| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 缩略词表 | 第11-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-35页 |
| 1 胚乳发育研究进展 | 第12-20页 |
| ·玉米胚乳发育过程 | 第12页 |
| ·胚乳发育过程中的物质积累 | 第12-17页 |
| ·植物胚乳发育调控 | 第17-20页 |
| 2 转录组测序技术的发展与应用 | 第20-22页 |
| ·转录组测序技术的发展 | 第20页 |
| ·转录组测序技术在植物研究中的应用 | 第20-22页 |
| 3 miRNA研究进展 | 第22-29页 |
| ·植物miRNA的生物合成 | 第23页 |
| ·植物miRNA的作用机制 | 第23-24页 |
| ·植物miRNA的生物学功能 | 第24-26页 |
| ·miRNA研究方法 | 第26-29页 |
| 4 DNA甲基化 | 第29-33页 |
| ·DNA甲基化的机制 | 第29-30页 |
| ·DNA甲基化的生物学作用 | 第30-31页 |
| ·重亚硫酸盐全基因组测序(BS-seq)技术 | 第31-33页 |
| 5 目的与意义 | 第33-35页 |
| 第二章 玉米胚乳发育过程中的转录调控 | 第35-74页 |
| 1 材料与方法 | 第35-43页 |
| ·实验材料 | 第35页 |
| ·实验仪器 | 第35页 |
| ·实验方法 | 第35-43页 |
| 2 结果与分析 | 第43-70页 |
| ·总RNA提取 | 第43页 |
| ·测序数据统计 | 第43-46页 |
| ·基因表达情况分析 | 第46-47页 |
| ·差异表达基因 | 第47-48页 |
| ·胚乳发育过程中基因的表达模式分析 | 第48-60页 |
| ·胚乳发育过程中的差异转录因子 | 第60-61页 |
| ·差异表达基因GO注释和pathway注释 | 第61-64页 |
| ·转录因子调控淀粉合成关键酶基因表达 | 第64-66页 |
| ·实验验证转录因子MYB127调控淀粉去分支酶基因Isal表达 | 第66-70页 |
| 3 讨论 | 第70-74页 |
| ·转录组测序 | 第70页 |
| ·胚乳物质积累相关基因 | 第70-71页 |
| ·激素信号转导相关基因 | 第71-72页 |
| ·转录因子参与胚乳发育调控 | 第72-74页 |
| 第三章 玉米胚乳发育过程中miRNA转录组特征 | 第74-94页 |
| 1 材料与方法 | 第74-80页 |
| ·实验材料 | 第74页 |
| ·实验方法 | 第74-80页 |
| 2 结果与分析 | 第80-91页 |
| ·miRNA测序文库信息 | 第80-81页 |
| ·新miRNA预测 | 第81-83页 |
| ·新miRNA靶基因的预测及其验证 | 第83-86页 |
| ·已知miRNA鉴定及RT-PCR验证 | 第86-91页 |
| 3 讨论 | 第91-94页 |
| ·miRNAs和miRNA~*s的差异表达 | 第91-92页 |
| ·检测方法的选择 | 第92-93页 |
| ·玉米胚乳中miRNA的表达特征 | 第93-94页 |
| 第四章 玉米胚乳发育的差异甲基化模式 | 第94-107页 |
| 1 材料和方法 | 第94-95页 |
| ·实验材料 | 第94页 |
| ·实验方法 | 第94-95页 |
| 2 结果与分析 | 第95-104页 |
| ·DNA提取结果 | 第95-96页 |
| ·测序数据初步分析 | 第96页 |
| ·C碱基甲基化水平评估 | 第96-97页 |
| ·甲基化C碱基中CG、CHG和CHH的分布比例 | 第97-98页 |
| ·CG、CHG和CHH中的所有C的甲基化水平 | 第98页 |
| ·CG、CHG和CHH中C的甲基化水平在各条染色体中的分布 | 第98-100页 |
| ·CG、CHG和CHH中C的甲基化水平在不同基因区域中的分布 | 第100-101页 |
| ·CG、CHG和CHH中C的甲基化水平在基因上下游区域的分布 | 第101-103页 |
| ·CG、CHG和CHH中C的甲基化水平在转座子中的分布情况 | 第103-104页 |
| ·甲基化C附近的序列特征分析 | 第104页 |
| 3 计论 | 第104-107页 |
| ·CG、CHG和CHH中C的甲基化水平 | 第104-106页 |
| ·全基因组胞嘧啶甲基化的分布情况 | 第106-107页 |
| 第五章 miRNA和甲基化对胚乳发育的调控分析 | 第107-123页 |
| 1 实验方法 | 第107-108页 |
| ·miRNA靶基因预测及功能分析 | 第107页 |
| ·差异表达基因分析 | 第107页 |
| ·miR167调控网络构建 | 第107页 |
| ·CpG与基因表达的相关性分析 | 第107-108页 |
| 2 结果与分析 | 第108-120页 |
| ·新miRNA靶基因预测 | 第108-110页 |
| ·已知miRNA靶基因预测 | 第110-114页 |
| ·差异miRNA鉴定 | 第114页 |
| ·miRNA调控网络 | 第114-116页 |
| ·基因表达与甲基化的联合分析 | 第116-120页 |
| 3 讨论 | 第120-123页 |
| ·miRNAs通过多种方式调控胚乳发育 | 第120-121页 |
| ·甲基化调控基因表达 | 第121-123页 |
| 参考文献 | 第123-134页 |
| 附录1 甲基化C在各条染色体中的分布 | 第134-141页 |
| 攻读学位期间发表论文及获得成果 | 第141-142页 |
| 致谢 | 第142页 |
