鼠疫耶尔森氏菌布氏田鼠疫源地菌株91001全基因组序列测定及初步分析
| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 缩略语 | 第7-9页 |
| 第一部分 引言 | 第9-20页 |
| 1 世界鼠疫流行概况 | 第9-11页 |
| 2 中国鼠疫流行情况 | 第11-13页 |
| 3 鼠疫耶尔森氏菌病原学 | 第13-15页 |
| 4 细菌基因组学研究 | 第15-18页 |
| 5 鼠疫耶尔森氏菌91001菌株的一般特征 | 第18-20页 |
| 第二部分 91001 菌株基因组序列测定及分析 | 第20-108页 |
| 1 材料与方法 | 第20-41页 |
| ·材料 | 第20-22页 |
| ·方法 | 第22-41页 |
| ·菌株的复苏和重鉴定 | 第22-30页 |
| ·大规模鸟枪法测序 | 第30-32页 |
| ·完成图的绘制 | 第32-33页 |
| ·序列组装的验证 | 第33-35页 |
| ·序列注释 | 第35-37页 |
| ·比较基因组学研究 | 第37页 |
| ·部分基因序列的验证 | 第37-38页 |
| ·蛋白质组学研究 | 第38-41页 |
| 2 结果与讨论 | 第41-108页 |
| ·91001菌株的再鉴定结果 | 第41-44页 |
| ·培养形态 | 第41页 |
| ·生化试验 | 第41页 |
| ·噬菌体裂解试验 | 第41页 |
| ·鼠疫菌毒力因子检查结果 | 第41-43页 |
| ·动物试验 | 第43页 |
| ·91001菌株再鉴定结论 | 第43-44页 |
| ·鸟枪法测序结果 | 第44-45页 |
| ·质粒鸟枪法测序结果 | 第44页 |
| ·染色体鸟枪法测序结果 | 第44-45页 |
| ·完成图的绘制 | 第45-46页 |
| ·质粒完成图的绘制 | 第45页 |
| ·染色体完成图的绘制 | 第45页 |
| ·序列组装的验证 | 第45-46页 |
| ·91001基因组分析 | 第46-95页 |
| ·91001基因组构成 | 第46页 |
| ·质粒 | 第46-66页 |
| ·pPCP1质粒 | 第47-49页 |
| ·pCD1质粒 | 第49-55页 |
| ·pMT1质粒 | 第55-61页 |
| ·pCRY质粒 | 第61-66页 |
| ·染色体 | 第66-95页 |
| ·染色体的一般特征 | 第66-69页 |
| ·染色体整体结构的比较 | 第69-74页 |
| ·基因水平的比较 | 第74-75页 |
| ·IS重复序列及VNTR | 第75-78页 |
| ·假基因的分布 | 第78-85页 |
| ·代谢途径 | 第85-86页 |
| ·调控系统 | 第86-89页 |
| ·染色体上的毒力相关基因 | 第89-95页 |
| ·部分基因的验证 | 第95-99页 |
| ·硝酸盐还原阴性的遗传机制 | 第95-98页 |
| ·甘油代谢阴性的遗传机制 | 第98-99页 |
| ·IS介导基因组重排模式探讨 | 第99-101页 |
| ·缺失 | 第99页 |
| ·倒置 | 第99-100页 |
| ·转位 | 第100-101页 |
| ·倒置转位 | 第101页 |
| ·蛋白质组学分析结果 | 第101-106页 |
| ·LC-MS-MS分析结果 | 第101-103页 |
| ·双向电泳-MALDI-TOF-MS | 第103-104页 |
| ·结果汇总 | 第104-106页 |
| ·91001菌株进化地位的探讨 | 第106-107页 |
| ·鼠疫耶尔森氏菌致病性的探讨 | 第107-108页 |
| 第三部分 结论 | 第108-110页 |
| 参考文献 | 第110-120页 |
| 附表1 pPCP1质粒基因列表 | 第120页 |
| 附表2 pCD1质粒基因列表 | 第120-123页 |
| 附表3 pMT1质粒基因列表 | 第123-126页 |
| 附表4 pCRY质粒基因列表 | 第126-127页 |
| 附表5 染色体基因列表 | 第127-199页 |
| 综述 | 第199-211页 |
| 发表论文目录 | 第211-213页 |
| 致谢 | 第213-214页 |
