| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 目录 | 第8-13页 |
| 引言 | 第13-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-38页 |
| 1 基于全基因组测序的基因家族发掘 | 第14-16页 |
| ·植物基因组的测序 | 第14-15页 |
| ·基因家族的概念及对基因家族成员的鉴定 | 第15-16页 |
| 2 基因家族的系统发育分析 | 第16-17页 |
| 3 豆科和禾本科比较基因组学研究进展 | 第17-21页 |
| ·基因组的倍增 | 第17-18页 |
| ·比较遗传图谱 | 第18-20页 |
| ·微共线性 | 第20-21页 |
| 4 选择压力对基因家族进化的影响 | 第21-22页 |
| ·分子进化速率 | 第21-22页 |
| ·基因家族分子进化的保守性 | 第22页 |
| 5 植物热激转录因子研究进展 | 第22-36页 |
| ·植物热激反应概述 | 第22-23页 |
| ·热激转录因子（Hsf）主要结构及其功能 | 第23-27页 |
| ·植物 Hsf 家族及其功能分化 | 第27-34页 |
| ·植物 Hsf 家族 | 第27-28页 |
| ·植物 Hsf 功能的分化 | 第28-34页 |
| ·植物热激反应信号转导 | 第34-36页 |
| 6 本研究的目的、意义及技术路线 | 第36-38页 |
| 第二章 Hsf基因在豆科植物间的分子进化 | 第38-80页 |
| 1 引言 | 第38-39页 |
| 2 材料和方法 | 第39-41页 |
| ·数据收集与序列结构分析 | 第39-40页 |
| ·多重序列比对和系统发育分析 | 第40-41页 |
| ·物种内的微共线性分析 | 第41页 |
| ·物种间的微共线性分析 | 第41页 |
| ·复制时间的计算和选择压力分析 | 第41页 |
| 3 结果与分析 | 第41-76页 |
| ·豆科基因组中 Hsf 基因的鉴定 | 第41-46页 |
| ·Hsf 的结构分析 | 第46-55页 |
| ·内含子和外显子的分布 | 第46-49页 |
| ·结构域和基序分析 | 第49-55页 |
| ·Hsf 基因家族的系统发育分析 | 第55-57页 |
| ·物种内微共线性分析 | 第57-62页 |
| ·Hsf 基因的扩张模式 | 第57-59页 |
| ·复制事件发生的时间 | 第59-62页 |
| ·物种间微共线性分析 | 第62-74页 |
| ·直系同源组的建立 | 第62-63页 |
| ·Hsf 基因的丢失 | 第63-74页 |
| ·基因复制后环境选择压力 | 第74-76页 |
| 4 讨论 | 第76-80页 |
| 第三章 Hsf 基因在禾本科植物间的分子进化 | 第80-115页 |
| 1 引言 | 第80-81页 |
| 2 材料和方法 | 第81-82页 |
| ·数据收集与序列结构分析 | 第81页 |
| ·多重序列比对和系统发育分析 | 第81-82页 |
| ·物种内的微共线性分析 | 第82页 |
| ·物种间的微共线性分析 | 第82页 |
| ·复制时间的计算和选择压力分析 | 第82页 |
| 3 结果与分析 | 第82-111页 |
| ·禾本科基因组中 Hsf 基因的鉴定 | 第82-86页 |
| ·Hsf 的结构分析 | 第86-92页 |
| ·内含子和外显子的分布 | 第86-88页 |
| ·结构域和基序分析 | 第88-92页 |
| ·Hsf 基因家族的系统发育分析 | 第92-94页 |
| ·物种内微共线性分析 | 第94-102页 |
| ·Hsf 基因的扩张模式 | 第94-100页 |
| ·复制事件发生的时间 | 第100-102页 |
| ·物种间微共线性分析 | 第102-108页 |
| ·直系同源组的建立 | 第102-103页 |
| ·Hsf 基因的丢失 | 第103-108页 |
| ·基因复制后环境选择压力 | 第108-111页 |
| 4 讨论 | 第111-115页 |
| 第四章 Hsf 基因的表达模式和关键基因的克隆 | 第115-130页 |
| 1 引言 | 第115页 |
| 2 材料和方法 | 第115-119页 |
| ·百脉根Hsf基因的表达模式分析 | 第115-116页 |
| ·基因芯片分析 | 第115页 |
| ·植物材料和胁迫处理 | 第115页 |
| ·实时荧光定量 PCR | 第115-116页 |
| ·玉米Hsf基因的表达模式分析 | 第116-118页 |
| ·基于 EST 的表达分析 | 第116-117页 |
| ·植物材料和热激处理 | 第117页 |
| ·实时荧光定量 PCR | 第117-118页 |
| ·玉米 Hsf-01 和 Hsf-04 基因的分子克隆 | 第118-119页 |
| ·DNA 和 RNA 的提取 | 第118-119页 |
| ·基因的全长扩增与测序 | 第119页 |
| 3 结果与分析 | 第119-128页 |
| ·百脉根中 Hsf 基因的表达模式 | 第119-122页 |
| ·不同组织表达模式 | 第119-120页 |
| ·不同胁迫表达模式 | 第120-122页 |
| ·玉米 Hsf 基因的表达模式 | 第122-125页 |
| ·不同组织 EST 表达谱 | 第122-123页 |
| ·热激胁迫下的表达模式 | 第123-125页 |
| ·玉米 ZmHsf-01 和 ZmHsf-04 基因的克隆 | 第125-128页 |
| 4 讨论 | 第128-130页 |
| 结论 | 第130-132页 |
| 参考文献 | 第132-152页 |
| 附录 | 第152-164页 |
| 致谢 | 第164-165页 |
| 攻读博士学位期间发表及待发表的论文 | 第165页 |