| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| List of abbreviations | 第10-14页 |
| Chapter 1 Introduction | 第14-31页 |
| 1.1 Small RNA types | 第14页 |
| 1.2 Ago/PIWI protein family and small RNA | 第14-16页 |
| 1.3 Structure and function of Ago/PIWI proteins with small RNAs | 第16-17页 |
| 1.4 RNA interference and small RNA | 第17-18页 |
| 1.5 PIWI-interacting RNAs or piRNAs | 第18页 |
| 1.6 piRNA FEATURES | 第18页 |
| 1.7 piRNA and CRISPR | 第18-19页 |
| 1.8 PIWI-proteins | 第19页 |
| 1.9 piRNAs biogenesis | 第19-23页 |
| 1.9.1 Primary cycle | 第20-22页 |
| 1.9.2 Ping-pong cycle | 第22-23页 |
| 1.10 piRNAs expression in germ cells | 第23-24页 |
| 1.11 piRNAs expression in embryo | 第24-25页 |
| 1.12 piRNA expression in somatic cells | 第25页 |
| 1.13 piRNA in diseases | 第25-28页 |
| 1.14 ncRNAs disease associated databases | 第28-29页 |
| 1.15 piRNAs databases and scope | 第29-31页 |
| Chapter 2 Materials and Methods | 第31-45页 |
| 2.1 Literature search | 第31页 |
| 2.2 Data collection | 第31-33页 |
| 2.3 Filtration of data | 第33页 |
| 2.4 Preparing the data | 第33-34页 |
| 2.5 DQ ID as Accession ID | 第34页 |
| 2.6 Additional data | 第34页 |
| 2.7 Preprocessing of data | 第34-35页 |
| 2.8 Tools used to construct database | 第35页 |
| 2.9 PHP | 第35-36页 |
| 2.10 MYSQL | 第36-37页 |
| Ⅰ. Database Tables | 第37页 |
| Ⅱ. Queries | 第37页 |
| 2.11 Macromedia Dreamweaver 8 | 第37-38页 |
| 2.12 PHPMyAdmin | 第38-39页 |
| 2.13 Apache Web server | 第39-40页 |
| 2.14 Database construct | 第40页 |
| 2.15 Web based interface | 第40-45页 |
| Ⅰ. Home Page | 第41页 |
| Ⅱ. Search | 第41-42页 |
| Ⅲ. Browse | 第42页 |
| Ⅳ. Submit | 第42-43页 |
| Ⅴ. Hardware requirement | 第43-44页 |
| Ⅵ. PHP TRIAD/Wamp,Xampp server | 第44-45页 |
| Chapter 3 Results | 第45-50页 |
| 3.1 Database | 第45页 |
| 3.2 Data structure | 第45-47页 |
| 3.3 User interface | 第47-50页 |
| Chapter 4.1 Sex biased microarray data analysis | 第50-55页 |
| 4.1.1 Sex biased behavior | 第50页 |
| 4.1.2 Sex biased physiological and morphological changes | 第50-51页 |
| 4.1.3 Sex hormones and immune system | 第51页 |
| 4.1.4 Sex biased gene expression in development | 第51-52页 |
| 4.1.5 Sex biased gene expression in tissues | 第52页 |
| 4.1.6 Sex biased transcriptome in brain | 第52-54页 |
| 4.1.7 Sex biased genes expression in mouse brain and aging | 第54-55页 |
| Chapter 4.2 Materials and methods | 第55-56页 |
| 4.2.1 Samples | 第55页 |
| 4.2.2 Microarray analysis | 第55页 |
| 4.2.3 Bioinformatics Analyses | 第55-56页 |
| Chapter 4.3 Results | 第56-65页 |
| 4.3.1 Sex biased mRNA and lncRNA | 第56-57页 |
| 4.3.2 Venn diagram | 第57-58页 |
| 4.3.3 Differential expression | 第58-59页 |
| 4.3.4 GO analysis | 第59-60页 |
| 4.3.5 Sequence conservation | 第60-61页 |
| 4.3.6 Co expression network | 第61-65页 |
| Ⅰ. Female co expression network | 第62-63页 |
| Ⅱ. Male co expression network | 第63-65页 |
| Chapter 5 Discussion | 第65-69页 |
| 5.1 piRDisease | 第65-67页 |
| 5.2 FUTURE EXTENSIONS | 第67页 |
| 5.3 Sex biased mRNA and IncRNAs expression | 第67-69页 |
| References | 第69-77页 |
| Acknowledgements | 第77页 |
