真核基因剪接机制相关特征研究
| 摘要 | 第1-12页 |
| ABSTRACT | 第12-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-27页 |
| ·引言 | 第14-16页 |
| ·研究背景 | 第16-23页 |
| ·基因结构与可变剪接 | 第16-19页 |
| ·基因组注释 | 第19-21页 |
| ·剪接的机制与功能研究 | 第21-23页 |
| ·论文的主要工作与创新 | 第23-25页 |
| ·论文的结构 | 第25-27页 |
| 第二章 基因剪接的生物学基础 | 第27-39页 |
| ·中心法则 | 第27-30页 |
| ·真核基因的表达调控 | 第30-32页 |
| ·剪接调控 | 第32-36页 |
| ·序列测定 | 第36-38页 |
| ·小结 | 第38-39页 |
| 第三章 基因剪接的结构特征 | 第39-65页 |
| ·数据准备 | 第39-42页 |
| ·数据获取 | 第39-41页 |
| ·数据分类 | 第41-42页 |
| ·剪接结构的长度特征 | 第42-48页 |
| ·外显子相位关联分析 | 第48-53页 |
| ·三相位终止密码子信号特征分析 | 第48-51页 |
| ·长度与相位的关联特征分析 | 第51-53页 |
| ·剪接位点信号的统计特征 | 第53-59页 |
| ·固定剪接的剪接位点信号特征 | 第53-56页 |
| ·可变剪接的剪接位点信号特征 | 第56-57页 |
| ·位点信号强度 | 第57-59页 |
| ·剪接位点预测 | 第59-63页 |
| ·特征表示和预测方法 | 第59-62页 |
| ·剪接位点预测 | 第62-63页 |
| ·小结 | 第63-65页 |
| 第四章 可变剪接调控元件的模式发现 | 第65-79页 |
| ·剪接元件模式分析的基本方法 | 第65-66页 |
| ·数据集的分类 | 第66-69页 |
| ·可变剪接调控元件分析 | 第69-77页 |
| ·分析方法 | 第69-70页 |
| ·结果 | 第70-77页 |
| ·小结 | 第77-79页 |
| 第五章 剪接比对与标准转录数据集的构建 | 第79-98页 |
| ·剪接比对 | 第79-81页 |
| ·EIparser | 第81-89页 |
| ·算法描述 | 第81-84页 |
| ·程序测试 | 第84-89页 |
| ·标准转录数据集的构建 | 第89-96页 |
| ·标准转录数据集的意义 | 第89-90页 |
| ·标准转录数据集的构建和分析策略 | 第90-91页 |
| ·结果与分析 | 第91-94页 |
| ·非标准转录数据的特征 | 第94-96页 |
| ·小结 | 第96-98页 |
| 第六章 转录组可变剪接分析 | 第98-115页 |
| ·转录组序列分析策略的发展 | 第98-104页 |
| ·聚类前预处理 | 第99页 |
| ·EST聚类 | 第99-101页 |
| ·EST装配 | 第101-103页 |
| ·小结 | 第103-104页 |
| ·基于图论的可变剪接分析方法Expath | 第104-110页 |
| ·算法 | 第104-105页 |
| ·实现 | 第105-110页 |
| ·转录组可变剪接分析系统 | 第110-114页 |
| ·系统构建策略 | 第111-112页 |
| ·系统的初步实现 | 第112-113页 |
| ·系统的完善 | 第113-114页 |
| ·小结 | 第114-115页 |
| 第七章 结束语 | 第115-118页 |
| ·总结 | 第115-116页 |
| ·展望 | 第116-118页 |
| 致谢 | 第118-120页 |
| 参考文献 | 第120-130页 |
| 作者在攻读博士期间撰写的论文 | 第130页 |
| 作者在攻读博士期间参与的项目 | 第130-131页 |
| 附录A 碱基的IUPAC code | 第131页 |
