| 中文摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 第一章 综述 | 第11-17页 |
| ·HIV 和 AIDS 背景 | 第11页 |
| ·HIV 结构 | 第11-13页 |
| ·HIV-1 的复制过程 | 第13-15页 |
| ·黏附和融合 | 第14页 |
| ·逆转录和整合 | 第14页 |
| ·转录和早期合成 | 第14-15页 |
| ·晚期合成和病毒颗粒的释放 | 第15页 |
| ·HIV-1 蛋白酶 | 第15-17页 |
| 第二章 计算机辅助分子设计 | 第17-25页 |
| ·基本概念 | 第17-20页 |
| ·分子和分子表面 | 第17-18页 |
| ·分子骨架、连接子和侧链 | 第18-19页 |
| ·元素符号和原子类型 | 第19-20页 |
| ·配体-受体相互作用 | 第20-25页 |
| ·配体-受体相互作用的热力学过程 | 第20-22页 |
| ·配体-受体相互作用类型 | 第22-23页 |
| ·药物-受体相互作用互补匹配规则 | 第23-25页 |
| 第三章 分子模拟方法 | 第25-55页 |
| ·系统的描述 | 第25-26页 |
| ·基本相互作用 | 第26-27页 |
| ·动力学方程 | 第27-28页 |
| ·量子力学方法 | 第28-30页 |
| ·分离时间和空间变量 | 第28-29页 |
| ·分离原子核和电子 | 第29-30页 |
| ·力场方法 | 第30-42页 |
| ·力场能量 | 第31-32页 |
| ·键伸缩能 | 第32-34页 |
| ·键角弯曲能 | 第34-35页 |
| ·两面角扭转能 | 第35-36页 |
| ·静电能 | 第36-38页 |
| ·范德华能 | 第38-41页 |
| ·Amber 力场 | 第41-42页 |
| ·分子动力学 | 第42-45页 |
| ·分子动力学的统计力学基础 | 第43-44页 |
| ·经典分子动力学 | 第44页 |
| ·随机动力学 | 第44-45页 |
| ·运动微分方程的积分算法 | 第45-47页 |
| ·Verlet 算法 | 第45-46页 |
| ·Leap-Frog 算法 | 第46页 |
| ·Velocity Verlet 算法 | 第46-47页 |
| ·分子动力学模拟步骤 | 第47-52页 |
| ·系统坐标和速度的初始化 | 第48页 |
| ·系统升温 | 第48-49页 |
| ·系统积分步长 | 第49页 |
| ·溶剂模型和周期性边界条件 | 第49-52页 |
| ·结合自由能 | 第52-55页 |
| 第四章 HIV-1 蛋白酶异位抑制剂体系的分子动力学结果分析 | 第55-69页 |
| ·分子动力学计算过程 | 第55-57页 |
| ·系统初始化 | 第55页 |
| ·系统升温 | 第55页 |
| ·密度平衡 | 第55-56页 |
| ·分子动力学演化 | 第56-57页 |
| ·两体系分子动力学行为分析 | 第57-61页 |
| ·两体系 RMSD 分析 | 第61-63页 |
| ·两体系 HIV-1 蛋白酶残基B因子分析 | 第63-65页 |
| ·异位抑制剂体系 4DX 结合 Exo 位时对 flap 的影响 | 第65-66页 |
| ·两体系结合自由能分析 | 第66-67页 |
| ·小结 | 第67-69页 |
| 参考文献 | 第69-75页 |
| 攻读硕士期间发表的论文 | 第75-77页 |
| 致谢 | 第77页 |