| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第16-28页 |
| 1.1 引言 | 第16-26页 |
| 1.1.1 研究背景 | 第16-17页 |
| 1.1.2 国内外研究现状及评述 | 第17-26页 |
| 1.2 研究目标与主要研究内容 | 第26-27页 |
| 1.2.1 研究目标 | 第26页 |
| 1.2.2 研究主要内容 | 第26-27页 |
| 1.3 研究技术路线 | 第27-28页 |
| 第二章 酸笋微生物多样性研究 | 第28-40页 |
| 2.1 试验材料与方法 | 第28-30页 |
| 2.1.1 试验材料 | 第28-29页 |
| 2.1.2 宏基因组DNA提取 | 第29页 |
| 2.1.3 文库构建及IlluminaHi Seq高通量测序 | 第29-30页 |
| 2.1.4 数据分析 | 第30页 |
| 2.2 结果与分析 | 第30-38页 |
| 2.2.1 HiSeq测序结果统计分析 | 第30-31页 |
| 2.2.2 酸笋中微生物群落构成 | 第31-36页 |
| 2.2.3 酸笋微生物α多样性 | 第36-37页 |
| 2.2.4 酸笋微生物主成分分析 | 第37页 |
| 2.2.5 酸笋中主要益生菌 | 第37-38页 |
| 2.3 本章小结 | 第38-40页 |
| 第三章 酸笋的微生物基因分析 | 第40-49页 |
| 3.1 试验材料与方法 | 第40-41页 |
| 3.1.1 试验材料 | 第40页 |
| 3.1.2 酸笋微生物非冗余基因COG功能注释 | 第40页 |
| 3.1.3 酸笋微生物非冗余基因KEGG功能注释 | 第40-41页 |
| 3.1.4 酸笋微生物非冗余基因GO功能注释 | 第41页 |
| 3.2 结果与分析 | 第41-48页 |
| 3.2.1 测序结果组装和基因预测 | 第41-43页 |
| 3.2.2 基因功能注释 | 第43-48页 |
| 3.2.2.1 eggNOG 数据库功能注释 | 第44-45页 |
| 3.2.2.2 KEGG数据库功能注释 | 第45-47页 |
| 3.2.2.3 GO 数据库功能注释 | 第47-48页 |
| 3.3 小结 | 第48-49页 |
| 第四章 酸笋营养与风味物质代谢通路分析 | 第49-74页 |
| 4.1 材料与方法 | 第49-50页 |
| 4.1.1 试验材料 | 第49页 |
| 4.1.2 试验方法 | 第49-50页 |
| 4.2 结果与分析 | 第50-72页 |
| 4.2.1 氨基酸代谢相关功能基因KEGG注释结果 | 第50-60页 |
| 4.2.2 有机酸代谢相关功能基因KEGG注释结果 | 第60-70页 |
| 4.2.3 亚硝酸盐代谢相关功能基因KEGG注释结果 | 第70-72页 |
| 4.3 本章小结 | 第72-74页 |
| 第五章 酸笋微生物的产地差异基因分析 | 第74-86页 |
| 5.1 材料与方法 | 第74-75页 |
| 5.1.1 试验材料 | 第74页 |
| 5.1.2 试验方法 | 第74-75页 |
| 5.2 结果与分析 | 第75-85页 |
| 5.2.1 基因丰度分析 | 第75-76页 |
| 5.2.2 差异基因筛选 | 第76-78页 |
| 5.2.3 差异基因GO功能注释和功能富集分析 | 第78-81页 |
| 5.2.4 差异基因的KEGGpathway功能富集 | 第81-85页 |
| 5.3 本章小结 | 第85-86页 |
| 第六章 结论与讨论 | 第86-90页 |
| 6.1 结论 | 第86-88页 |
| 6.1.1 酸笋微生物多样性研究 | 第86页 |
| 6.1.2 酸笋的微生物基因分析 | 第86-87页 |
| 6.1.3 酸笋营养与风味物质代谢通路分析 | 第87页 |
| 6.1.4 酸笋微生物的产地差异基因分析 | 第87-88页 |
| 6.2 讨论 | 第88页 |
| 6.3 展望 | 第88-90页 |
| 参考文献 | 第90-95页 |
| 附录A 酸笋不同产地差异基因GO富集 | 第95-99页 |
| 附录B | 第99-100页 |
| 在读期间的学术研究 | 第100-101页 |
| 致谢 | 第101页 |
