| 第一章 引 言 | 第1-17页 |
| ·研究背景 | 第7-16页 |
| ·DNA测序方法和自动测序流程 | 第7-9页 |
| ·全基因组鸟枪法测序主要流程 | 第9-11页 |
| ·全基因组shotgun拼接软件的研究现状 | 第11-14页 |
| ·血吸虫基因组工程的背景介绍 | 第14-16页 |
| ·本文的研究目标和主要意义 | 第16页 |
| ·本文的组织 | 第16-17页 |
| 第二章 序列拼接前期工作 | 第17-32页 |
| ·arachne软件拼接算法概要 | 第17-23页 |
| ·数据输入 | 第17页 |
| ·Overlap的检测与比对:排序与延展 | 第17-18页 |
| ·纠错 | 第18页 |
| ·比对结果的评估 | 第18-19页 |
| ·验证配对信息 | 第19页 |
| ·拼接contigs | 第19-21页 |
| ·识别repeat contig | 第21-22页 |
| ·创建Supercontig | 第22-23页 |
| ·填补supercontigs空隙 | 第23页 |
| ·生成一致序列,合并supercontig中重叠的contigs | 第23页 |
| ·arachne拼装血吸虫基因组 | 第23-26页 |
| ·程序移植 | 第24-25页 |
| ·输入数据准备 | 第25页 |
| ·程序运行参数优化调整 | 第25-26页 |
| ·如何发现arachne存在的问题 | 第26-31页 |
| ·理论分析 | 第26-27页 |
| ·数据模拟 | 第27-29页 |
| ·实际数据结果分析 | 第29-31页 |
| ·问题概括 | 第31页 |
| ·小结 | 第31-32页 |
| 第三章 后处理方案设计和实现 | 第32-42页 |
| ·主要流程 | 第32页 |
| ·比对计算overlap | 第32-35页 |
| ·比对基本原理 | 第32-33页 |
| ·动态规划算法 | 第33-35页 |
| ·计算overlap | 第35页 |
| ·如何高效利用link信息构造supercontig? | 第35-38页 |
| ·通过link计算direct gap | 第36-37页 |
| ·通过direct gap计算indirect gap | 第37页 |
| ·构造localsupercontig | 第37-38页 |
| ·构造supercontig | 第38页 |
| ·contig的延展与合并 | 第38-40页 |
| ·contig与read | 第38-39页 |
| ·contig与contig | 第39-40页 |
| ·统计结果 | 第40-41页 |
| ·contig结果对比 | 第40-41页 |
| ·supcontig结果对比 | 第41页 |
| ·小结 | 第41-42页 |
| 第四章 总结和展望 | 第42-44页 |
| ·系统的进一步完善 | 第42-43页 |
| ·生物信息学展望 | 第43-44页 |
| 英文名词解释 | 第44-48页 |
| 参考文献 | 第48-51页 |
| 致 谢 | 第51-52页 |
| 个人简历 | 第52页 |
