| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-16页 |
| 第1章 引言——硝基芳香烃化合物的微生物代谢途径及机理研究 | 第16-35页 |
| ·硝基苯(Nitrobenzene)的代谢途径 | 第18-20页 |
| ·部分还原途径 | 第19页 |
| ·双加氧途径 | 第19页 |
| ·硝基苯下游代谢途径比较 | 第19-20页 |
| ·硝基苯甲酸(nitrobenzoates,NBA)的代谢途径 | 第20-22页 |
| ·2-硝基苯甲酸的代谢途径 | 第20页 |
| ·3-硝基苯甲酸的代谢途径 | 第20-22页 |
| ·4-硝基苯甲酸的代谢途径 | 第22页 |
| ·硝基甲苯(Nitrotoluene)的代谢途径 | 第22-27页 |
| ·2-硝基甲苯的代谢途径 | 第22-23页 |
| ·3-硝基甲苯的代谢途径 | 第23页 |
| ·4-硝基甲苯的代谢途径 | 第23-24页 |
| ·2,4-二硝基甲苯(2,4-dinitrotoluene,2,4-DNT)的代谢途径 | 第24页 |
| ·2,6-二硝基甲苯(2,6-dinitrotoluene,2,6-DNT)的代谢途径 | 第24-25页 |
| ·三硝基甲苯(2,4,6-trinitrotolene,TNT)的代谢途径 | 第25-27页 |
| ·硝基酚(Nitrophenol,NP)的代谢途径 | 第27-31页 |
| ·3-硝基酚的代谢途径 | 第28页 |
| ·2-硝基酚的代谢途径 | 第28页 |
| ·2,4,6-三硝基酚(2,4,6-trinitrophenol,TNP)的代谢途径 | 第28-29页 |
| ·二硝基酚(Dinitrophenol,DNP)的代谢 | 第29-30页 |
| ·有机磷农药的微生物降解 | 第30-31页 |
| ·芳香烃化合物代谢途径研究的趋向 | 第31-32页 |
| ·4-硝基酚(4-Nitrophenol,4-NP or PNP)的代谢途径研究进展 | 第32-34页 |
| ·4-硝基酚的代谢途径 | 第32-34页 |
| ·4-硝基酚代谢途径的分子生物学研究 | 第34页 |
| ·本研究目的和意义 | 第34-35页 |
| 第2章 材料和方法 | 第35-41页 |
| ·培养基 | 第35页 |
| ·菌株及其培养方法 | 第35页 |
| ·工具酶和试剂 | 第35页 |
| ·分子生物学实验方法 | 第35-38页 |
| ·常规分子生物学方法 | 第35页 |
| ·染色体DNA制备 | 第35页 |
| ·基因组步移(Genomic walking) | 第35-36页 |
| ·Pseudomonas sp.WBC-3菌中的基因敲除 | 第36-38页 |
| ·酶活测定(Enzyme Assay,cell free assay) | 第38-39页 |
| ·生物转化(Biotransformation,resting cell assay) | 第39页 |
| ·分析方法 | 第39页 |
| ·HPLC检测 | 第39页 |
| ·蛋白浓度测定 | 第39页 |
| ·亚硝酸根的测定 | 第39页 |
| ·趋化试验 | 第39-40页 |
| ·DNA序列测定及分析 | 第40页 |
| ·WBC-3的质粒pZWL0的全基因组序列测定及分析 | 第40-41页 |
| 第3章 Pseudomonas sp.WBC-3菌株分解代谢4-硝基酚的代谢途径及代谢机理研究 | 第41-61页 |
| ·WBC-3菌株降解4-硝基酚的代谢途径研究 | 第41-44页 |
| ·WBC-3菌株4-硝基酚单加氧酶的酶活测定 | 第41-42页 |
| ·WBC-3菌株对苯二酚双加氧酶的酶活测定 | 第42-44页 |
| ·对苯二醌还原酶基因的克隆 | 第44页 |
| ·基因组步移法克隆4-硝基酚代谢基因簇 | 第44页 |
| ·4-硝基酚代谢基因簇的生物信息学分析 | 第44-49页 |
| ·4-硝基酚单加氧酶的功能验证及酶学特性研究 | 第49-51页 |
| ·pnpA在E.coli中的表达 | 第49页 |
| ·生物转化法测定PnpA的活性 | 第49-50页 |
| ·4-硝基酚单加氧酶的酶活测定 | 第50页 |
| ·4-硝基酚单加氧酶的酶学特性研究 | 第50-51页 |
