| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第9-33页 |
| ·抗菌药物的发展及细菌耐药性 | 第9-13页 |
| ·抗菌药物的发展 | 第9-11页 |
| ·细菌耐药性问题 | 第11-13页 |
| ·抗菌药物的作用机制及细菌耐药性机制 | 第13-15页 |
| ·抗菌药物的作用机制 | 第13-14页 |
| ·细菌耐药性机制 | 第14-15页 |
| ·细菌脂肪酸合成途径、靶点与抑制剂 | 第15-19页 |
| ·细菌脂肪酸合成途径 | 第16-17页 |
| ·细菌脂肪酸合成途径中的药物靶点与抑制剂 | 第17-19页 |
| ·FabI 催化反应机理、结构构象及其与抑制剂的作用模式 | 第19-21页 |
| ·计算机辅助药物设计简介 | 第21-24页 |
| ·分子对接 | 第24-28页 |
| ·分子对接的一般原理 | 第24页 |
| ·分子对接的分类与方法 | 第24-26页 |
| ·分子对接软件 DOCK 介绍 | 第26-27页 |
| ·分子对接软件 AutoDock 及 AutoDockVina 介绍 | 第27-28页 |
| ·分子动力学模拟简介 | 第28-30页 |
| ·本论文的研究内容和意义 | 第30-33页 |
| ·研究目的及意义 | 第30-31页 |
| ·主要研究内容 | 第31页 |
| ·研究的创新点 | 第31-33页 |
| 第二章 FabI 抑制剂的分子作用机制 | 第33-44页 |
| ·分子作用机制模拟实验 | 第33-35页 |
| ·FabI 晶体结构 loop 区的构象统计 | 第33-34页 |
| ·分子动力学模拟方法 | 第34页 |
| ·活性口袋体积测定方法 | 第34-35页 |
| ·结果分析与讨论 | 第35-43页 |
| ·FabI 活性口袋 loop 区构象统计结果分析 | 第35页 |
| ·两种体系的稳定性以及活性口袋 loop 区的波动情况分析 | 第35-37页 |
| ·活性口袋处 loop 区二级结构变化情况分析 | 第37-38页 |
| ·loop 区的相对位置与底物通道分析 | 第38-40页 |
| ·三氯生与 FabI 的结合模式分析 | 第40-41页 |
| ·活性口袋体积分析 | 第41-43页 |
| ·小结 | 第43-44页 |
| 第三章 FabI 抑制剂的分子设计 | 第44-59页 |
| ·基于受体的结构设计 | 第44-46页 |
| ·蛋白模型准备 | 第44页 |
| ·配体小分子的准备 | 第44-45页 |
| ·应用 DOCK 程序进行虚拟筛选 | 第45页 |
| ·使用 AutoDock 与 Vina 程序进行一致性对接 | 第45-46页 |
| ·一致性打分 | 第46页 |
| ·分子动力学模拟 | 第46-47页 |
| ·结果与讨论 | 第47-58页 |
| ·相似性搜索与类药性筛选 | 第47页 |
| ·虚拟筛选与一致性对接的有效性 | 第47-49页 |
| ·虚拟筛选与一致性对接结果与分析 | 第49-52页 |
| ·分子对接结合模式分析 | 第52-54页 |
| ·分子动力学模拟体系的稳定性及结合模式分析 | 第54-57页 |
| ·活性口袋 loop 区构象及底物通道分析 | 第57-58页 |
| ·小结 | 第58-59页 |
| 第四章 含邻羟苯基、三唑及糖苷基的 FabI 抑制剂的设计 | 第59-69页 |
| ·含邻羟苯基、三唑及糖苷基小分子的构建 | 第60-61页 |
| ·分子对接方法评价设计的化合物 | 第61-62页 |
| ·受体大分子对接模型的构建 | 第61-62页 |
| ·应用 AutoDock 程序进行分子对接 | 第62页 |
| ·应用 Vina 程序对含糖基类化合物进行对接 | 第62页 |
| ·结果分析与讨论 | 第62-68页 |
| ·结合自由能分析 | 第62-63页 |
| ·含糖基化合物对接结果的一致性分析 | 第63-64页 |
| ·结合模式与构象聚类分析 | 第64-68页 |
| ·小结 | 第68-69页 |
| 第五章 结论 | 第69-71页 |
| 参考文献 | 第71-80页 |
| 发表论文和科研情况说明 | 第80-81页 |
| 致谢 | 第81-82页 |
