| 致谢 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-10页 |
| 1 绪论 | 第10-17页 |
| ·课题背景 | 第10-13页 |
| ·单壁纳米碳管的研究背景 | 第11-12页 |
| ·葡萄糖氧化酶的研究背景 | 第12-13页 |
| ·分子动力学模拟在生物大分子研究中的应用 | 第13-15页 |
| ·本章小结 | 第15-17页 |
| 2 基于NAMD的分子动力学设计 | 第17-30页 |
| ·分子动力学 | 第17-18页 |
| ·分子动力学历史 | 第17-18页 |
| ·NAMD与VMD介绍 | 第18-19页 |
| ·分子动力学简单概念及算法 | 第19-25页 |
| ·NAMD中的力场方程 | 第19-22页 |
| ·NAMD中静电势计算 | 第22-23页 |
| ·NAMD中的数值积分运算 | 第23-24页 |
| ·NAMD中NVT与NPT系综 | 第24-25页 |
| ·NAMD的应用 | 第25-28页 |
| ·泛素 | 第25-26页 |
| ·细胞水通道 | 第26-27页 |
| ·纳米碳管与DNA相互作用 | 第27-28页 |
| ·本章小结 | 第28-30页 |
| 3 不同电性单壁纳米碳管共价修饰FAD的分子动力学模拟 | 第30-50页 |
| ·基于NAMD的分子动力学 | 第30-32页 |
| ·单壁纳米碳管共价修饰FAD的PDB文件的建立 | 第32-41页 |
| ·FAD的PDB文件的建立 | 第32-33页 |
| ·纳米碳管PDB文件的建立 | 第33-37页 |
| ·纳米碳管共价修饰FAD的PDB文件的建立 | 第37-41页 |
| ·不同电性的纳米碳管共价修饰FAD的分子动力学模拟 | 第41-49页 |
| ·本章小结 | 第49-50页 |
| 4 不同电性纳米碳管共价修饰FAD的形态变化 | 第50-58页 |
| ·不同电性纳米碳管共价修饰FAD的分子动力学研究方法 | 第50页 |
| ·FAD重心到纳米碳管中心距离归一化(d/dO)研究 | 第50-54页 |
| ·异咯嗪与FAD结构变化的对比研究 | 第54-56页 |
| ·本章小结 | 第56-58页 |
| 5 课题总结与展望 | 第58-59页 |
| ·课题总结 | 第58页 |
| ·课题展望 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-62页 |
| 作者简历 | 第62页 |