| ·辅因子对4-硝基酚单加氧酶酶活的影响 | 第50页 |
| ·4-硝基酚单加氧酶氧化4-硝基酚和NADPH的比例 | 第50-51页 |
| ·4-硝基酚单加氧酶的底物范围测定 | 第51页 |
| ·4-硝基酚单加氧酶对4-硝基酚和4-硝基邻苯二酚的比活测定 | 第51页 |
| ·对苯二酚双加氧酶的功能验证 | 第51-52页 |
| ·基因敲除验证 4-硝基酚代谢关键酶基因 | 第52-53页 |
| ·讨论 | 第53-61页 |
| ·4-硝基酚单加氧酶属于典型的黄素蛋白单加氧酶家族 | 第53-55页 |
| ·对苯二醌还原酶基因在 4-硝基酚代谢途径中的作用 | 第55-56页 |
| ·对苯二酚双加氧酶的酶学特点 | 第56-58页 |
| ·WBC-3菌株中 4-硝基酚代谢操纵子的研究 | 第58-59页 |
| ·4-硝基酚两种代谢途径的比较 | 第59-61页 |
| 第4章 Pseudomonas sp.WBC-3的趋化特性研究 | 第61-76页 |
| ·引言——微生物的趋化机理及其在环境污染物降解中的作用 | 第61-69页 |
| ·微生物趋化的概念 | 第61页 |
| ·微生物趋化的机理 | 第61-62页 |
| ·趋化与微生物代谢的关系 | 第62-63页 |
| ·细菌对简单芳香烃的趋化 | 第63-64页 |
| ·细菌对萘的趋化研究 | 第64-65页 |
| ·细菌对硝基芳香烃化合物的趋化 | 第65页 |
| ·趋化在微生物降解有机污染物中的作用 | 第65-68页 |
| ·本研究的目的及意义 | 第68-69页 |
| ·实验结果 | 第69-71页 |
| ·Pseudomonas sp.WBC-3对其可代谢芳香烃化合物的趋化 | 第69页 |
| ·Pseudomonas sp.WBC-3对其非代谢芳香烃化合物的趋化 | 第69-70页 |
| ·Pseudomonas sp.WBC-3代谢突变株的趋化特性 | 第70-71页 |
| ·Pseudomonas sp.WBC-3对甲基对硫磷的趋化 | 第71页 |
| ·讨论 | 第71-76页 |
| ·WBC-3对芳香烃化合物的趋化是不依赖于代谢的趋化 | 第71页 |
| ·WBC-3对芳香烃化合物的趋化属于β-ketoadipate控制的趋化系统 | 第71-72页 |
| ·β-ketoadipate趋化系统在土壤微生物中广泛存在 | 第72-73页 |
| ·微生物对芳香烃化合物趋化机制的研究进展 | 第73-74页 |
| ·WBC-3对甲基对硫磷的趋化 | 第74页 |
| ·趋化研究方法的进展 | 第74-76页 |
| 第5章 Pseudomonas sp.WBC-3 甲基对硫磷降解性质粒pZWL0的全序列分析 | 第76-89页 |
| ·WBC-3质粒pZWL0的全序列测定及分析 | 第77页 |
| ·甲基对硫磷水解酶基因(mph)定位在转座子上 | 第77-83页 |
| ·转座子的分类及结构特点 | 第77-83页 |
| ·mph转座子的结构特点。 | 第83页 |
| ·有机磷水解酶的起源和进化 | 第83-86页 |
| ·有机磷水解酶的分类 | 第83页 |
| ·有机磷水解酶的转座子定位 | 第83-84页 |
| ·有机磷水解酶的进化分析 | 第84-85页 |
| ·有机磷水解酶的起源与进化历程 | 第85-86页 |
| ·WBC-3质粒pZWL0中与质粒复制、传代有关的基因 | 第86-87页 |
| ·WBC-3质粒pZWL0中与质粒接合转移相关的基因 | 第87页 |
| ·WBC-3质粒pZWL0中的其它功能未知基因 | 第87页 |
| ·WBC-3质粒pZWL0的基因组织结构特点 | 第87-88页 |
| ·结论 | 第88-89页 |
| 第6章 结论和进一步工作设想 | 第89-91页 |
| ·结论 | 第89-90页 |
| ·Pseudomonas sp.WBC-3中4-硝基酚的代谢途径研究 | 第89页 |
| ·Pseudomonas sp.WBC-3的趋化特性研究 | 第89-90页 |
| ·Pseudomonas sp.WBC-3的质粒pZWL0序列分析 | 第90页 |
| ·进一步工作设想 | 第90-91页 |
| 参考文献 | 第91-105页 |
| 发表与待发表文章目录 | 第105-106页 |
| 致谢 | 第106页 |
