| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-11页 |
| 第1章 稻属A 基因组的研究历史及存在问题 | 第11-25页 |
| ·引言 | 第11页 |
| ·稻属A 基因组简介 | 第11-13页 |
| ·稻属A 基因组的研究历史 | 第13-18页 |
| ·A 基因组系统发育和进化研究中存在的问题 | 第18-25页 |
| ·基部类群的确定及其起源 | 第18-19页 |
| ·Oryza rufipogon 和O. nivara 之间的关系和分类地位 | 第19-20页 |
| ·亚洲栽培稻的起源 | 第20-22页 |
| ·Oryza glumaepatula 起源及系统位置 | 第22-23页 |
| ·A 基因组起源及分化时间 | 第23-25页 |
| 第2 章 研究目的和方法 | 第25-31页 |
| ·研究目的 | 第25-26页 |
| ·研究方法和策略 | 第26-30页 |
| ·EPIC-PCR(exon-primed, intron-crossing) | 第26-28页 |
| ·转座子序列及插入分析 | 第28-30页 |
| ·实验策略 | 第30-31页 |
| 第3章 稻属A 基因组的系统发育 | 第31-52页 |
| ·引言 | 第31-32页 |
| ·材料与方法 | 第32-35页 |
| ·植物材料 | 第32页 |
| ·研究片段选取 | 第32-34页 |
| ·DNA 提取、PCR 扩增和测序 | 第34页 |
| ·序列分析 | 第34-35页 |
| ·结果 | 第35-47页 |
| ·序列特征 | 第35-36页 |
| ·序列最优进化模型和变异分布 | 第36-37页 |
| ·单位点系统发育分析 | 第37-39页 |
| ·数据集合并系统发育分析 | 第39-45页 |
| ·A 基因组起源和分化时间的估算 | 第45-47页 |
| ·讨论 | 第47-52页 |
| ·A 基因组基部类群的确定 | 第47-48页 |
| ·O. rufipogon 和O. nivara 的关系以及亚洲栽培稻的起源 | 第48页 |
| ·非洲栽培稻O. glaberrima 的起源和O. glumaepatula 的系统位置 | 第48-49页 |
| ·A 基因组起源和分化的时间 | 第49-50页 |
| ·核基因内含子序列的应用 | 第50-52页 |
| 第4章 O.RUFIPOGON 和O.NIVARA 的遗传多样性和亚洲栽培稻的起源 | 第52-80页 |
| ·引言 | 第52-53页 |
| ·材料与方法 | 第53-61页 |
| ·植物材料和总DNA 提取 | 第53页 |
| ·DNA 片段的选择 | 第53-55页 |
| ·PCR 扩增、等位基因的克隆与测序 | 第55-58页 |
| ·序列测定和克隆测序的策略 | 第58-60页 |
| ·数据处理 | 第60-61页 |
| ·结果 | 第61-72页 |
| ·核苷酸序列多态性及比较 | 第61-62页 |
| ·中性测试(neutrality test) | 第62-65页 |
| ·类群之间的遗传关系 | 第65-72页 |
| ·讨论 | 第72-80页 |
| ·Oryza rufipogon 和O. nivara 的核苷酸多样性 | 第72-73页 |
| ·Oryza rufipogon 和O. nivara 间的遗传关系及分类学处理 | 第73-74页 |
| ·亚洲栽培稻的起源 | 第74-80页 |
| 第5章 座子在系统发育与群体遗传上的应用初探 | 第80-117页 |
| ·引言 | 第80-81页 |
| ·转座子序列分析在普通野稻ORYZA RUFIPOGON 群体遗传研究上的应用 | 第81-103页 |
| ·材料与方法 | 第81-85页 |
| ·结果 | 第85-97页 |
| ·讨论 | 第97-103页 |
| ·转座子插入在稻属A 基因组系统发育重建中的应用 | 第103-110页 |
| ·实验材料 | 第103页 |
| ·实验方法 | 第103-105页 |
| ·结果与讨论 | 第105-110页 |
| ·叶绿体DEL 与稻族系统发育及稻属BC 四倍体母本的确定 | 第110-117页 |
| ·实验材料 | 第110页 |
| ·扩增片段的选取 | 第110-112页 |
| ·PCR 扩增、切胶纯化和序列测定 | 第112-113页 |
| ·结果与讨论 | 第113-117页 |
| 参考文献 | 第117-139页 |
| 致谢 | 第139-141页 |
| 攻读博士学位期间完成的论文 | 第141页 |
