 第36-37页 |
| 第四章 PNIPAM50模型与主要参数 | 第37-43页 |
| ·PNIPAM50模型构建 | 第37-39页 |
| ·PNIPAM50力场参数 | 第39-43页 |
| ·Rg(回转半径the radius of gyration) | 第40页 |
| ·RDF(径向分布函数radial distribution function) | 第40-41页 |
| ·Polymer内部疏水接触数(Hydrophobic contact number for interiorpolymer) | 第41-42页 |
| ·Polymer内部氢键数(Hydrogen bond number for interior polymer) | 第42-43页 |
| 第五章 PNIPAM50相变过程的驱动力的动力学研究 | 第43-54页 |
| ·PNIPAM50在温度高于LCST时蜷缩过程的动力学研究 | 第44-46页 |
| ·PNIPAM50在温度低于LCST时膨胀过程的动力学研究 | 第46-54页 |
| ·膨胀过程的SASA随时间的变化 | 第48-49页 |
| ·Polymer内部疏水接触数随时间的变化 | 第49-51页 |
| ·Polymer内部氢键数目随时间的变化 | 第51-52页 |
| ·对Polymer做了位置限制的径向分布函数RDF分析 | 第52-54页 |
| 第六章 总结与展望 | 第54-56页 |
| ·研究结论 | 第54页 |
| ·研究展望 | 第54-56页 |
| 参考文献 | 第56-58页 |
| 致谢 | 第58-60页 |
| 浙江师范大学学位论文诚信承诺书 | 第60页 |
