| 致谢 | 第1-9页 |
| 摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 图目录 | 第13-14页 |
| 表目录 | 第14-16页 |
| 缩写 | 第16-20页 |
| 1 绪论——植物基因组研究概述 | 第20-22页 |
| 2 Z-DNA在植物基因组中的分布和功能 | 第22-64页 |
| ·Z-DNA背景和研究概述 | 第22-26页 |
| ·研究材料和方法 | 第26-29页 |
| ·数据 | 第26-27页 |
| ·识别潜在的Z-DNA形成区域 | 第27页 |
| ·识别水稻和拟南芥中的重复序列 | 第27-28页 |
| ·ZDR相关基因的功能富集度分析 | 第28-29页 |
| ·拟南芥和水稻基因组中Z-DNA区域 | 第29-33页 |
| ·Z-DNA区域与基因的相关性分析 | 第33-42页 |
| ·ZDRs趋向于富集在植物基因TSS附近 | 第33-36页 |
| ·ZDRs在拟南芥基因组上的分布与基因的分布相关 | 第36-42页 |
| ·Z-DNA区域与GC含量的相关性分析 | 第42-48页 |
| ·ZDRs与GC含量在拟南芥和水稻基因组上的相关性分析 | 第42-43页 |
| ·ZDRs、基因、GC含量在单双子叶基因组中分布的相关性分析 | 第43-48页 |
| ·Z-DNA区域与简单重复序列片断的关系 | 第48-51页 |
| ·富集Z-DNA区域的基因功能分析 | 第51-61页 |
| ·讨论和展望 | 第61-64页 |
| ·有关ZDRs和基因在拟南芥和水稻基因组里相关性的讨论 | 第61-62页 |
| ·有关ZDR富集的功能类别 | 第62-64页 |
| 3 植物中看家基因的识别与分析 | 第64-88页 |
| ·看家基因背景和研究概述 | 第64-66页 |
| ·研究材料和方法 | 第66-70页 |
| ·基因表达数据 | 第66页 |
| ·寻找看家基因所用的统计假设检验 | 第66-68页 |
| ·EST数据 | 第68-69页 |
| ·Gene Ontology注释数据 | 第69页 |
| ·基因结构数据 | 第69-70页 |
| ·所识别看家基因的表达特征 | 第70-76页 |
| ·识别看家基因 | 第70-73页 |
| ·看家基因比其它基因有更多的EST支持 | 第73-76页 |
| ·看家基因的功能分析 | 第76-80页 |
| ·看家基因的序列结构特征 | 第80-83页 |
| ·讨论和展望 | 第83-88页 |
| ·有关看家基因的功能刻画 | 第83-85页 |
| ·植物看家基因是否具有紧性? | 第85-86页 |
| ·植物有更多的看家基因吗? | 第86-88页 |
| 4 植物细胞壁合成相关蛋白的识别和分析 | 第88-118页 |
| ·细胞壁蛋白研究背景概述 | 第88-91页 |
| ·研究材料和方法 | 第91-94页 |
| ·数据来源 | 第91-92页 |
| ·为预测的PPI构建正、负训练集 | 第92页 |
| ·用na(l|¨)ve Bayesian approach整合PPI数据 | 第92页 |
| ·共进化分析 | 第92-93页 |
| ·系统发育树的构建和分析 | 第93-94页 |
| ·识别新CWSR蛋白的计算流程 | 第94-109页 |
| ·全局蛋白质相互作用网络 | 第94-97页 |
| ·包含已知CWSR蛋白的PPI子网络 | 第97-101页 |
| ·预测新的CWSR蛋白 | 第101-109页 |
| ·交叉验证所识别的CWSR蛋白 | 第109-112页 |
| ·数据库确认的预测 | 第109页 |
| ·共表达数据支持的预测 | 第109页 |
| ·亚细胞定位分析支持的预测 | 第109-110页 |
| ·共进化分析支持的预测 | 第110-111页 |
| ·整合支持证据 | 第111-112页 |
| ·预测和分析新CWSR蛋白的功能 | 第112-117页 |
| ·讨论和展望 | 第117-118页 |
| 参考文献 | 第118-132页 |
| 附录 | 第132-212页 |
| 作者简历 | 第212-213页 |
