| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第8-45页 |
| ·磷酸酶及其抑制剂 | 第8-29页 |
| ·介绍 | 第8-9页 |
| ·磷酸酶的分类 | 第9-11页 |
| ·蛋白丝氨酸/苏氨酸磷酸酶 | 第9-10页 |
| ·蛋白酪氨酸磷酸酶 | 第10-11页 |
| ·磷酸酶的医疗前景 | 第11-15页 |
| ·蛋白丝氨酸/苏氨酸磷酸酶 | 第11-13页 |
| ·蛋白酪氨酸磷酸酶 | 第13-15页 |
| ·磷酸酶抑制剂 | 第15-29页 |
| ·蛋白丝氨酸/苏氨酸磷酸酶抑制剂 | 第15-19页 |
| ·蛋白酪氨酸磷酸酶抑制剂 | 第19-29页 |
| ·小结 | 第29页 |
| ·分子模拟与药物设计 | 第29-44页 |
| ·分子模拟的基础——第一原理计算 | 第29-31页 |
| ·分子力学及分子力学力场 | 第31-35页 |
| ·分子动力学模拟 | 第35-37页 |
| ·蒙特卡罗方法 | 第37-39页 |
| ·自由能的计算方法 | 第39-43页 |
| ·狭义自由能计算 | 第39-43页 |
| ·广义自由能计算——化学势的计算 | 第43页 |
| ·计算机辅助药物设计 | 第43-44页 |
| ·论文主要内容 | 第44-45页 |
| 第二章 磷酸酶抑制剂中α氟代效应的量子化学研究 | 第45-61页 |
| ·计算模型与方法 | 第46-47页 |
| ·计算模型化合物 | 第46页 |
| ·计算方法 | 第46-47页 |
| ·结果与讨论 | 第47-60页 |
| ·计算方法验证 | 第47-48页 |
| ·气相中氢键计算方法的验证 | 第47-48页 |
| ·溶剂化模型的比较与验证 | 第48页 |
| ·模型化合物的氢键 | 第48-53页 |
| ·α氟代效应与质子转移 | 第53-56页 |
| ·离子结合能 | 第56-57页 |
| ·构象分析 | 第57-60页 |
| ·结论 | 第60-61页 |
| 第三章 基于TEAM 全原子分子力学力场的蒙特卡罗程序设计 | 第61-87页 |
| ·基于分子片断和第一原理的TEAM 全原子分子力场 | 第62-67页 |
| ·TEAM 力场的函数形式 | 第64-65页 |
| ·力场的参数化过程 | 第65-66页 |
| ·基于TEAM 分子力场的计算引擎 | 第66-67页 |
| ·基于TEAM 力场的蒙特卡罗程序设计 | 第67-84页 |
| ·基本理论与程序流程 | 第67-71页 |
| ·分子的运动方式 | 第71-81页 |
| ·溶液的径向分布函数 | 第81页 |
| ·程序验证 | 第81-84页 |
| ·结论 | 第84-87页 |
| 第四章 亨利常数的分子模拟计算及自由能计算中影响因素的研究 | 第87-107页 |
| ·理论与方法 | 第87-92页 |
| ·亨利常数分子模拟计算的基本理论 | 第87-89页 |
| ·分子力场 | 第89页 |
| ·分子模拟 | 第89-92页 |
| ·蒙特卡罗模拟 | 第89-90页 |
| ·分子动力学模拟 | 第90页 |
| ·Widom 粒子插入法 | 第90-92页 |
| ·标准偏差分析 | 第92页 |
| ·结果与讨论 | 第92-105页 |
| ·力场参数的验证结果 | 第92-97页 |
| ·Ar、N_2、CH_4 和C_2H_6 在环氧乙烷中的亨利常数 | 第97-100页 |
| ·N_2、O_2、CO_2 和CH_4 在乙醇中的亨利常数 | 第100-105页 |
| ·结论 | 第105-107页 |
| 第五章磷酸酶抑制剂的结合构象和结合自由能计算研究 | 第107-125页 |
| ·模型与方法 | 第107-111页 |
| ·模型化合物 | 第107-108页 |
| ·分子拓朴文件（分子力场参数） | 第108-110页 |
| ·分子动力学模拟 | 第110页 |
| ·热力学积分法和热力学循环法计算相对结合自由能 | 第110-111页 |
| ·硬件 | 第111页 |
| ·结果与讨论 | 第111-124页 |
| ·结合构象、结合能及相互作用特点的研究 | 第111-121页 |
| ·相对结合自由的计算结果 | 第121-124页 |
| ·结论 | 第124-125页 |
| 第六章结论 | 第125-127页 |
| 参考文献 | 第127-143页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第143-145页 |
| 附录一联合原子力场与TEAM 全原子力场参数 | 第145-153页 |
| 附录1.1 联合原子力场参数 | 第145-146页 |
| 附录1.2 全原子力场参数 | 第146-153页 |
| 致谢 | 第153页 |
