| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-16页 |
| 第一章 前言 | 第16-49页 |
| ·海洋噬菌体的研究概况 | 第16-43页 |
| ·噬菌体的研究历史 | 第16-17页 |
| ·海洋病毒(绝大多数为噬菌体)的发现、丰度及其主要类群 | 第17-18页 |
| ·海洋噬菌体的结构特征及其分类 | 第18-19页 |
| ·海洋病毒(含噬菌体)的遗传多样性 | 第19-20页 |
| ·噬菌体的增殖周期及测定方法 | 第20-22页 |
| ·噬菌体介导的细菌死亡率及其与微生物食物环和海洋物质循环的关系 | 第22-26页 |
| ·噬菌体对微生物群落多样性的影响 | 第26-30页 |
| ·海洋病毒(含噬菌体)的研究方法与技术 | 第30-43页 |
| ·两种重要的细菌类群[好氧不产氧光合异养细菌(AAPB)与玫瑰杆菌(Roseobacter)]及其噬菌体的研究概况 | 第43-46页 |
| ·AAPB及其噬菌体的研究概况 | 第43-45页 |
| ·玫瑰杆菌及其噬菌体的研究概况 | 第45-46页 |
| ·本论文的设计与研究意义 | 第46-49页 |
| 第二章 一株能够感染Roseobacter denitrificans OCh114的海洋噬菌体的分离与鉴定 | 第49-72页 |
| 摘要 | 第49-50页 |
| ·前言 | 第50-52页 |
| ·材料与方法 | 第52-60页 |
| ·实验所用的细菌及生长条件 | 第52页 |
| ·噬菌体的环境采样地点及采样方法 | 第52页 |
| ·噬菌斑的分离与纯化 | 第52-53页 |
| ·噬菌体RDJLΦ1的扩大化培养 | 第53-54页 |
| ·噬菌体的纯化 | 第54-55页 |
| ·细菌与噬菌体的荧光显微镜计数 | 第55页 |
| ·噬菌体的透射电镜观察 | 第55-56页 |
| ·氯仿敏感性检测 | 第56页 |
| ·宿主范围检测 | 第56页 |
| ·一步生长曲线 | 第56-58页 |
| ·噬菌体基因组的提取 | 第58页 |
| ·噬菌体核酸类型的鉴定 | 第58页 |
| ·噬菌体核酸的限制性片段长度多态性分析(RFLP) | 第58-59页 |
| ·随机引物扩增DNA多态性分析(RAPD-PCR)与DNA克隆测序 | 第59页 |
| ·噬菌体基因组片段的基因注释与聚类分析 | 第59-60页 |
| ·噬菌体蛋白质的提取与SDS-PAGE电泳 | 第60页 |
| ·噬菌体蛋白质的质谱鉴定(MALDI-TOF MS/MS) | 第60页 |
| ·结果与讨论 | 第60-71页 |
| ·噬菌体RDJLΦ1的分离与形态观察 | 第60-61页 |
| ·RDJLΦ1不含脂类物质 | 第61-62页 |
| ·噬菌体RDJLΦ1的宿主专一性 | 第62-63页 |
| ·RDJLΦ1的单细胞释放量与潜伏期长短 | 第63页 |
| ·噬菌体核酸类型的确定与RFLP分析 | 第63-66页 |
| ·RDJLΦ1基因组片段的计算机限制性酶切分析与系统进化分析 | 第66-68页 |
| ·噬菌体RDJLΦ1的结构蛋白质组 | 第68-71页 |
| ·小结 | 第71-72页 |
| 第三章 R.denitrificans OCh114对噬菌体(RDJLΦ1)感染的动态响应过程与机制研究 | 第72-91页 |
| 摘要 | 第72页 |
| ·前言 | 第72-75页 |
| ·材料与方法 | 第75-78页 |
| ·实验所用的细菌与噬菌体及其生长条件 | 第75页 |
| ·噬菌体感染与宿主菌生长曲线的测定及蛋白质组样品的采样 | 第75-76页 |
| ·噬菌体颗粒的AFM成像 | 第76页 |
| ·受噬菌体感染后宿主细胞的AFM成像 | 第76-77页 |
| ·蛋白质提取 | 第77页 |
| ·双向凝胶电泳 | 第77-78页 |
| ·胶内酶切及MALDI-TOF MS/MS质谱分析 | 第78页 |
| ·结果与讨论 | 第78-90页 |
| ·噬菌体RDJLΦ1的AFM形态 | 第78-80页 |
| ·R.denitrificans OCh114受噬菌体感染后的生长曲线 | 第80-81页 |
| ·R.denitrificans OCh114受噬菌体感染后的AFM成像 | 第81-83页 |
| ·被噬菌体感染后,R.denitrificans OCh114蛋白质组的动态变化 | 第83-86页 |
| ·蛋白质的MALDI-TOF MS/MS质谱鉴定 | 第86-90页 |
| ·小结 | 第90-91页 |
| 第四章 一株海洋玫瑰杆菌Silicibacter pomeroyi DSS-3抵抗噬菌体感染机制的研究 | 第91-104页 |
| 摘要 | 第91页 |
| ·前言 | 第91-94页 |
| ·材料与方法 | 第94-98页 |
| ·实验所用细菌与噬菌体及其培养条件 | 第94-95页 |
| ·对噬菌体感染具有抗性的 S.pomeroyi DSS-3突变株的分离 | 第95-96页 |
| ·野生型DSS-3与其突变株生长曲线的测定 | 第96页 |
| ·吸附动力学分析 | 第96页 |
| ·CRISPRs的计算机分析 | 第96页 |
| ·蛋白质提取 | 第96-97页 |
| ·双向凝胶电泳 | 第97页 |
| ·胶内酶切及MALDI-TOF MS/MS质谱分析 | 第97-98页 |
| ·结果与讨论 | 第98-103页 |
| ·对噬菌体感染具有抵抗能力的突变株M1的分离 | 第98页 |
| ·野生型DSS-3与突变株M1具有相似的生长速率 | 第98-100页 |
| ·M1对噬菌体Φ1的抗性机制与吸附抑制无关 | 第100-101页 |
| ·DSS-3的基因组中不含CRISPRs结构 | 第101页 |
| ·蛋白质分析 | 第101-103页 |
| ·小结 | 第103-104页 |
| 第五章 本论文的主要结论和创新点 | 第104-107页 |
| ·主要结论 | 第104-106页 |
| ·创新点 | 第106-107页 |
| 参考文献 | 第107-127页 |
| 附录1在博期间已发表的论文和待发表的论文 | 第127-128页 |
| 附录2缩写列表 | 第128-129页 |
| 致谢 | 第129-130页 |
