蛋白质在晶体界面上吸附的分子动力学模拟
| 中文摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-8页 |
| 前言 | 第8-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第9-20页 |
| ·界面上的吸附现象 | 第9-12页 |
| ·蛋白质吸附的应用 | 第9-11页 |
| ·蛋白质吸附的原理 | 第10页 |
| ·蛋白质吸附的研究现状 | 第10-11页 |
| ·蛋白质吸附中的复杂性 | 第11-12页 |
| ·分子模拟 | 第12-17页 |
| ·分子模拟的物理模型 | 第13-14页 |
| ·分子模拟的基本方法 | 第14-15页 |
| ·常用分子模拟软件介绍 | 第15-17页 |
| ·大型分子模拟软件系统 | 第16-17页 |
| ·小型分子模拟软件系统 | 第17页 |
| ·蛋白质的分子动力学模拟 | 第17-18页 |
| ·分子动力学模拟在蛋白质吸附研究中的应用 | 第18-19页 |
| ·本课题的研究意义 | 第19-20页 |
| 第二章 蛋白质的分子动力学模拟 | 第20-32页 |
| ·蛋白质结构 | 第20-21页 |
| ·维持和稳定蛋白质结构的因素 | 第21-23页 |
| ·氢键 | 第21-22页 |
| ·疏水相互作用 | 第22页 |
| ·范德华力 | 第22页 |
| ·离子键 | 第22-23页 |
| ·配位键 | 第23页 |
| ·二硫键 | 第23页 |
| ·其它影响因素 | 第23页 |
| ·分子动力学模拟的基本原理 | 第23-31页 |
| ·初始化 | 第24-28页 |
| ·由实验数据获得初始构象 | 第24页 |
| ·蛋白质初始构象的手工搭建 | 第24-25页 |
| ·蛋白质体系的预处理 | 第25页 |
| ·结构精修 | 第25-27页 |
| ·初始速度的确定 | 第27-28页 |
| ·粒子受力的计算 | 第28页 |
| ·积分方法 | 第28-30页 |
| ·温度控制 | 第30-31页 |
| ·本章小结 | 第31-32页 |
| 第三章 模型建立及其算法 | 第32-47页 |
| ·模拟蛋白质——聚十赖氨酸 | 第32-33页 |
| ·模型建立 | 第33-34页 |
| ·蛋白质分子初始结构的产生 | 第33页 |
| ·水分子 | 第33页 |
| ·晶体界面 | 第33-34页 |
| ·模拟过程 | 第34-46页 |
| ·势能函数 | 第34-43页 |
| ·键伸缩能 | 第35-36页 |
| ·键角弯折能 | 第36-37页 |
| ·二面角扭转能 | 第37-40页 |
| ·范德华相互作用能 | 第40-41页 |
| ·静电相互作用能 | 第41-42页 |
| ·非正常二面角能 | 第42页 |
| ·Urey-Bradley 相互作用能 | 第42-43页 |
| ·初始速度 | 第43-44页 |
| ·周期性边界条件 | 第44-46页 |
| ·截断 | 第45-46页 |
| ·温度控制 | 第46页 |
| ·本章小结 | 第46-47页 |
| 第四章 模拟结果与讨论 | 第47-59页 |
| ·聚十赖氨酸的构象特点 | 第47页 |
| ·分子动力学模拟结果 | 第47-48页 |
| ·吸附过程中聚十赖氨酸分子主链二面角变化 | 第48-56页 |
| ·吸附过程中聚十赖氨酸分子能量变化 | 第56-57页 |
| ·本章小结 | 第57-59页 |
| 第五章 结论 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-64页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第64-65页 |
| 致谢 | 第65页 |
